本試驗(yàn)旨在豐富山羊miRNA文庫,并探討miRNAs在胎兒成纖維細(xì)胞生長調(diào)控中的作用。試驗(yàn)以薩能奶山羊胎兒成纖維細(xì)胞為研究對象,運(yùn)用Illumina高通量測序和生物信息學(xué)技術(shù)分析山羊胎兒成纖維細(xì)胞miRNAs表達(dá)。成功構(gòu)建了薩能奶山羊胎兒成纖維細(xì)胞miRNAs的cDNA文庫,獲得16 395 039 total reads,去除冗余數(shù)據(jù)后獲得16 150 181條clean reads,其中unique sRNAs 205 857條。生物信息學(xué)分析獲得候選新miRNAs 247條,候選miRNAs靶基因8 401個(gè),靶基因位點(diǎn)數(shù)10 832個(gè);同時(shí)分析發(fā)現(xiàn)候選miRNAs首位堿基對U和A具有偏向性。GO注釋表明,69.6%的基因與細(xì)胞和細(xì)胞組分相關(guān),超過54.1%的基因參與了細(xì)胞器相關(guān)活動(dòng),多達(dá)65.0%的基因與細(xì)胞及細(xì)胞過程相關(guān)聯(lián)。KEGG通路分析顯示,約10.5%的基因與代謝通路有關(guān),是占比最多的一條通路,數(shù)據(jù)顯示miRNAs對胎兒成纖維細(xì)胞具有重要調(diào)控作用。試驗(yàn)結(jié)果為胎兒成纖維細(xì)胞的生長調(diào)控及奶山羊乳腺生物反應(yīng)器中供核體細(xì)胞miRNAs深入研究提供參考。

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圖1sRNA片段長度分布情況

表1胎兒成纖維細(xì)胞sRNA高通量測序數(shù)據(jù)Table1Datasofhigh-throughputsequencingofsmallRNAinfetalfibroblasts分類CategoriessRNA種數(shù)UniquesRNAssRNA總數(shù)....

圖2Rfam中非編碼RNA的sRNA統(tǒng)計(jì)

圖1sRNA片段長度分布情況2.3候選新miRNAs的鑒別

圖3部分新miRNAs二級結(jié)構(gòu)

進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),MAPK信號通路(MAPKsignalingpathway,ID:ko04010)、細(xì)胞黏附分子(celladhesionmolecules(CAMs),ID:ko04330)、Toll樣受體信號通路(Toll-likereceptorsignalin....

圖4miRNAs首位堿基偏向性

圖3部分新miRNAs二級結(jié)構(gòu)表2候選miRNAs首位堿基分布Table2ThefirstbasedistributionofcandidatemiRNAs候選miRNAs長度LengthofcandidatemiRNAs/ntAUGC20....

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