屎腸球菌裂解性噬菌體Ec-ZZ2全基因序列的初步分析
發(fā)布時間:2018-06-19 01:52
本文選題:腸球菌 + 噬菌體; 參考:《吉林大學(xué)》2017年碩士論文
【摘要】:屎腸球菌(Enterococcus faecium)是腸球菌屬(Enterococcus)的重要成員,為革蘭陽性球菌,常見于人和動物的腸道內(nèi),亦存在于自然界的環(huán)境中。腸球菌(糞腸球菌和屎腸球菌)為條件致病菌,是引起醫(yī)院內(nèi)感染的常見病原菌之一。腸球菌引起的感染對象主要為接受化療的腫瘤患者、器官移植病人、嚴(yán)重外傷和有慢性病的老年患者。此外,腸球菌對抗生素的耐藥已成為重要的公共衛(wèi)生問題。特別是耐萬古霉素腸球菌(Vancomycin-resistant Enterococci,VRE)的出現(xiàn)嚴(yán)重威脅到公眾的健康。近年來,利用噬菌體預(yù)防和控制細(xì)菌感染的噬菌體療法重新引起有關(guān)專業(yè)機(jī)構(gòu)和人士的關(guān)注。本項研究的目的是通過分離鑒定屎腸球菌噬菌體并對其遺傳信息進(jìn)行初步分析,為今后噬菌體用于腸球菌引起的感染提供依據(jù)。采用常規(guī)方法從環(huán)境的污水中分離一株屎腸球菌裂解性噬菌體,命名為Ec-ZZ2。透射電鏡顯示,噬菌體Ec-ZZ2的頭部呈球形、直徑約50 nm,尾部長約180 nm。噬菌體Ec-ZZ2的形態(tài)學(xué)特征符合有尾病毒目、長尾病毒科噬菌體。提取和純化的噬菌體Ec-ZZ2基因組提交至華大基因技術(shù)服務(wù)公司進(jìn)行測序。結(jié)果顯示,Ec-ZZ2的基因組為雙鏈DNA、大小41,170 bp,G+C含量34.59%。序列分析表明,Ec-ZZ2基因組有59個編碼序列、5個串聯(lián)的重復(fù)序列和2個微衛(wèi)星DNA,未發(fā)現(xiàn)t RNA。在59個編碼序列中,29個編碼序列可預(yù)測其基因功能,其余30個編碼序列為未知基因。這些可預(yù)測基因功能涵蓋結(jié)構(gòu)蛋白模塊(衣殼蛋白、尾蛋白、頭尾連接蛋白、尾帶寬度蛋白和尾絲蛋白)、DNA復(fù)制和組裝模塊(DNA多聚酶、DNA引物酶、DNA解旋酶、HNH內(nèi)切酶、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)蛋白、通道蛋白、末端酶大亞基和末端酶小亞基)、代謝模塊(裂解素、穿孔素和谷胱甘肽家族蛋白)和其他模塊(金屬-β-內(nèi)酰胺酶蛋白域);虮葘Πl(fā)現(xiàn),噬菌體Ec-ZZ2基因組與腸球菌噬菌體IME-EF4(登錄號:KF733017)、腸球菌噬菌體IME-EF3(登錄號:KF728385)、腸球菌噬菌體Efa CPT1(登錄號:JX193904)和腸球菌噬菌體AUEF3(登錄號:KJ127304)具有較高的同源性,分別為97%、91%、92%和96%。噬菌體Ec-ZZ2的全基因組序列已提交至Gen Bank,登錄號:KR131750。
[Abstract]:The results showed that E - ZZ2 genome has 59 coding sequences , DNA replication and assembly module ( DNA polymerase , DNA primer enzyme , DNA helicase , HNHK protein and terminal enzyme small subunit ) , metabolic module ( lysin , perforin and glutathione family protein ) and other modules ( metal - 尾 - lactamase protein domain ) . KF733017 ) , enterococcus phage display IME - EF3 ( accession number : KF728385 ) , enterococcus phage Efa CPT1 ( Accession No .
【學(xué)位授予單位】:吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:R378
【相似文獻(xiàn)】
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1 鄭輝;屎腸球菌裂解性噬菌體Ec-ZZ2全基因序列的初步分析[D];吉林大學(xué);2017年
,本文編號:2037812
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