本文關(guān)鍵詞：公綿羊精液品質(zhì)相關(guān)基因群體遺傳效應(yīng)研究

  更多相關(guān)文章： 綿羊 精液品質(zhì) 候選基因 分子標(biāo)記 血清生化指標(biāo)

【摘要】：目前,綿羊分子標(biāo)記輔助選擇技術(shù)研究已取得長(zhǎng)足進(jìn)展,但相關(guān)研究主要集中在母羊多胎性狀方面,針對(duì)公羊的研究相對(duì)較少,主要原因是公羊飼養(yǎng)數(shù)量少,難以滿足研究群體數(shù)量需要。為此,本研究以4個(gè)進(jìn)口品種的288只種公羊?yàn)樵囼?yàn)材料,進(jìn)行遺傳多態(tài)性及關(guān)聯(lián)性分析,旨在尋找與精液品質(zhì)相關(guān)的分子標(biāo)記,為種公羊科學(xué)利用及選育提高提供理論依據(jù)。(1)選擇FSHR、LHCGR、MBL2、CD4、ID2等29個(gè)候選基因中29個(gè)主要SNP為研究對(duì)象,采用Sequenom Mass Array飛行時(shí)間質(zhì)譜法分析SNPs在四個(gè)品種公羊群體中的多態(tài)性以及與種公羊精液原精液量、精液濃度、精子活力等11項(xiàng)指標(biāo)以及陰囊周徑等的關(guān)聯(lián)性,發(fā)現(xiàn):(1)在所選的29個(gè)SNPs中,只有5個(gè)位點(diǎn)在研究群體中得到確認(rèn),分別是:FSHR(rs398233545)、LHCGR(rs398733991)、MBL2(rs401909751)、CD4(rs403107881)、ID2(rs420477086)。其中前4個(gè)為錯(cuò)義突變,最后一個(gè)位于3′UTR區(qū)。(2)FSHR(rs398233545)在杜泊公羊群體中未檢出。在薩福克羊、白薩�？搜蚝蜔o(wú)角道賽特羊群體中均存在兩種基因型(CC和CT型),優(yōu)勢(shì)基因型均為CC,基因型頻率分別為:0.94、0.96和0.9;優(yōu)勢(shì)等位基因均為C,基因頻率分別為0.97、0.98和0.95。PIC結(jié)果顯示FSHR(rs398233545)在四個(gè)品種羊群體中為低度多態(tài)。性狀關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn),rs398233545與四個(gè)品種羊的精液品質(zhì)性狀均無(wú)顯著相關(guān)(P0.05)。(3)LHCGR(rs398733991)在薩福克羊群體中未檢測(cè)到。在杜泊羊和白薩福克羊群體中存在CC和CT兩種基因型,在無(wú)角道賽特羊群體中存在CC、CT和TT三種基因型。優(yōu)勢(shì)基因型均為CC,基因型頻率分別為0.97、0.89和0.9;優(yōu)勢(shì)等位基因均為C,等位基因頻率分別為0.98、0.95和0.93。PIC結(jié)果顯示,rs398733991在四個(gè)品種羊群體中屬于低度多態(tài)。關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),在白薩�？搜蛉后w中CT型個(gè)體鞭打頻率顯著高于CC型(0.01P0.05);CC型個(gè)體的線性度和前向性性狀顯著高于CT型(0.01P0.05);CT型個(gè)體的移動(dòng)角度性狀極顯著高于CC型(P0.01)。在其他三品種中,rs398733991與精液品種性狀無(wú)顯著相關(guān)性。(4)MBL2(rs401909751)在無(wú)角道賽特群體中未檢測(cè)到。在杜泊羊、薩�？搜蚝桶姿_福克羊群體中,均檢測(cè)到GG和AA兩種基因型。在杜泊和白薩福克羊群體中,優(yōu)勢(shì)基因型為GG,基因型頻率為0.98和0.82;優(yōu)勢(shì)等位基因?yàn)镚,基因頻率為0.99和0.88。在薩�？巳后w中,優(yōu)勢(shì)基因型為AA,基因型頻率為0.62,優(yōu)勢(shì)等位基因?yàn)锳,基因頻率為0.59。PIC結(jié)果顯示,rs401909751在杜泊和白薩福克群體中為低度多態(tài),在薩�？巳后w中為高度多態(tài)。性狀關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),薩�？薃A基因型的原精液量顯著高于GG型(P0.05);在白薩福克群體中,AA型的鞭打頻率和移動(dòng)角度顯著高于GG型(P0.05)。在杜泊和無(wú)角道賽特中,不發(fā)現(xiàn)顯著相關(guān)關(guān)系。