本文關(guān)鍵詞：腦膠質(zhì)瘤酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移磁共振成像與組織病理學及基因組學相關(guān)研究

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【摘要】：研究背景膠質(zhì)瘤是成人最常見的原發(fā)性腦腫瘤,兒童最常見的腦腫瘤。近年來,盡管外科手術(shù)、放療及化療等治療手段取得了一定的進展,但預后沒有明顯的改善。以個體基因信息為基礎的精準醫(yī)療成為惡性膠質(zhì)瘤治療研究的最新熱點,但仍處于初步探索階段。世界衛(wèi)生組織(WHO)分級的III級膠質(zhì)瘤患者通常有2-3年生存期,而Ⅳ級膠質(zhì)瘤患者僅有12-15個月的生存期。當前膠質(zhì)瘤的影像診斷面臨的主要難題是術(shù)前膠質(zhì)瘤的鑒別診斷(例如與顱內(nèi)原發(fā)淋巴瘤鑒別)、膠質(zhì)瘤分級以及惡性膠質(zhì)瘤隨訪過程中準確鑒別腫瘤復發(fā)、假性進展及放射性壞死。準確的診斷對于治療方案的制定及患者生存期的延長有決定性作用。目前,臨床上仍然以活檢病灶組織的病理診斷結(jié)果作為“金標準”。而公認的是磁共振成像技術(shù)是診斷和評估膠質(zhì)瘤最重要的影像學方法,對病理診斷有重要的補充意義,但是常規(guī)MRI技術(shù)多局限于僅僅提供解剖學信息,未能提供更多病灶生物學分子水平的信息,更嚴重的是新近發(fā)現(xiàn)MRI釓劑造影劑會在小腦齒狀核及基底節(jié)區(qū)中沉積,美國FDA已預警釓劑在人腦沉積的健康風險。因此發(fā)展內(nèi)源性的分子水平MRI成像技術(shù)對于腦膠質(zhì)瘤患者的診治迫在眉睫。酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移(Amide Proton Transfer, APT)成像是一種特殊類型的化學交換飽和轉(zhuǎn)移(Chemical Exchange Saturation Transfer, CEST)磁共振成像技術(shù),能探測活體中內(nèi)源性的位于細胞質(zhì)內(nèi)游離的蛋白質(zhì)及多肽。前期實驗室結(jié)果表明,APT成像可提供重要的反映膠質(zhì)瘤組織中過度表達的蛋白及多肽的信息,這一結(jié)果與腦膠質(zhì)瘤患者MRI介導的蛋白組學及活體MR波譜的結(jié)果一致。本論文研究了APT成像在惡性膠質(zhì)瘤臨床診斷和治療過程中的應用,包括膠質(zhì)瘤與原發(fā)性中樞性淋巴瘤的術(shù)前鑒別診斷以及引導立體定位活檢膠質(zhì)瘤的應用以及相關(guān)組織病理學做了深入的研究,并將APT成像特征與基因表達水平聯(lián)系的影像基因組學做了初步探討,希望不僅能從病理、基因水平更好地理解APT成像機制,而且能將APT成像技術(shù)從目前簡單的影像學診斷推廣到能為外科手術(shù)和基因靶向藥物等臨床治療方案的選擇提供更有意義的分子生物學水平信息。一、應用酰胺質(zhì)子成像鑒別原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)淋巴瘤和高級別膠質(zhì)瘤目的：應用APT加權(quán)(APT-weighted, APTW)成像鑒別診斷原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)淋巴瘤(Primary Central Nervous System Lymphoma, PCNSL)與高級別膠質(zhì)瘤(High-grade Glioma, HGG)。同時研究APTW信號強度與腫瘤細胞核漿比(Nucleus/Cytoplasm Ratio, N/C)之間的相關(guān)性。方法：1.受試者錄用及MR成像掃描經(jīng)手術(shù)切除或立體定向穿刺活檢病理證實的11例PCNSL(共13個病灶)患者和21例HGG患者在治療前行常規(guī)磁共振序列(T1W、T2W、FLAIR和Gd-T1W)及APT序列掃描。