為全面了解我國地方鴨品種遺傳資源的遺傳多樣性,群體間的關(guān)系、結(jié)構(gòu)及我國地方鴨品種的起源和保種現(xiàn)狀,采集了我國不同地域的22個地方鴨品種(包含中國番鴨)或資源群以及綠頭野鴨和斑嘴鴨群體,共計(jì)1890個個體樣本。通過SSR熒光標(biāo)記技術(shù),檢測了這些個體在12個SSR位點(diǎn)的基因型。分析了等位基因頻率、有效等位基因數(shù)(Ne)、群體雜合度(He)、多態(tài)信息含量(PIC)、群體間的Nei氏標(biāo)準(zhǔn)遺傳距離(DS)和DA遺傳距離,采用UPGMA法、主成分分析PCA和群體遺傳結(jié)構(gòu)分析等方法(Structure程序),對24個群體的遺傳多樣性、群體分化時間、群體結(jié)構(gòu)、品種起源、雜種優(yōu)勢預(yù)測等進(jìn)行了分析。同時,本研究利用mtDNA D-loop區(qū)部分序列和mtDNA COI基因序列,對24個群體在核外序列上的遺傳多樣性、系統(tǒng)進(jìn)化、單倍型分布等進(jìn)行了分析,并選取了巢湖鴨作為我國地方鴨品種的代表,進(jìn)行了異地小群保種效果的監(jiān)測,其分析與監(jiān)測結(jié)果如下。 1.利用已報(bào)道的58個微衛(wèi)星(SSR)座位中篩選出了12個等位基因豐富的座位,并根據(jù)等位基因大小分為：第Ⅰ組：AY493256、CM011、APH01,第Ⅱ組：APL2...

【文章頁數(shù)】：123 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
ABSTRACT
縮略詞說明
第一章 緒論
    1 遺傳多樣性的概念及畜禽遺傳資源保護(hù)
        1.1 遺傳多樣性的概念
        1.2 畜禽遺傳資源保護(hù)
            1.2.1 畜禽遺傳資源保種理論
            1.2.2 畜禽遺傳資源保種方法
    2 我國地方鴨種起源及品種資源概況
        2.1 我國地方鴨品種起源與進(jìn)化
        2.2 我國地方鴨品種遺傳資源概況
        2.3 地方鴨品種遺傳多樣性及群體結(jié)構(gòu)研究進(jìn)展
            2.3.1 形態(tài)水平遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)
            2.3.2 細(xì)胞水平遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)
            2.3.3 生化水平遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)
            2.3.4 分子水平遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)
        2.4 SSR標(biāo)記及其在家禽遺傳育種研究中的應(yīng)用
            2.4.1 SSR DNA的發(fā)現(xiàn)、結(jié)構(gòu)及分布
            2.4.2 SSR DNA多態(tài)性形成的機(jī)制及研究方法
            2.4.3 SSR標(biāo)記的優(yōu)點(diǎn)
            2.4.4 SSR標(biāo)記研究的方法
            2.4.5 SSR標(biāo)記在畜禽遺傳育種研究中的應(yīng)用
            2.4.6 SSR標(biāo)記的缺陷與不足
        2.5 mtDNA的遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)分析
        2.6 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法
            2.6.1 非加權(quán)組平均法(UPGMA)
            2.6.2 最小二乘法(LS)
            2.6.3 最小進(jìn)化法(ME)
            2.6.4 鄰接法(NJ)
            2.6.5 最大簡約法(MP)
            2.6.6 最大似然法(ML)
        2.7 本研究的目的與意義
第二章 基于STR分型技術(shù)分析我國部分地方鴨品種遺傳多樣性與群體結(jié)構(gòu)
    1 材料與方法
        1.1 樣本采集
        1.2 SSR引物選擇
        1.3 主要儀器與試劑
            1.3.1 主要儀器設(shè)備
            1.3.2 主要試劑
        1.4 主要溶液的配制
        1.5 鴨基因組總DNA提取
        1.6 PCR反應(yīng)體系及程序的優(yōu)化
        1.7 PCR產(chǎn)物檢測
            1.7.1 瓊脂糖凝膠電泳檢測
