【目的】了解豬博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)在廣西豬群中的流行狀況及遺傳學(xué)特征,為有效防控PBoV感染提供科學(xué)依據(jù)。【方法】采用PCR對采自廣西境內(nèi)養(yǎng)殖場的388份豬源樣品進(jìn)行PBoV檢測,挑選3份陽性樣品(1份為PBoVG1陽性樣品,2份為PBoVG3陽性樣品)進(jìn)行全基因擴(kuò)增,測序獲得的序列使用LaserGene進(jìn)行處理及多重比對分析,應(yīng)用MEGA 5.2中的ClustalW進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,通過鄰接法(NJ)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹,并以SimPlot3.5.1進(jìn)行潛在基因重組事件分析。【結(jié)果】豬內(nèi)臟組織(肺臟、脾臟和淋巴結(jié)的混合樣品)、扁桃體、腦組織和公豬精液的PBoV陽性率分別為25.19%、8.33%、2.94%和1.54%。在所有檢測樣品中,PBoVG3基因群的陽性率最高,為9.02%,PBoVG2和PBoVG1基因群的陽性率均為1.55%;不同基因群的PBoV存在混合感染現(xiàn)象,其中,PBoVG1+PBoVG3二重感染率為1.03%,PBoVG2+PBoVG3二重感染率為0.77%。從PBoV陽性樣品中擴(kuò)增獲得3條PBoV全基因序列(毒株),命名為GXB...

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【部分圖文】：

圖1PBoV的PCR檢測電泳結(jié)果

PCR擴(kuò)增產(chǎn)物以1.0%瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測，結(jié)果顯示成功擴(kuò)增獲得約300bp/400bp/500bp的目的條帶（圖1），與預(yù)期結(jié)果一致。不同種類樣品的PBoV檢測結(jié)果顯示，內(nèi)臟組織的陽性率最高，為25.19%(34/135）；其次是扁桃體，陽性率為8.33%(2/24....

圖2PBoV全基因PCR擴(kuò)增電泳結(jié)果

基于PBoV全基因編碼區(qū)（Codingsequence,CDS）全長序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹（圖3）顯示，所有PBoV毒株可分為三大分支，GXBH2014株和GXBH2015株同處于PBoVG3基因群分支上，其中，GXBH2014株與2013年馬來西亞3B株（MK4674....

圖3基于PBoV全基因CDS全長序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹

圖2PBoV全基因PCR擴(kuò)增電泳結(jié)果2.5不同PBoV毒株間的全基因序列重組分析結(jié)果

圖4不同PBoV毒株間的全基因序列重組分析結(jié)果

不同PBoV基因群（PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3）間的核苷酸同源性均低于60.0%，具有高度的遺傳多樣性，由于缺乏共同的保守區(qū)域，無法設(shè)計(jì)可用于所有基因群毒株P(guān)CR擴(kuò)增鑒定的通用引物，因此，本研究采用PBoVG1、PBoVG2和PBoVG3共3對PCR引物分別對同份樣....

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