MRI常規(guī)圖像確定病灶實質(zhì)部分最大截面,對該層面進行APT成像,獲得偏置范圍在±6ppm之間的Z譜和15.6ppm處的傳統(tǒng)的與組織中類固體相關(guān)的磁化轉(zhuǎn)移率(Magnetization Transfer Ratio, MTR)。2. APTw圖像處理所有的原始圖像數(shù)據(jù)用交互式數(shù)據(jù)語言(IDL; ITT Visual Information Solutions, Boulder, CO, USA)進行分析。APTW數(shù)據(jù)首先進行B0不均勻性校正,APTW圖像用校正后的頻率偏置在±3.5ppm的數(shù)據(jù)進行計算:MTRasym(3.5ppm)= Ssat(-3.5 ppm)/S0-Ssat(+3.5 ppm)/S0。此方程中Ssat和So分別指代有或沒有選擇性射頻發(fā)射時圖像的信號強度�？紤]到相對于MTRasym(3.5ppm)在-3.5ppm偏置處可能存在的奧氏核效應(]nuclear Overhauser effect, NOE),計算得出的MTRasym(3.5ppm)通常被稱為APT加權(quán)(APTW)圖像。3.影像學參數(shù)測量兩位影像醫(yī)師獨立勾畫感興趣區(qū)(Region of Interest, ROI),勾畫ROI時參考T1W增強圖像,ROI均盡量避開腫瘤壞死區(qū)域及腫瘤血管,對于每例病灶,在釓劑增強范圍內(nèi)至少勾畫5個ROI。記錄每個病灶對應的最大APTW信號值(APTWmax)、最小APTW信號值(APTWmin),病灶內(nèi)APTW值分布值(APTWmax-min)和APTW平均值(APTWmean),總化學交換飽和轉(zhuǎn)移信號CESTtotal和MTR值,同時測量瘤周水腫區(qū)的APTW值和MTR值。CESTtotal和MTR值在對應于測量APTWmax的ROI處采集。4.組織病理學數(shù)據(jù)分析在每張HE切片中選擇熱點區(qū)域于200倍視野下拍攝數(shù)碼照片。熱點區(qū)域為盡量避免非腫瘤成分(腫瘤血管,壞死區(qū)域,浸潤的炎癥細胞和組織切片偽影)的腫瘤實質(zhì)部分。然后應用圖片分析軟件Image-Pro Plus分析熱點拍攝的數(shù)碼照片。病理醫(yī)師在程序中分別選擇藍染的細胞核和紅染的細胞漿定義細胞核和細胞漿,該軟件把待測圖像進行選定的顏色分離后而計算出各自顏色對應的總面積。核漿比由細胞核總面積除以細胞漿總面積得出。5.統(tǒng)計學處理采用組內(nèi)相關(guān)系數(shù)(Intraclass Correlation Coefficient, ICC)檢驗兩觀察者獲得的兩組圖像測量數(shù)據(jù)結(jié)果一致性。應用獨立樣本t檢驗分析PCNSL和HGG兩組的腫瘤實質(zhì)區(qū)的APTWmax、APTWmin、APTWmax-min、APTWmean、CESTtotal和MTR值以及瘤周水腫區(qū)APTW、MTR值均數(shù)的差異是否有統(tǒng)計學意義,并通過受試者工作特征曲線(Receiver Operating Characteristic Curve, ROC曲線)分析腫瘤實質(zhì)中上述測量值中具有統(tǒng)計差異的影像學參數(shù)在PCNSL和HGG兩組腫瘤之間的鑒別診斷能力。采用簡單線性回歸分析APTWmax值、MTR值與核漿比之問的關(guān)系。取P0.05為差異有統(tǒng)計學意義。結(jié)果：1. PCNSL和HGG的平均MTRasym譜線顯示水共振信號下游3.5ppm偏置處可見較強的CEST效應。PCNSL和HGG腫瘤實質(zhì)區(qū)的APT效應較對側(cè)正常表現(xiàn)腦白質(zhì)明顯。2.在APTW圖像上PCNSL通常顯示為相對均勻一致的高信號(相對于病灶同層面對側(cè)正常表現(xiàn)的腦白質(zhì)信號為高信號)。