(5)CD4(rs403107881)在杜泊、薩福克、白薩福克和無(wú)角道賽特羊群體中均發(fā)現(xiàn)GG、GA和AA三種基因型;優(yōu)勢(shì)基因型均為GG,基因型頻率分別為0.96、0.51、0.8和0.42;優(yōu)勢(shì)等位基因均為G,等位基因頻率分別為0.98、0.73、0.84和0.57。PIC結(jié)果顯示,rs403107881在杜泊群體中為低度多態(tài),在薩�？恕姿_�？撕蜔o(wú)角道賽特群體中為中度多態(tài)。性狀關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),在薩�？巳后w中AA基因型個(gè)體的陰囊周徑顯著大于AG型(P0.05);在白薩福克群體中,GG型的線性度、移動(dòng)角度和前向性顯著高于AG型(P0.05),AG型的精液濃度顯著高于GG型(P0.05)。在無(wú)角道賽特群體中,AG型的精液量和精液濃度顯著高于GG型(P0.05)。(6)ID2(rs420477086)在杜泊、薩�？恕姿_�？撕蜔o(wú)角道賽特群體均存在CC、CT和TT三種基因型。其中,杜泊和薩福克的優(yōu)勢(shì)基因型均為CC型,基因型頻率分別為0.44和0.55;優(yōu)勢(shì)等位基因?yàn)镃,等位基因頻率分別為0.66和0.71。在白薩福克和無(wú)角道賽特群體中,優(yōu)勢(shì)基因型為CT,基因型頻率分別為0.54和0.62;優(yōu)勢(shì)等位基因?yàn)門(mén),等位基因頻率分別為0.54和0.5。PIC,四個(gè)品種均為中度多態(tài)。關(guān)聯(lián)分析顯示,杜泊CC型個(gè)體的精液濃度顯著高于CT型(P0.05);白薩�？薈T和TT型個(gè)體的頂體完整率顯著高于CC型個(gè)體(P0.05)。在薩�？撕蜔o(wú)角道賽特群體中,未發(fā)現(xiàn)與精液品質(zhì)的顯著相關(guān)性。(7)單倍體型分析,發(fā)現(xiàn)在兩種單倍體型C-C-G-G-C和C-C-G-G-T存在可能性最大;證實(shí)rs398233545和rs420477086可作為單倍體型的標(biāo)簽SNP。關(guān)聯(lián)分析表明,C-C-G-A-C單倍體型與精液量減少和精子活力降低有關(guān);C-C-A-G-C單倍體型可致精子平均路徑速度降低。(2)測(cè)定種公羊血清7個(gè)重要生化指標(biāo)(Ca、P、Mg、GLU、UREA、AST、ALT),分析與精液品質(zhì)性狀的相關(guān)性,主要結(jié)果為:(1)四個(gè)品種公羊血清生化指標(biāo)中杜泊羊的血清Mg含量顯著低于其他三個(gè)品種。(2)關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),血清中鈣的含量與LIN和STR呈顯著的負(fù)相關(guān)(r=-0.203,P=0.022;r=-0.197,P=0.026);血清磷與MAD呈顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.2020.P=0.022);血清鎂與精子活力呈極顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.234,P=0.004);血清鎂含量與VAP和ALH呈顯著正相關(guān)。血清中AST的含量與精子活力呈顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.21,P=0.0090.01)。綜上所述,首次對(duì)公綿羊FSHR(rs398233545)、LHCGR(rs398733991)、MBL2(rs401909751)、CD4(rs403107881)、ID2(rs420477086)的群體遺傳效應(yīng)進(jìn)行分析。rs398233545與種公羊精液品質(zhì)性狀無(wú)關(guān);而rs398733991、rs401909751、rs403107881、rs420477086與種公羊部分精液品質(zhì)性狀有密切關(guān)聯(lián),可能公綿羊育種中的分子標(biāo)記。至于所研究的SNPs與公綿羊血液生化指標(biāo)的影響正在分析中,血清生化指標(biāo)與精液品質(zhì)的影響對(duì)種公羊的選育也有參考價(jià)值。
【關(guān)鍵詞】：綿羊 精液品質(zhì) 候選基因 分子標(biāo)記 血清生化指標(biāo)
【學(xué)位授予單位】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S826
【目錄】：

• 致謝4-10
• 摘要10-12
