我國浙江省人與嚙齒動物中小RNA病毒的遺傳多樣性及其進(jìn)化
發(fā)布時間:2018-05-02 01:19
本文選題:手足口病 + 人腸道病毒 ; 參考:《中國疾病預(yù)防控制中心》2016年博士論文
【摘要】:手足口病是由人腸道病毒引起的傳染病,主要感染5歲以下的兒童。近年來,我國的手足口病成為一個嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題,每年有超過百萬的病例。以前的研究顯示,EV-A71與CV-A16是引起手足口病的主要病原體,然而近年來的研究發(fā)現(xiàn)其它型的腸道病毒引起的手足口病例在逐漸增多。溫州市是手足口病流行較嚴(yán)重的地區(qū),然而有關(guān)人腸道病毒的分子流行病學(xué)以及相關(guān)癥狀的研究較少。嚙齒動物可以攜帶多種病毒,目前的研究結(jié)果表明,它們攜帶的病毒不僅種類多,并且在病毒的起源與進(jìn)化過程中起著重要的作用。同時,它們攜帶的多種病毒與人類疾病密切相關(guān)。小RNA病毒中的多種病毒可以感染人,而我國對其在嚙齒動物中的流行情況以及遺傳多樣性的研究較少。因此,進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)嚙齒動物中的小RNA病毒,不僅可以了解其遺傳進(jìn)化規(guī)律,同時也為預(yù)防新發(fā)傳染病提供理論基礎(chǔ)與早期診斷技術(shù)支持。本研究采集了2013年溫州市的溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第二醫(yī)院/育英兒童醫(yī)院臨床診斷為手足口病患者的糞便與腦脊液標(biāo)本。提取標(biāo)本中的RNA,用RT-PCR檢測人腸道病毒的特異性RNA。選取每一型中的部分陽性標(biāo)本擴(kuò)增其全基因組,隨后進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)生分析與重組分析。在采集到的955份樣品中,RT-PCR檢測發(fā)現(xiàn)755份為人腸道病毒陽性,包括人腸道病毒A與B兩個種14個型。在14個型的人腸道病毒中,CV-A6為優(yōu)勢流行株,占比為77.8%,其次為EV-A71(8.2%)與CV-A10(8.1%)。系統(tǒng)發(fā)生分析表明這些病毒是經(jīng)過多次獨(dú)立的事件傳播到溫州的。此外,溫州市流行的人腸道病毒的基因組均發(fā)生了重組,大部分毒株有兩個重組位點(diǎn),部分毒株有3個重組位點(diǎn)。與EV-A71引起的癥狀相比,CV-A6引起的癥狀較輕,CV-A6引起非典型的手足口病,表現(xiàn)為皮疹更大,出現(xiàn)了許多水泡,數(shù)量也更多,分布的身體部位也更廣,并且伴有脫皮與脫甲癥。同時,引起重癥病例的病原體仍是EV-A71,但是CV-A6也可引起重癥病例。本文的研究結(jié)果提示迫切需要加強(qiáng)CV-A6的病原學(xué)和分子流行病學(xué)的研究,以應(yīng)對其在世界范圍內(nèi)的大規(guī)模流行。在本研究中,嚙齒目動物采自浙江省的龍泉市、文成縣、龍灣區(qū)與瑞安市4個地區(qū)。采集到的動物經(jīng)形態(tài)學(xué)鑒定后在無菌條件下解剖,取其與直腸。從肺組織中提取DNA,擴(kuò)增線粒體細(xì)胞色素b (mitochondrial cytochrome b, mt-cytb)基因用分子生物學(xué)方法對動物種類進(jìn)行進(jìn)一步的鑒定。從直腸的糞便中提取總RNA用于小RNA病毒的檢測。根據(jù)基因組的5'NCR設(shè)計(jì)簡并引物,用RT-PCR檢測小RNA病毒的RNA。序列分析表明嚙齒動物中檢測到的病毒為小RNA病毒。然后用基因組步移法擴(kuò)增其全基因組,用RACE與RNA環(huán)化的方法擴(kuò)增其基因組的5'與3'末端。系統(tǒng)發(fā)生分析與同源性分析表明,本研究發(fā)現(xiàn)的小RNA病毒屬于心病毒。此外,不同的心病毒可以共感染同一個個體。毒株Ruian-Rn93-1、Longquan-Aa3-1、Ruian-Rn93-3的多聚蛋白、P1以及2C+3CD蛋白與心病毒B的同源性分別為71.9%~85.4%、65.2%-89.8%與78.3%-95.4%,屬于心病毒B;毒株Wencheng-Rn416的多聚蛋白、P1以及2C+3CD蛋白與Boone心病毒的同源性分別為92.5%、85.3%與96.9%,屬于心病毒C。本研究的結(jié)果表明心病毒B與C在浙江省共流行。因此,需要進(jìn)一步的分子流行病學(xué)調(diào)查確定這些心病毒發(fā)生跨種間傳播而感染人。
[Abstract]:In recent years , it has been found that there are more than one million cases of human enteroviruses . In recent years , it has been found that there are more than one million cases of human enteroviruses in Wenzhou . RT - PCR was used to detect the RNA of small RNA viruses . The results showed that the virus detected in rodents was a small RNA virus . The 5 ' and 3 ' ends of the genome were amplified by genomic walking . The results showed that the small RNA viruses were infected with the same individual . The results showed that the homology of the proteins of Ruian - Rn93 - 1 , Longitude - Aa3 - 1 , Ruian - Rn93 - 3 , P1 and 2C + 3CD protein with heart virus B were 71.9 % - 85.4 % , 65.2 % - 89.8 % and 78.3 % - 95.4 % , respectively .
Polyprotein , P1 and 2C + 3CD protein of Wencheng - Rn416 strain were 92.5 % , 85.3 % and 96.9 % , respectively .
【學(xué)位授予單位】:中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類號】:S852.65;R373
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1 柯昌文;王s閼,
本文編號:1831806
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