對比HGG腫瘤實質(zhì)部分,在PCNSL腫瘤實質(zhì)部分的APTWmax, APTWmax-min和CESTtotal顯著降低(p分別小于0.05,0.01,和0.05),而APTWmin和MTR值顯著增高(兩者p值均小于0.01)。PCNSL的瘤周水腫區(qū)的APTW值較HGG明顯減低。在鑒別PCNSL和HGG兩組腫瘤時,上述諸影像參數(shù)中APTWmax-min具有最大的曲線下面積(AUC=0.963)。3.在本實驗部分中PCNSL的核漿比較HGG明顯升高(1.69±0.72 vs.0.55±0.21,P0.01)。APTWmax與核漿比之間存在明顯的負相關(guān)關(guān)系(R=0.576,P0.01),但在MTR與核漿比之間則為中等正相關(guān)關(guān)系(R=0.326,P0.084)。結(jié)論：以蛋白質(zhì)濃度為基礎的APTW信號是一種有臨床應用價值的磁共振生物學標記物,對術(shù)前鑒別PCNSL和HGG有重要作用。結(jié)果證實了APTw信號主要來源于組織中的游離的蛋白質(zhì)和多肽。二、APTw圖像引導立體定向活檢與組織病理學分析評估APTw信號作為新診斷膠質(zhì)瘤的影像學生物標記物目的：通過APTw圖像引導定向活檢技術(shù),將活檢組織的病理結(jié)果與APTw信號改變進行“點對點”分析,評估APTw高信號作為惡性膠質(zhì)瘤的影像學生物標記物的可行性。方法：1.患者入選標準本部分試驗為前瞻性研究,24例臨床根據(jù)病史、體征和常規(guī)MR圖像治療,臨床懷疑為膠質(zhì)瘤且未經(jīng)治療,術(shù)前短期內(nèi)經(jīng)APT序列掃描,手術(shù)病理確認為膠質(zhì)瘤的患者入選本實驗。所有受試者APT掃描后行應用神經(jīng)導航定向系統(tǒng)介導立體定向活檢術(shù)。APT成像掃描與手術(shù)間隔時間除一例(15天)外均少于6天。2.MR成像采集技術(shù)病人在3 T磁共振上掃描。此部分研究采用三維APT全腦掃描方案,包括射頻飽和脈沖、脂肪抑制、三維梯度自旋回波成像采集等三部分。常規(guī)MRI序列包括T1W、T2W、FLAIR和Gd-T1W。3. APTw圖像處理為了減少在掃描過程中可能出現(xiàn)的運動偽影,采集的原始APTw數(shù)據(jù)系列首先通過3.5ppm偏置處的飽和圖像校準。此校準過程由功能神經(jīng)影像軟件(AFNI)完成。然后,根據(jù)之前計算的WASSR B0不均勻性圖像,APTw數(shù)據(jù)進行頻率偏置移位,從而校正APTw數(shù)據(jù)中可能的B0不均勻性。APTw圖像用校正后的頻率偏置在±3.5ppm的數(shù)據(jù)進行計算,MTRasym(3.5 ppm)。4.立體定向活檢在每個病灶中選定3到6個ROI來采樣活檢組織,優(yōu)先考慮病灶內(nèi)的APTw高信號區(qū)和釓劑強化區(qū)重疊的區(qū)域為活檢目標。在缺乏明顯APTw高信號或釓劑增強的病灶中,則在T2/FLAIR高信號區(qū)內(nèi)選取手術(shù)路徑最可行的ROI作為活檢目標。ROI在BrainLab神經(jīng)導航系統(tǒng)中被標記在共校準的臨床MR圖像上。應用術(shù)中導航技術(shù),術(shù)中實際精確的活檢部位被實時標注在BrainLab截屏圖像上。最后經(jīng)導航獲取的活檢組織保存固定于4%的福爾馬林中待進一步病理分析。5.病理學參數(shù)半定量及定量分析兩位神經(jīng)病理醫(yī)師(盲向于對影像特征和活檢部位)于HE切片上半定量分析腫瘤分級(Grade),腫瘤細胞密度(Cell_ove和Cell_hot)和壞死程度(Nec_ove和Nec_hot)并轉(zhuǎn)換成對應的有序分類變量。每份樣本都經(jīng)過兩個不同觀測范圍的評估：整體觀(對應“ove”)和局部熱點區(qū)(對應“hot”)。定量分析絕對腫瘤細胞密度(Cell_count)和增殖指數(shù)(Ki-67)。