本文關(guān)鍵詞：FAM46A,EBF1和PTPN22基因多態(tài)性與河南漢族肺結(jié)核相關(guān)性分析

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【摘要】：研究背景和目的:肺結(jié)核(Pulmonary tuberculosis,PTB)是結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染而引起的一種傳染病,其感染率和致死率均較高,嚴(yán)重威脅了人類的健康。據(jù)統(tǒng)計,全球目前約有20億人感染結(jié)核分枝桿菌,其中1/10的人發(fā)展為活動性結(jié)核。WHO的統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明,全球有22個結(jié)核病高負(fù)擔(dān)國家,我國是其中之一,結(jié)核病死亡率在各種死因中位列第9。肺結(jié)核的發(fā)病機(jī)制非常復(fù)雜,除了受病原體毒力和環(huán)境因素的影響外,其發(fā)生還與宿主遺傳基因有關(guān)。肺結(jié)核的遺傳易患性由多種基因決定,而且因種族和地域的差異有所區(qū)別,所以臨床上應(yīng)針對不同的群體制定預(yù)防、診斷和治療方案。因此,篩選不同地域和人群的肺結(jié)核易感基因,并探索其發(fā)病的分子機(jī)制,將為制定有針對性的預(yù)防、診斷和治療方案提供理論依據(jù)和參考數(shù)據(jù)。近年來,隨著人類基因組學(xué)和蛋白組學(xué)的發(fā)展,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)有多種基因與肺結(jié)核的易感性相關(guān)。2002年,Lagali,P.S等人首次發(fā)現(xiàn)位于染色體6q14.1的FAM46A基因,其編碼序列第2外顯子處存在一個VNTR序列。2014年,Godfrey Essien Etokebe等人發(fā)現(xiàn),FAM46A基因與在克羅地亞人群肺結(jié)核易感性相關(guān),并認(rèn)為VNTR可以參與調(diào)控形態(tài)發(fā)育,基因轉(zhuǎn)錄以及蛋白質(zhì)的功能等生物過程,但在其他人群中未見相關(guān)報道。早期B細(xì)胞因子1(EBF1)基因位于染色體5q34,是編碼B細(xì)胞特異性因子,2012年,Eileen Png等人研究發(fā)現(xiàn),EBF1基因rs10515787位點多態(tài)性與印第安人群的肺結(jié)核易感性相關(guān),由于機(jī)體對結(jié)核分枝桿菌產(chǎn)生的免疫反應(yīng)主要與T淋巴細(xì)胞有關(guān),所以作者推斷該基因不僅參與B細(xì)胞免疫,而且通過NOTCH信號傳導(dǎo)在T細(xì)胞定向分化中亦扮演著非常重要的角色,影響宿主對胞內(nèi)菌感染產(chǎn)生的免疫反應(yīng),但這一論點缺少更多的實驗支持,Eileen Png的研究結(jié)果是種族遺傳差異還是普遍現(xiàn)象?在中國人群中是否也存在這一發(fā)病機(jī)制?有待進(jìn)一步的研究。多項研究表明,蛋白酪氨酸磷酸酶非受體型22基因(PTPN22)與多種免疫性疾病有關(guān)。該基因定位于1號染色體短臂1區(qū)3帶,編碼蛋白酪氨酸磷酸酶(Lyp),LYP可以抑制T細(xì)胞活化,限制T細(xì)胞活化的信號通路,引起相關(guān)疾病。近年來,有學(xué)者發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs2488457位點與I型糖尿病、自發(fā)性蕁麻疹等免疫性疾病有關(guān)。2009年,Lamsyah等研究發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs33996649位點與摩洛哥人群肺結(jié)核的易感性有關(guān)。那么PTPN22基因rs2488457位點是否與肺結(jié)核的易感性相關(guān)?PTPN22基因rs33996649位點是否與中國漢族人群肺結(jié)核的發(fā)生有關(guān)?這還有待進(jìn)一步的研究。本次實驗選取FAM46A基因的VNTR位點,EBF1基因的rs10515787位點及PTPN22基因rs2488457和rs33996649位點,通過分析這四個位點多態(tài)性與河南漢族人群肺結(jié)核易感性的相關(guān)性,探索以上幾個位點是否具有種族和地域的差異,為制定有效的PTB預(yù)防、診斷和治療方法提供一定的參考和理論依據(jù)。研究對象:病例組:收集200例來自河南安陽和新鄉(xiāng)傳染病醫(yī)院的初診肺結(jié)核患者的血液標(biāo)本,年齡范圍在20-56之間,平均年齡為38.9±17.6歲,其中男性受試者146人,女性受試者54人,肺結(jié)核的診斷標(biāo)準(zhǔn)與2008年我國衛(wèi)生部制定的WS288-2008診斷標(biāo)準(zhǔn)一致。排除其它免疫性疾病感染,如糖尿病、HIV感染等,以及使用免疫抑制劑的患者。對照組:隨機(jī)選取200名同期體檢的健康個體,年齡范圍在20-52歲之間,平均年齡為36.0±15.7歲,其中男性受試者178人,女性受試者22人,排除標(biāo)準(zhǔn)同病例組。所有病例組和對照組的研究對象均來自河南地區(qū),研究對象之間無血緣關(guān)系。以上所有受檢個體均得到本人或監(jiān)護(hù)人知情同意。研究方法:抽取研究對象2ml的外周血,酚-氯仿法提取基因組DNA。STR-PCR方法擴(kuò)增FAM46A基因VNTR位點,擴(kuò)增片段用2.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,然后用毛細(xì)管電泳(CE)檢測其多態(tài)性,并分別用其重復(fù)次數(shù)來命名VNTR的等位基因類型。PCR擴(kuò)增EBF1基因rs10515787,PTPN22基因rs2488457和rs33996649等位點,擴(kuò)增片段用2.0%的瓊脂糖凝膠一并進(jìn)行電泳檢測,然后分別經(jīng)過TasⅠ、SacⅠ和MspⅠ限制性內(nèi)切酶酶切,并分別用2.0%、3.5%和2.0%的瓊脂糖凝膠電泳對酶切片段進(jìn)行基因型檢測,紫外分析凝膠成像系統(tǒng)觀察并記錄。統(tǒng)計學(xué)處理:使用SPSS17.0統(tǒng)計軟件分析實驗數(shù)據(jù)(檢驗水準(zhǔn):α=0.05),并根據(jù)運(yùn)行結(jié)果,以O(shè)R值及95%置信區(qū)間來評估基因突變對肺結(jié)核發(fā)生的相對風(fēng)險度。各位點對照組均使用HWE 1.20軟件進(jìn)行Hardy-Weinberg檢測,評估所選資料的人群代表性。運(yùn)用MDR Software程序包(版本0.6.1)分析基因-基因間的交互作用。結(jié)果:1、對照組中,所檢測的四個基因位點的基因型頻率均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),具有較好的人群代表性。2、FAM46A基因VNTR檢測出4種等位基因,分別為1、2、3、4;檢測到9種基因型,分別為1/1、1/2、2/2、1/3、2/3、3/3、2/4、3/4、4/4。相對風(fēng)險估計顯示2/2基因型與河南漢族肺結(jié)核的易感性呈正相關(guān),2/3基因型與肺結(jié)核的易感性呈負(fù)相關(guān)。3、EBF1基因rs10515787位點,在患者組和對照組之間,等位基因和基因型頻率的差異均具有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05),AA基因型以及A等位基因是肺結(jié)核的發(fā)病危險因子。4、PTPN22基因rs2488457位點GC基因型頻率在兩組之間的差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(P0.05),相對風(fēng)險估計顯示與河南漢族肺結(jié)核的易感性呈負(fù)相關(guān)。5、在河南漢族人群中未發(fā)現(xiàn)PTPN22基因rs33996649位點多態(tài)性,對所有受試個體的檢測結(jié)果全部為CC基因型。6、EBF1基因rs10515787位點、PTPN22基因rs2488457和rs33996649位點之間存在交互作用。結(jié)論:1、FAM46A基因VNTR位點、EBF1基因rs10515787位點G/A多態(tài)性、PTPN22基因rs2488457位點G/C多態(tài)性與肺結(jié)核的易感性有關(guān)。2、EBF1基因rs10515787位點、PTPN22基因rs2488457和rs33996649位點之間存在交互作用。
【關(guān)鍵詞】：肺結(jié)核 FAM46A基因 EBF1基因 PTPN22基因 多態(tài)性 河南漢族
【學(xué)位授予單位】：鄭州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R521
【目錄】：