• 英文縮略詞表12-13
• 1 文獻(xiàn)綜述13-26
• 1.1 主要肉用型綿羊品種簡(jiǎn)介13-14
• 1.1.1 杜泊羊13
• 1.1.2 薩�？搜�13-14
• 1.1.3 白薩福克羊14
• 1.1.4 無(wú)角道賽特羊14
• 1.2 綿羊繁殖力及其候選基因14
• 1.3 綿羊精液品質(zhì)性狀相關(guān)基因多態(tài)性研究14-25
• 1.3.1 FSHR基因15
• 1.3.2 AR基因15-16
• 1.3.3 LHCGR基因16-17
• 1.3.4 MBL2基因17
• 1.3.5 EPPIN基因17-18
• 1.3.6 INH基因18
• 1.3.7 CYP19基因18-19
• 1.3.8 HSP70基因19-20
• 1.3.9 BMP7基因20-21
• 1.3.10 AQP7基因21-22
• 1.3.11 TRIM基因22-23
• 1.3.12 CFTR基因23
• 1.3.13 CAPN基因23-24
• 1.3.14 ID2基因24
• 1.3.15 CD4基因24-25
• 1.4 本研究總體目標(biāo)25-26
• 2 引言26-27
• 3 試驗(yàn)一 29個(gè)候選基因中重要SNP對(duì)公綿羊精液品質(zhì)性狀的遺傳效應(yīng)分析27-60
• 3.1 試驗(yàn)材料27-29
• 3.1.1 試驗(yàn)樣品采集27
• 3.1.2 試驗(yàn)儀器設(shè)備27-28
• 3.1.3 試驗(yàn)試劑28
• 3.1.4 溶液配制28
• 3.1.5 分析工具28-29
• 3.2 試驗(yàn)方法29-36
• 3.2.1 綿羊血液基因組DNA的提取29
• 3.2.2 DNA樣品的純度與濃度檢測(cè)29
• 3.2.3 引物設(shè)計(jì)29-31
• 3.2.3.1 引物稀釋30
• 3.2.3.2 注意事項(xiàng)30-31
• 3.2.5 PCR擴(kuò)增、檢測(cè)31-32
• 3.2.5.1 PCR擴(kuò)增31
• 3.2.5.2 PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)31
• 3.2.5.3 PCR產(chǎn)物純化31-32
• 3.2.6 Sequenom MassArray基因分型32
• 3.2.7 種公羊精液品質(zhì)指標(biāo)測(cè)定32-33
• 3.2.8 統(tǒng)計(jì)分析33-36
• 3.2.8.1 基因頻率33
• 3.2.8.2 基因型頻率33
• 3.2.8.3 群體遺傳雜合度33
• 3.2.8.4 有效等位基因數(shù)33
• 3.2.8.5 多態(tài)信息含量33-34
• 3.2.8.6 群體哈代-溫伯格平衡34
• 3.2.8.7 變異位點(diǎn)與精液品質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析34
• 3.2.8.8 連鎖不平衡與單體型分析34-35
• 3.2.8.9 標(biāo)簽SNP的分析步驟35
• 3.2.8.10 單倍體型與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)的回歸分析步驟35-36
• 3.3 試驗(yàn)結(jié)果與分析36-54
• 3.3.1 全血基因組DNA提取結(jié)果與分析36
• 3.3.2 各候選基因重要SNP位點(diǎn)的群體遺傳分析36-39
• 3.3.2.1 FSHR（rs398233545）位點(diǎn)遺傳變異分析37
• 3.3.2.2 LHCGR(rs398733991）位點(diǎn)遺傳變異分析37-38
• 3.3.2.3 MBL2(rs401909751)位點(diǎn)遺傳變異分析38
• 3.3.2.4 CD4(rs403107881)位點(diǎn)遺傳變異分析38-39
• 3.3.2.5 ID2(rs420477086)位點(diǎn)遺傳變異分析39
• 3.3.3 各候選基因重要SNP與精液品質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)性分析39-45
• 3.3.3.1 FSHR（rs398233545）基因型與公羊精液品質(zhì)關(guān)聯(lián)分析39-40
• 3.3.3.2 LHCGR(rs398733991)基因型與公羊精液品質(zhì)關(guān)聯(lián)分析40
• 3.3.3.3 MBL2(rs401909751)基因型與公羊精液品質(zhì)關(guān)聯(lián)分析40-42