通過圖像處理軟件ImageJ分析在熱點區(qū)拍攝的數(shù)碼相片,運用“粒子分析”的插件功能半自動計算細胞密度Cell_count,單位為個/視野。增殖指數(shù)(Ki-67)的計數(shù)在Ki-67免疫組化染色切片上進行評估。計數(shù)熱點區(qū)Ki-67陽性染色的腫瘤細胞核所占整個視野內(nèi)總的腫瘤細胞核的百分數(shù)得出增殖指數(shù)。6.測量APTw值將每個靶向活檢位點標記到配準后的實驗用常規(guī)MR圖像上,再將活檢位點定位到3.5ppm偏置處飽和的Ssat配準后圖像,神經(jīng)影像科醫(yī)師在位點處手動勾畫包括4到5個體素的ROI,同時也選取同層面的對側(cè)正常表現(xiàn)腦白質(zhì)作為APTw值校正參考。最后將上述ROI內(nèi)的絕對APTw信號值減去對側(cè)CNAWM的APTw值,并記錄下來作為對應ROI的APTw強度。7.統(tǒng)計分析應用Pearson's或者Spearman's相關(guān)分析評估APTw信號強度和各個病理指數(shù)之間的相互關(guān)系,設置統(tǒng)計顯著性水平為p0.05。病理診斷為不同WHO腫瘤級別Grade(Ⅱ級、Ⅲ級和Ⅳ級)的樣本之間的APTw信號強度的均數(shù)差異由單因素方差分析檢驗,然后采用LSD檢驗APTw強度的兩兩組間比較是否有差異。應用兩獨立樣本t檢驗分別分析高級別膠質(zhì)瘤(WHO分級Ⅲ級和Ⅳ級)與低級別膠質(zhì)瘤(WHO分級Ⅱ級)兩組樣本組織之間的APTw強度均數(shù)是否有差別,以及高級別膠質(zhì)瘤和低級別膠質(zhì)瘤兩組患者之間的APTwmax強度均數(shù)是否有差別。為分析APTw信號的病理預測因子,將一組病理學預測變量(Grade、Cell_ove、Cell_hot、Nec_ove、Nec_hot和Ki-67)輸入以APTw信號強度為獨立變量的多重線性回歸模型分析中。應用ROC曲線進一步評估應用APTw或APTwmax信號強度鑒別高級別樣本區(qū)與低級別樣本的診斷能力。結(jié)果：1.實驗共收集70份新診斷膠質(zhì)瘤的組織樣本。根據(jù)WHO標準,33份組織診斷為Ⅱ級膠質(zhì)瘤,14份組織為Ⅲ級膠質(zhì)瘤,15份標本為Ⅳ級膠質(zhì)瘤,8份樣本被診為瘤周水腫組織。在6例病灶中發(fā)現(xiàn)同時存在多重級別的膠質(zhì)瘤成分。24例患者中有21例立體定向活檢后隨即接受腫瘤切除術(shù),基于腫瘤切除術(shù)中采樣組織得出的最終病理結(jié)果與根據(jù)術(shù)中立體定向活檢組織得出的最終病理結(jié)果一致。2.不管高級別膠質(zhì)瘤病灶是否顯示釓劑強化在APTw圖像上都一致性地表現(xiàn)為APTw高信號病灶,低級別膠質(zhì)瘤則顯示為等一稍高APTw信號。3. APTw信號強度分別與樣本的病理分級Grade (R= 0.572, p 0.001),絕對細胞密度Cell_count (R= 0.757, p 0.001)以及增殖指數(shù)Ki-67(R=0.538,p0.001)存在顯著強正相關(guān)關(guān)系。4.多重線性回歸分析顯示APTw信號強度主要受腫瘤組織細胞密度(Cell_count)和增殖指數(shù)Ki-67的影響。ROC分析證實APTw信號強度能夠很好地區(qū)分高級別膠質(zhì)瘤組織和低級別膠質(zhì)瘤組織(APTw閾值為2.74%,AUC為0.804)。結(jié)論：APT信號是一種能反映惡性膠質(zhì)瘤組織病理特征的、有價值的影像學生物標記物,尤其在異質(zhì)性明顯的膠質(zhì)瘤內(nèi)部來定位局部高級別的腫瘤組織,有重要作用。APTw成像引導的立體活檢術(shù)能提高活檢取材準確性。三、酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移成像鑒別惡性膠質(zhì)瘤腫瘤復發(fā)和放射性壞死的臨床價值目的：在APTw圖像引導下,對術(shù)后疑似復發(fā)惡性膠質(zhì)瘤患者的進行立體定向活檢,評估APTw成像鑒別惡性膠質(zhì)瘤腫瘤復發(fā)和放射性壞死的價值。