發(fā)布時間：2017-10-20 21:05

  本文關(guān)鍵詞：結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液的比較蛋白質(zhì)組學(xué)研究

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【摘要】：目的： 如何鑒別結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液，是目前臨床上的一大難點。由于胸腔積液鄰近受損組織，在肺部相關(guān)疾病中其局部病理改變較其它體液應(yīng)具有更高的敏感性及特異性，并且胸腔積液中富含血漿蛋白，炎性細胞、上皮細胞及腫瘤細胞等分泌的蛋白，這些蛋白可能有潛在的診斷價值。目前，蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)的興起為尋找特異蛋白標(biāo)志物提供了新的契機。本研究應(yīng)用非標(biāo)記（Label free）定量蛋白質(zhì)方法分析比較了結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液蛋白質(zhì)組，并對感興趣的差異蛋白進行臨床驗證，旨在發(fā)現(xiàn)能用于鑒別結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液的標(biāo)志性蛋白。 方法： 1.采用Label free定量蛋白質(zhì)組策略對5例結(jié)核性胸腔積液與5例惡性胸腔積液進行蛋白質(zhì)組分析檢測；通過GO注釋對定量比較蛋白組學(xué)鑒定的差異蛋白進行GO功能分類，利用KEGG軟件尋找與鑒定差異蛋白關(guān)系最密切的病理通路。 2.為進一步確認Label free定量結(jié)果的可靠性，應(yīng)用蛋白質(zhì)印跡法（Western blot）方法對部分差異蛋白的表達情況進行驗證。 3.應(yīng)用酶聯(lián)免疫吸附測定法（Elisa）對候選蛋白在50例結(jié)核性胸腔積液與30例惡性胸腔積液中進行初步臨床驗證，利用支持向量機進一步篩選候選差異蛋白以建立診斷模型，并判斷該模型的診斷價值。 結(jié)果： 1.利用液相色譜-電噴霧電離串聯(lián)質(zhì)譜技術(shù)，我們從5例結(jié)核性胸腔積液、5例惡性胸腔積液樣本中共鑒定出了92個P＜0.05的差異蛋白。根據(jù)ProfileAnalysis2.0軟件的設(shè)定標(biāo)準(zhǔn)，結(jié)核性胸腔積液組與惡性胸腔積液組比較共有63個顯著差異蛋白，與惡性胸腔積液組比較，結(jié)核性胸腔積液組顯著性上調(diào)蛋白31個，顯著性下調(diào)蛋白32個。對差異蛋白進行生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)定位于囊泡與細胞外的差異蛋白最多；分子功能分類中酶抑制功能與蛋白結(jié)合功能占了絕大多數(shù)；生物學(xué)過程分析，這些差異蛋白具有多樣性生物學(xué)過程，與免疫反應(yīng)，穩(wěn)態(tài)過程，，防御反應(yīng)，凝血功能，炎性反應(yīng)，蛋白成熟過程，補體激活，細胞凋亡，宿主細胞進程等密切相關(guān)。KEGG通路分析，我們發(fā)現(xiàn)補體和凝血級聯(lián)反應(yīng)通路、HIF-1信號通路、非小細胞肺癌通路、ErbB信號通路、p53信號通路等都存在蛋白的富集。這些功能和信號通路可能在結(jié)核性或惡性胸腔積液形成過程中發(fā)揮了重要作用。 2.從差異蛋白中，我們選擇了15個蛋白（免疫球蛋白κ鏈C蛋白、補體C9、維生素D結(jié)合蛋白、銅藍蛋白、α2-HS-糖蛋白、α2巨球蛋白、α1酸性糖蛋白、粘蛋白2、補體C4、觸珠蛋白、激肽原1、纖維蛋白原γ鏈、纖維蛋白原β鏈、載脂蛋白A-I、磷酸化應(yīng)激誘導(dǎo)蛋白1）進行Western blot驗證，結(jié)果發(fā)現(xiàn)除3種蛋白表達變化趨勢與Label free定量結(jié)果不一致外，其余12種蛋白表達變化趨勢均同Label free定量結(jié)果一致（80.0%的準(zhǔn)確率）。這就直接證明了Label free定量蛋白質(zhì)組分析結(jié)果的可靠性。 3.利用Elisa方法，我們進一步對免疫球蛋白κ鏈C蛋白、補體C9、α2-HS-糖蛋白、維生素D結(jié)合蛋白、銅藍蛋白、α2巨球蛋白、激肽原1、粘蛋白2、α1酸性糖蛋白這9個候選蛋白在50例結(jié)核性胸腔積液與30例惡性胸腔積液樣本中進行了臨床驗證。與惡性胸腔積液比較，免疫球蛋白κ鏈C蛋白、補體C9、α2-HS-糖蛋白、維生素D結(jié)合蛋白、銅藍蛋白、α2巨球蛋白在結(jié)核性胸腔積液中顯著性高表達（P＜0.05）；激肽原1在結(jié)核性胸腔積液中顯著性低表達（P＜0.05）；而粘蛋白2和α1酸性糖蛋白在兩組間無統(tǒng)計學(xué)差異（P＞0.05）。對這7個有統(tǒng)計學(xué)差異的蛋白進行ROC曲線分析發(fā)現(xiàn)，這些蛋白如果作為單一的診斷標(biāo)記物，它們的診斷效能均不是十分理想（ROC曲線下面積＜0.9）。因此，我們采用支持向量機方法優(yōu)選出免疫球蛋白κ鏈C蛋白、補體C9、α2-HS-糖蛋白、激肽原1這4個蛋白建立診斷模型。該模型的敏感度為96.0%，特異度為100.0%，準(zhǔn)確度為97.5%，ROC曲線下面積為0.965，表明由這4個蛋白建立的診斷模型診斷準(zhǔn)確性很高。 結(jié)論： 運用Label free定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)分析結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液差異蛋白質(zhì)組，是尋找特異蛋白標(biāo)志物的高效、可行的研究策略。免疫球蛋白κ鏈C蛋白、補體C9、α2-HS-糖蛋白、激肽原1這4個蛋白質(zhì)可作為潛在的生物標(biāo)志物群用于鑒別結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液。
【關(guān)鍵詞】：結(jié)核性胸腔積液 惡性胸腔積液 定量蛋白質(zhì)組學(xué) 非標(biāo)記 生物標(biāo)志物 診斷
【學(xué)位授予單位】：北京市結(jié)核病胸部腫瘤研究所
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2014
【分類號】：R730.4;R561.3
【目錄】：

