為挖掘益生菌調(diào)節(jié)下太平雞回腸SNP位點(diǎn),將120只太平雞隨機(jī)分為對(duì)照組與益生菌組,采用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)太平雞回腸轉(zhuǎn)錄組的SNP位點(diǎn)進(jìn)行分析。結(jié)果顯示:SNP類型中,轉(zhuǎn)換類型明顯高于顛換類型,對(duì)照組中轉(zhuǎn)換類型占22.55%～27.45%,顛換類型占11.43%～13.87%;益生菌組與對(duì)照組結(jié)果相似,轉(zhuǎn)換類型(22.53%～27.46%)明顯高于顛換類型(11.37%～13.94%)。SNP位置分析表明,對(duì)照組和益生菌組總SNP位點(diǎn)分別為4 684 072和4 647 171個(gè),其中位于內(nèi)含子和基因間區(qū)的SNP位點(diǎn)最多。另外,在SNP功能分析中,同義突變SNP占比最高,在對(duì)照組和益生菌組中分別占7.01%和7.10%;非同義突變SNP在對(duì)照組和益生菌組中占比分別為2.97%和2.98%。該研究結(jié)果可為今后太平雞的分子標(biāo)記開發(fā)、遺傳連鎖圖譜構(gòu)建以及輔助育種等提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。

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圖1 建庫(kù)原理

試驗(yàn)流程按照樣品制備試劑盒操作說(shuō)明的標(biāo)準(zhǔn)步驟執(zhí)行。每個(gè)樣品取3μL的RNA用作RNA樣品準(zhǔn)備的輸入材料構(gòu)建6個(gè)測(cè)序文庫(kù)。流程如下:通過(guò)帶有Oligo(dT)的磁珠富集具有polyA尾巴的真核mRNA后,用超聲波將mRNA打斷。以片段化的mRNA為模版,隨機(jī)寡核苷酸為引物,在M-....

圖2 RNA 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果

該研究提取的RNA如圖2所示,RNA樣品28S、18S、5S條帶清晰無(wú)降解;紫外分光光度法和Nanodrop結(jié)果表明OD260nm/OD280nm為1.8～2.0,RNA的完整性和純度都較好,達(dá)到Illumina的測(cè)序要求(表3),可用于后續(xù)的基于HiseqTM2500平臺(tái)....

圖3 高通量測(cè)序鑒定太平雞SNPs位置分析

對(duì)太平雞回腸轉(zhuǎn)錄組序列SNP位置進(jìn)行分析,CT組和MP組總的SNP位點(diǎn)分別為4684072和4647171個(gè),其中位于內(nèi)含子和基因間區(qū)的SNP位點(diǎn)最多,位于內(nèi)含子的SNP位點(diǎn)在CT組占59.69%,MP組中占59.94%。位于基因間區(qū)的SNP位點(diǎn)在CT組占20.56%,M....

圖4 高通量測(cè)序鑒定太平雞SNPs功能分析

圖3高通量測(cè)序鑒定太平雞SNPs位置分析對(duì)太平雞突變類型的功能SNP進(jìn)行分析,同義突變SNP占比最高,CT組中為7.01%,MP組中占7.10%;非同義突變SNP在CT組中占比為2.97%,MP組中占2.98%。其他突變既移碼缺失、終止密碼突變、非移碼缺失、移碼插入、非移碼插入....

本文編號(hào)：4045890