方法：1.患者入選標準本部分試驗為前瞻性研究,收集21例臨床懷疑惡性膠質(zhì)瘤復發(fā)的患者,APTw掃描前都行手術(shù)切除術(shù)、術(shù)后標準放療和化療。所有受試者APT掃描后短期行應用神經(jīng)導航定向系統(tǒng)介導立體定向活檢術(shù)或腫瘤切除術(shù)。APT成像掃描與手術(shù)間隔時間除一例(25天)外均少于6天。2.MR成像采集技術(shù)及APTw圖像處理患者經(jīng)3.0T磁共振掃描儀上行三維APTw全腦掃描,每個患者經(jīng)Tlw、T2w、FLAIR、釓劑增強T1w和APT成像序列掃描。MR成像采集技術(shù)和APTw圖像處理的具體細節(jié)參照第二部分。3.立體定向活檢具體操作方法和設備同第二部分。優(yōu)先考慮病灶內(nèi)的APTw高信號區(qū)和釓劑強化區(qū)重疊的區(qū)域為活檢目標,如果APTw信號沒有明顯增高則從釓劑強化區(qū)采樣。4.病理學參數(shù)半定量及定量分析具體操作方法,設備試劑和病理半定量分析方法同第二部分。在HE切片在熱點區(qū)域觀察的細胞密度、壞死程度分別記錄為Cell_hot和Nec_hot。通過觀察切片整體得出的細胞密度、壞死程度分別記錄為Cell_ove和Nec_ove。并新增加腫瘤狀態(tài)這一病理指標,腫瘤狀態(tài)分為三個等級：休眠、混合以及活躍,腫瘤狀態(tài)評估的指標包括核異型性,有絲分裂,增值程度,腫瘤血管形成情況以及壞死的形態(tài)等。5. APTw圖像分析圖像配準細節(jié)以及APTw信號ROI勾畫方法參照論文第二部分。6.統(tǒng)計分析采用單因素方差分析在三組不同的腫瘤狀態(tài)(休眠、混合以及活躍)之間分析病理指標以及APTw信號強度的差異有無統(tǒng)計意義,分別采用LSD檢驗或Wilcoxon-Mann-Whitney法驗證兩兩組間的各指標是否有差異。應用Pearson's, Spearman's或者Kendall's相關(guān)分析方法分析APTw信號強度和各個病理指標之間以及各個病理指標兩兩之間的相關(guān)關(guān)系。用獨立樣本t檢驗驗證腫瘤復發(fā)和放射性壞死之間的APTw信號均數(shù)的差別。最后用多重線性分析模型尋找能解釋并預測APTw信號強度的病理指標,預測因子變量包括腫瘤狀態(tài),Cell_ove, Cell_hot, Nec_ove, Nec_hot, Cell_count和Ki-67,輸入標準水平設置為p0.05。結(jié)果：1.共計從21例懷疑惡性膠質(zhì)瘤復發(fā)患者中收集到64份活檢樣本。35份活檢樣本被定義為活躍,13份為休眠,12份為混合,8份樣本被診為瘤周水腫組織。21例患者中發(fā)現(xiàn)有9例患者單一病灶來源的多塊活檢樣本同時出現(xiàn)兩種以上的腫瘤狀態(tài)。21例患者中有19例立體定向活檢后立即行腫瘤切除術(shù),基于腫瘤切除術(shù)中取得的樣本得出的病理結(jié)果與根據(jù)術(shù)中立體定向活檢組織得出的病理結(jié)果一致。2.休眠組織的平均APTw信號強度為1.22±0.60%,混合組織為1.97±1.04%,活躍組織為3.14±0.68%,組內(nèi)和組間差異均有統(tǒng)計學差異。3.本實驗將休眠樣本和混合樣本合并為放射性壞死組,活躍腫瘤狀態(tài)的樣本被定義為腫瘤復發(fā)。腫瘤復發(fā)組和放射性壞死組的APTw信號強度分別為3.14±0.68%和1.61±0.93%(p0.001)。ROC評估APTw信號強度區(qū)分放射性壞死和腫瘤復發(fā)的診斷效能,顯示APTw信號強度大于2.37%(閾值)時將腫瘤復發(fā)組織從放射性壞死組織中鑒別出來即有85.7%的敏感性,84.0%的特異性,AUC為0.891。