發(fā)布時(shí)間：2017-06-14 17:23

  本文關(guān)鍵詞：異卵雙生綿羊DNA甲基化組的分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：綿羊作為一種全世界都在馴養(yǎng)的重要家畜,其為人類社會(huì)提供的肉類,羊奶制品以及羊毛制品都是人類日常生活不可或缺的。最近,第三版本的綿羊參考基因組已經(jīng)發(fā)布,但是至今尚未有高分辨率、高覆蓋度綿羊DNA甲基化組研究的報(bào)道。此次研究通過(guò)對(duì)一對(duì)生長(zhǎng)在不同環(huán)境下的異卵雙生蘇尼特羊進(jìn)行DNA甲基化測(cè)序,研究并報(bào)告了一個(gè)來(lái)源于綿羊背最長(zhǎng)肌組織、單堿基分辨率且覆蓋度高達(dá)94.38%的參考甲基化組。此次項(xiàng)目從不同層面對(duì)綿羊甲基化組圖譜進(jìn)行了描繪。此外,此次研究還比較了兩頭羊甲基化組之間的差異,包括對(duì)全基因組層次的差異甲基化區(qū)域的分析(Differentially Methylated Region, DMRs)、基因組不同功能區(qū)域的甲基化分布分析以及248個(gè)包含DMRs的基因的分析。其中,我們特別對(duì)DMRs基因進(jìn)行了GO (Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)注釋以及富集分析,我們發(fā)現(xiàn),這些DMRs基因顯著富集到脂質(zhì)代謝、個(gè)體性成熟以及腫瘤相關(guān)功能分類。這些發(fā)現(xiàn)不僅為后續(xù)綿羊DNA甲基化相關(guān)研究提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ),為綿羊育種提供表觀遺傳學(xué)理論參考,另外還有助于闡明表型變化以及基因甲基化模式之間的關(guān)系。
【關(guān)鍵詞】：綿羊 DNA甲基化 差異甲基化區(qū)域
【學(xué)位授予單位】：昆明理工大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S826
【目錄】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-10
• 第1章 緒論10-28
• 1.1 表觀遺傳學(xué)10-11
• 1.2 胞嘧啶DNA甲基化11-12
• 1.3 RNA指導(dǎo)的DNA甲基化通路12-15
• 1.4 基因組印跡15-21
• 1.5 環(huán)境對(duì)表觀基因組的影響21-22
• 1.6 表觀遺傳學(xué)與疾病22-26
• 1.7 綿羊DNA甲基化組26-28
• 第2章 材料與方法28-38
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料28
• 2.2 DNA樣品準(zhǔn)備、建庫(kù)以及BS-SEQ測(cè)序28-33
• 2.3 BS-SEQ原始數(shù)據(jù)質(zhì)量控制以及與參考基因組比對(duì)33-34
• 2.4 綿羊LD DNA甲基化組統(tǒng)計(jì)分析方法34-35
• 2.5 差異甲基化區(qū)以及相關(guān)基因的識(shí)別35-36
• 2.6 差異甲基化基因GO和KEGG注釋及富集分析36-38
• 第3章 結(jié)果分析38-62
• 3.1 綿羊全基因組重亞硫酸鹽法測(cè)序以及測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制38
• 3.2 描繪綿羊LD DNA甲基化組圖譜38-42
• 3.3 全基因組尺度DNA甲基化譜42-43
• 3.4 染色體尺度DNA甲基化譜43-45
• 3.5 單堿基尺度DNA甲基化譜45-47
• 3.6 綿羊基因組功能區(qū)DNA甲基化分布47-48
• 3.7 兩個(gè)綿羊LD DNA甲基化組差異甲基化區(qū)域的分析48-49
• 3.8 兩個(gè)綿羊LD DNA甲基化組差異基因分析49-62
• 第4章 討論62-64
• 致謝64-66
• 參考文獻(xiàn)66-82
• 附錄A (攻讀學(xué)位其間發(fā)表論文目錄)82-84
• 附錄B84-88

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：450079