            1.7.2 聚丙烯酰胺凝膠電泳及硝酸銀染色
        1.8 基于丙烯酰胺凝膠的基因型判定
        1.9 熒光引物的篩選與組合
        1.10 多色PCR擴(kuò)增產(chǎn)物ABI-3730XL DNA Analyzer檢測
        1.11 統(tǒng)計(jì)原理與基因型判定方法
            1.11.1 統(tǒng)計(jì)原理
            1.11.2 基因型判定方法
        1.12 聚類方法
    2 結(jié)果
        2.1 基因組DNA的提取
        2.2 普通PCR擴(kuò)增產(chǎn)物PAGE電泳檢測
        2.3 篩選的標(biāo)記引物及其組合
        2.4 熒光PCR產(chǎn)物的STR分型
        2.5 所選SSR座位的遺傳參數(shù)
        2.6 引物在單個群體中的群體遺傳學(xué)參數(shù)
            2.6.1 等位基因數(shù)
            2.6.2 多態(tài)信息含量
            2.6.3 雜合度
            2.6.4 優(yōu)勢等位基因及頻率
            2.6.5 特有等位基因及頻率
            2.6.6 共有等位基因
        2.7 F統(tǒng)計(jì)量
        2.8 單個群體的遺傳學(xué)參數(shù)分析
        2.9 遺傳距離與其初步應(yīng)用
            2.9.1 遺傳距離
            2.9.2 基于遺傳距離的聚類分析
            2.9.3 基于遺傳距離的分化時間推測
            2.9.4 基于遺傳距離的雜種優(yōu)勢預(yù)測
        2.10 PCA分析
        2.11 群體結(jié)構(gòu)分析
    3 討論
        3.1 各群體的樣本含量
        3.2 SSR引物的選擇及標(biāo)記
        3.3 群體遺傳學(xué)參數(shù)與遺傳距離
        3.4 PCA與Structure程序分析
第三章 基于MTDNA D-LOOP區(qū)序列分析我國部分地方鴨品種的遺傳結(jié)構(gòu)
    1 材料和方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 mt DNA提取
            1.2.2 mtDNA D-loop區(qū)擴(kuò)增
        1.3 統(tǒng)計(jì)分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 mtDNA D-loop區(qū)擴(kuò)增效果及測序結(jié)果
        2.2 鴨mtDNA D-loop區(qū)的堿基組成
        2.3 鴨mtDNAD-loop區(qū)遺傳結(jié)構(gòu)
        2.4 鴨mtDNA D-loop區(qū)遺傳多樣性
        2.5 聚類分析
        2.6 Network網(wǎng)絡(luò)圖分析
    3 討論
第四章 基于COI基因序列分析我國部分地方鴨品種的遺傳結(jié)構(gòu)
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 mtDNA的提取
            1.2.2 mtDNA COI基因的擴(kuò)增
        1.3 統(tǒng)計(jì)分析
    2 結(jié)果
        2.1 鴨COI基因擴(kuò)增效果及測序結(jié)果
        2.2 鴨COI基因的堿基組成
        2.3 鴨COI基因的遺傳多樣性
        2.4 聚類分析
        2.5 Network網(wǎng)絡(luò)圖分析
    3 討論
第五章 巢湖鴨異地小群保種效果監(jiān)測
    1 材料和方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        1.2 實(shí)驗(yàn)方法
            1.2.1 血樣采集與基因組DNA提取
            1.2.2 SSR引物的選擇與數(shù)據(jù)處理
    2 結(jié)果與分析
        2.1 熒光PCR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測分型結(jié)果
        2.2 保種群體與原產(chǎn)地群體優(yōu)勢等位基因的比較
        2.3 保種群體與原產(chǎn)地群體He、PIC的比較
    3 討論
第六章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
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本文編號：3972441