4. APTw信號與腫瘤狀態(tài)、Cell_ove、Cell_hot、Cell_count、Ki-67呈顯著正相關(guān)關(guān)系,APTw信號信號強度與壞死程度(Nec_ove或Nec_hot)之間僅僅存在非常弱的負相關(guān)關(guān)系。5.多重線性回歸分析顯示在術(shù)后惡性膠質(zhì)瘤疑似腫瘤復發(fā)的病灶中,腫瘤狀態(tài)是APTw信號強度可信的有效的預測因子。結(jié)論：APTw圖像高信號是惡性膠質(zhì)瘤的影像標記物,APTw成像可幫助鑒別腫瘤復發(fā)與放射性壞死。APTw高信號可能反映復發(fā)惡性膠質(zhì)瘤病灶內(nèi)最惡性的成分。四、多形性膠質(zhì)母細胞的影像基因組學初探：酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移成像和信使RNA表達量的關(guān)系目的：初步探討多形性膠質(zhì)母細胞瘤的APTw影像學特征與病灶mRNA表達量之間的關(guān)系,旨在尋找出GBM不同APTw影像特征之間的mRNA表達差異基因及模塊。方法：1.受試者資料及磁共振掃描GBM患者16例,APT掃描之前未經(jīng)手術(shù)、放療、化療或激素治療的免疫功能完整的患者。患者經(jīng)3T磁共振掃描儀上行APTw掃描及傳統(tǒng)MRI序列掃描(T1w、T2w、FLAIR和釓劑增強Tlw),MR成像采集技術(shù)及APTw圖像處理具體細節(jié)參照第一部分。2.組織樣本獲取方法APTw信號強度≥1.57%同時合并釓劑增強的腫瘤區(qū)域被定義為腫瘤實質(zhì)區(qū),APTw信號強度≤1.57%且無釓劑增強FLAIR高信號區(qū)被定義為瘤周組織。術(shù)中使用神經(jīng)導航系統(tǒng)分別從每位受試者腫瘤實質(zhì)區(qū)和瘤周水腫區(qū)取組織一對。3.影像分析方法(1)瘤內(nèi)出血：在病灶內(nèi)觀察到局灶性T2w低信號或Tlw高信號認為是出現(xiàn)瘤內(nèi)出血灶,必要時以SWI圖印證。根據(jù)病灶是否合并瘤內(nèi)出血將患者分為兩組影像表型。(2) APTw/FLAIR和APTw/Gd-T1w:根據(jù)本論文第一部分內(nèi)容的結(jié)果,以相對APTw信號強度(病灶APTw強度減去對側(cè)CNAWM的APTw信號強度)大于1.57%定義為APTw高信號。運用IDL結(jié)合Mo計算病灶內(nèi)APTw高信號面積。在APTw掃描對應層面的FLAIR及Gd-T1w圖像上手工勾畫出異常信號區(qū)域ROI,得出FLAIR及Gd-T1W高信號面積。將上述同一病灶層面的三個不同面積分別取比值得到APTw/FLAIR(AFR)和APTw/Gd-T1w(ATR),分別以0.8和1.0為分界值將16例患者分成對應的兩對影像表型。4. mRNA提取及建庫測序樣品提取總RNA后,富集mRNA,反轉(zhuǎn)錄合成cDNA,純化、脫洗后修飾末端、加堿基腺嘌呤、加測序接頭引物,回收目的片段,經(jīng)PCR擴增制備整個文庫。]llumina HiSeq2000進行測序,產(chǎn)生的原始圖像數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化為序列數(shù)據(jù),得到clean reads,用唯一比對上基因的reads數(shù)目和比對上參考序列的總reads數(shù)來計算基因表達量�；虮磉_量的計算使用RPKM法。查找出差異表達基因(Differential expression gene, DEG)的GO功能注釋并采用GO功能顯著性富集分析。5.篩選差異基因參照經(jīng)典差異基因檢測方法,多重假設檢驗校正p-value,控制假陽性率(False Discovery Rate, FDR)來決定p-value的域值。此外還將根據(jù)基因的表達量計算不同樣本間的差異表達倍數(shù)。本研究設置FDR0.001同時倍數(shù)差異不低于2倍的基因為DEG。結(jié)果：1.合并出血的多形性膠質(zhì)母細胞瘤NFS1表達顯著下調(diào)(校正p值為5.87E-09)。