• 3.3.3.4 CD4(rs403107881)基因型與公羊精液品質(zhì)關(guān)聯(lián)分析42
• 3.3.3.5 ID2(rs420477086)基因型與公羊精液品質(zhì)關(guān)聯(lián)分析42-45
• 3.3.4 5個(gè)SNP單體型分析45-49
• 3.3.4.1 合并群體單倍體型分析45-46
• 3.3.4.2 各品種群體單倍體型分析46-49
• 3.3.4.3 合并群體中單倍體型標(biāo)簽SNP檢測(cè)49
• 3.3.5 單倍體型與公綿羊精液品質(zhì)性狀的關(guān)聯(lián)分析49-54
• 3.3.5.1 單倍體型與公綿羊精液量的關(guān)聯(lián)分析49-51
• 3.3.5.2 單倍體型與公綿羊精子活力的關(guān)聯(lián)分析51-52
• 3.3.5.3 單倍體型與公綿羊精子路徑速度的關(guān)聯(lián)分析52-54
• 3.4 討論與小結(jié)54-60
• 3.4.1 公綿羊精液品質(zhì)性狀影響因素54
• 3.4.2 種公羊FSHR、LHCGR、MBL2、CD4、ID2基因群體遺傳性狀分析54-57
• 3.4.2.1 FSHR基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析54-55
• 3.4.2.2 LHCGR基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析55
• 3.4.2.3 MBL2基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析55-56
• 3.4.2.4 CD4基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析56-57
• 3.4.2.5 ID2基因SNP位點(diǎn)多態(tài)性與精液品質(zhì)性狀關(guān)聯(lián)分析57
• 3.4.3 基因偏態(tài)57
• 3.4.4 數(shù)量性狀單倍體型分析57-58
• 3.4.5 小結(jié)58-60
• 3.4.4.1 四個(gè)品種公羊29個(gè)SNP位點(diǎn)基因分型結(jié)果58
• 3.4.4.2 試驗(yàn)群體單基因效應(yīng)分析58-60
• 4 試驗(yàn)二 公綿羊血清生化指標(biāo)與精液品質(zhì)相關(guān)分析60-71
• 4.1 材料與方法60-66
• 4.1.1 試驗(yàn)材料60
• 4.1.2 試驗(yàn)方法60-66
• 4.1.2.1 血清鈣測(cè)定方法（偶氮胂Ⅲ法）60
• 4.1.2.2 血清磷測(cè)定方法（磷鉬酸鹽法）60-61
• 4.1.2.3 血清鎂測(cè)定方法（二甲苯胺藍(lán)法）61-62
• 4.1.2.4 葡萄糖測(cè)定方法（葡萄糖氧化酶法）62-63
• 4.1.2.5 尿素測(cè)定方法（尿素酶-谷氨酰脫氫酶法）63-64
• 4.1.2.6 天門(mén)冬氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶測(cè)定(天門(mén)冬氨酸底物法)64-65
• 4.1.2.7 丙氨酸氨基轉(zhuǎn)移酶測(cè)定方法(丙氨酸底物法)65-66
• 4.1.3 試驗(yàn)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析66
• 4.2 結(jié)果與分析66-68
• 4.2.1 不同品種公羊血清生化指標(biāo)和精液品質(zhì)各指標(biāo)的分析66
• 4.2.2 公羊血清生化指標(biāo)與精液品質(zhì)指標(biāo)相關(guān)分析66-68
• 4.3 討論與小結(jié)68-71
• 4.3.1 計(jì)算機(jī)輔助精液分析系統(tǒng)68
• 4.3.2 不同品種公羊血清生化指標(biāo)和精液品質(zhì)指標(biāo)的分析68-69
• 4.3.3 試驗(yàn)總?cè)后w血清生化指標(biāo)與精液品質(zhì)指標(biāo)的相關(guān)分析69
• 4.3.4 小結(jié)69-71
• 5 總結(jié)展望與創(chuàng)新點(diǎn)71-74
• 參考文獻(xiàn)74-81
• ABSTRACT81-83

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

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本文編號(hào)：840898