• 英文縮略詞6-8
• 摘要8-11
• Abstract11-15
• 前言15-18
• 材料和方法18-31
• 1. 研究對象18-22
• 1.1 納入及排除標(biāo)準(zhǔn)19-20
• 1.2 實驗分組20-22
• 2. 研究方法22-31
• 2.1 主要儀器和試驗試劑22-23
• 2.2 樣本收集和處理23
• 2.3 Label free 定量體系檢測23-26
• 2.4 生物信息學(xué)分析26-27
• 2.5 Western blot 驗證 Label free 定量結(jié)果的可靠性27-29
• 2.6 候選蛋白的初步臨床驗證29-31
• 2.7 統(tǒng)計學(xué)分析31
• 結(jié)果31-53
• 1. 樣本處理結(jié)果31-32
• 2. 樣本濃度定量結(jié)果32
• 3. 樣本 NanoLC-ESI/MS/MS 檢測結(jié)果32-34
• 4. 結(jié)核性胸腔積液與惡性胸腔積液差異蛋白質(zhì)的鑒定34-37
• 5. 基本理化性質(zhì)分析37-39
• 6. 生物信息學(xué)39-43
• 7. Western blot 驗證 Label free 定量結(jié)果的可靠性43-45
• 8. 候選蛋白的初步臨床驗證45-53
• 討論53-65
• 一. Label free 定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)在比較蛋白組學(xué)研究中的優(yōu)越性53-56
• 二. 生物信息學(xué)分析56-57
• 三. 候選蛋白的臨床初步驗證及對部分差異蛋白質(zhì)功能的討論57-63
• 四. 問題與展望63-65
• 結(jié)論65-66
• 參考文獻66-76
• 文獻綜述76-105
• 參考文獻96-105
• 攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表文章105-106
• 致謝106-107
• 個人簡歷107

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前7條

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3 林全;施孟如;王良興;金旭如;;肺癌性與結(jié)核性胸腔積液蛋白質(zhì)組的差異[J];溫州醫(yī)學(xué)院學(xué)報;2011年03期

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本文編號：1069340