2. BRCA1在APTw/FLAIR高值組較低值組顯著下調(diào)(校正p值為0.000953)。3. SLAMF9和MIA在APTw/Gd-T1w高值組較低值組顯著下調(diào)(校正 p值分別為1.08E-11和0.00997)。4.各表型的DEG顯著富集GO-term詳見表4-1。結(jié)論：本實驗的初步結(jié)果顯示了膠質(zhì)母細胞瘤分子影像與基因特征的全新的聯(lián)系,探討了以蛋白質(zhì)信號為基礎的APTw影像學特征對應的潛在的基因改變,這在將來可能無創(chuàng)地提供膠質(zhì)瘤母細胞瘤活體基因表達譜,為幫助患者有針對性地選擇合適的精準治療方案提供基因組學信息。
【關(guān)鍵詞】：酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移 淋巴瘤 膠質(zhì)瘤 活檢 組織病理 基因
【學位授予單位】：南方醫(yī)科大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R739.41;R445.2
【目錄】：

• 摘要3-15
• ABSTRACT15-30
• 前言30-37
• 第一部分 應用酰胺質(zhì)子成像鑒別原發(fā)性中樞神經(jīng)系統(tǒng)淋巴瘤和高級別膠質(zhì)瘤37-55
• 引言37-39
• 材料和方法39-43
• 結(jié)果43-52
• 討論52-55
• 第二部分 APTw圖像引導立體定向活檢與組織病理學分析評估APTw信號作為新診斷膠質(zhì)瘤的影像學生物標記物55-77
• 引言55-56
• 材料與方法56-65
• 結(jié)果65-74
• 討論74-76
• 結(jié)論76-77
• 第三部分 酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移成像鑒別惡性膠質(zhì)瘤腫瘤復發(fā)和放射性壞死的臨床價值77-98
• 引言77-79
• 材料和方法79-82
• 結(jié)果82-95
• 討論95-97
• 結(jié)論97-98
• 第四部分 多形性膠質(zhì)母細胞的影像基因組學初探：酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移成像和信使RNA表達量98-110
• 引言98-99
• 材料與方法99-103
• 結(jié)果103-106
• 討論106-110
• 不足與展望110-112
• .參考文獻112-122
• 附錄：中英文縮略詞對照表122-123
• 博士研究生期間發(fā)表論文123-128
• 致謝128-130

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1 唐亞林;人體胰島素質(zhì)子交換反應的核磁共振研究[J];波譜學雜志;1999年03期

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2 戴卓智;楊文彬;沈智威;韋茂彬;肖剛;吳仁華;;基于酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移的磁共振酸堿度成像[A];中華醫(yī)學會第十八次全國放射學學術(shù)會議論文匯編[C];2011年

3 王綺文;K.Wüthrich;;二維核磁共振研究Tendamistat骨架上酰胺質(zhì)子交換動力學[A];第四屆全國波譜學學術(shù)會議論文摘要集[C];1986年

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1 蔣山姍;腦膠質(zhì)瘤酰胺質(zhì)子轉(zhuǎn)移磁共振成像與組織病理學及基因組學相關(guān)研究[D];南方醫(yī)科大學;2016年

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本文編號：593272