• 摘要4-8
• Abstract8-15
• 前言15-18
• 實驗材料18-21
• 1 研究對象18
• 2 試劑與器材18-21
• 實驗方法21-26
• 1 提取基因組DNA21
• 2 測定DNA純度及含量21-22
• 3 FAM46A基因VNTR位點，EBF1 基因rs10515787 位點，，及PTPN22 基因rs2488457 和rs33996649 位點的多態(tài)性檢測22-26
• 統(tǒng)計學(xué)分析26-27
• 結(jié)果27-41
• 1 四個位點基因分型結(jié)果27-31
• 2 四個位點PCR產(chǎn)物測序結(jié)果31-34
• 3 各基因多態(tài)分布的Hardy-Weinberg檢驗結(jié)果34-35
• 4 病例組與對照組中各位點等位基因和基因型分布35-39
• 5 應(yīng)用多因子降維法（MDR）分析基因-基因交互作用39-41
• 討論41-50
• 1 FAM46A基因VNTR位點與肺結(jié)核的易感性41-45
• 2 EBF1 基因rs10515787 位點與肺結(jié)核的易感性45-46
• 3 PTPN22 基因rs2488457 位點與肺結(jié)核的易感性46-47
• 4 PTPN22 基因rs33996649 位點與肺結(jié)核的易感性47-48
• 5 基因-基因之間的相互作用48-50
• 結(jié)論50-51
• 參考文獻(xiàn)51-54
• 綜述54-73
• 1 HLA基因多態(tài)性與肺結(jié)核易感性的關(guān)系55-57
• 2 非HLA基因多態(tài)性與肺結(jié)核易感性的關(guān)系57-64
• 3 肺結(jié)核相關(guān)基因研究的現(xiàn)狀及前景64-65
• 參考文獻(xiàn)65-73
• 縮略詞73-77
• 致謝77-78
• 個人簡歷78

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 吳惠民，馬德志;結(jié)核桿菌與結(jié)核病[J];生物學(xué)通報;1996年10期

本文編號：865521