飼料轉(zhuǎn)化率(Feed Conversion Ratio, FCR)和胸肌率(Breast Muscle Ratio, BMR)是肉鴨育種中的兩個重要性狀,兩者都可以直接反映肉鴨生產(chǎn)性能以及經(jīng)濟價值。眾所周知,飼料轉(zhuǎn)化率與胸肌率是受多基因控制的復(fù)雜數(shù)量性狀,因此在轉(zhuǎn)錄組水平對肉鴨空腸組織FCR相關(guān)基因和胸肌組織肌肉發(fā)育相關(guān)基因進行富集和分析,對北京鴨育種有重要的意義,然而肉鴨的轉(zhuǎn)錄組分析一直受限于鴨基因組和蛋白組信息的不完整。本研究用北京鴨和楓葉鴨兩個肉鴨品種作為為實驗材料,各選取120只,在相同條件下飼養(yǎng),記錄其體重等數(shù)據(jù),連續(xù)飼養(yǎng)6周,然后根據(jù)FCR數(shù)據(jù)排序后篩選兩尾個體,采用RNA-seq技術(shù),對不同組別肉鴨空腸和胸肌組織進行轉(zhuǎn)錄組測序,同時使用轉(zhuǎn)錄子拼接的策略,建立新的參考基因組,并基于參考基因組數(shù)據(jù)進行后續(xù)轉(zhuǎn)錄本分析。取得的結(jié)果和結(jié)論如下：(1)新參考基因得到16663條拼接序列,其長度范圍為300bp到102067bp,其N50長度為1530bp。使用reciprocal best-hit的算法對得到的拼接轉(zhuǎn)錄子根據(jù)鴨與雞的同源進化關(guān)系進行注釋,一共注釋了11960條拼接轉(zhuǎn)錄...

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1. 文獻綜述
    1.1 中國肉鴨育種研究進展
        1.1.1 我國鴨品種概況
        1.1.2 肉鴨育種
        1.1.3 北京鴨和楓葉鴨品種簡介
    1.2 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
        1.2.1 第一代測序技術(shù)
        1.2.2 第二代測序技術(shù)
        1.2.3 第三代測序技術(shù)
        1.2.4 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的應(yīng)用
    1.3 本研究目的及意義
2 材料與方法
    2.1 試驗材料
    2.2 總RNA提取
        2.2.1 主要試劑及試劑盒
        2.2.2 試驗步驟
    2.3 文庫構(gòu)建與測序
    2.4 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
    2.5 參考轉(zhuǎn)錄組的拼接
    2.6 轉(zhuǎn)錄子的注釋
    2.7 比對與表達量統(tǒng)計
    2.8 差異表達基因分析
    2.9 GO和KEGG pathway分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 表型統(tǒng)計結(jié)果
    3.2 測序結(jié)果以及質(zhì)量控制
    3.3 序列拼接結(jié)果
    3.4 拼接轉(zhuǎn)錄子的注釋
    3.5 讀數(shù)比對結(jié)果
    3.6 表達量統(tǒng)計
    3.7 差異基因結(jié)果
    3.8 GO功能注釋富集結(jié)果
    3.9 KEGG pathway分析
4. 討論
    4.1 不同品系和相同品系肉鴨的對比
    4.2 從頭拼接轉(zhuǎn)錄組的策略
    4.3 轉(zhuǎn)錄子注釋的策略
    4.4 空腸組織免疫功能相關(guān)基因的差異表達
    4.5 胸肌組織脂肪代謝相關(guān)基因的差異表達
5 結(jié)論
參考文獻
致謝
攻讀期間發(fā)表論文



本文編號：3984194