本文關(guān)鍵詞：CRTC家族3個(gè)基因SNP檢測(cè)及其與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：CRTC(CREB Regulated Transcription Coactivator)是一個(gè)保守的真核蛋白質(zhì)家族,包括CRTC1、CRTC2和CRTC3,主要調(diào)節(jié)CREB轉(zhuǎn)錄因子的活性。研究發(fā)現(xiàn)CRTC能在細(xì)胞核質(zhì)間穿梭并整合多個(gè)通路的信號(hào),CREB-CRTC通路在動(dòng)物體內(nèi)的激素和能量平衡的中心調(diào)解過(guò)程中發(fā)揮重要的作用。本研究利用生物信息學(xué)方法分析了CRTC家族CRTC1、CRTC2、CRTC3基因的DNA結(jié)構(gòu)特征和蛋白質(zhì)序列特征;采用GAPDH和β-actin雙內(nèi)參基因?qū)η卮ㄈ馀５腃RTC1、CRTC2、CRTC3基因的13個(gè)不同組織部位進(jìn)行了表達(dá)譜的構(gòu)建;運(yùn)用限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性技術(shù)和DNA測(cè)序技術(shù)進(jìn)行CRTC家族3個(gè)基因的多態(tài)性分析;應(yīng)用生物統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件對(duì)檢測(cè)到的突變位點(diǎn)不同基因型及單倍型組合與秦川肉牛的生長(zhǎng)性狀和胴體性狀進(jìn)行相關(guān)分析。篩選出CRTC家族基因中對(duì)秦川牛肉用新品系(簡(jiǎn)稱秦川肉牛)生長(zhǎng)和胴體性狀有益的分子標(biāo)記,為選育更為優(yōu)異生長(zhǎng)和胴體性狀的秦川肉牛新品系提供理論依據(jù)。本研究主要結(jié)果如下:1、CRTC1基因在成年秦川肉牛的肺、脂肪、脾臟中相對(duì)高表達(dá);在成年秦川肉牛腎臟、肝臟、肌肉、大腸、心臟中相對(duì)中度表達(dá);在成年秦川肉牛的小腸、瓣胃、網(wǎng)胃、瘤胃、皺胃和心臟中相對(duì)微量表達(dá)。2、CRTC2在成年秦川肉牛的肺、脂肪、腎臟、脾臟、肝臟中相對(duì)高表達(dá);在成年秦川肉牛大腸、小腸、網(wǎng)胃、瘤胃、肌肉、瓣胃、皺胃中相對(duì)中度表達(dá);在成年秦川肉牛心臟中相對(duì)微量表達(dá)。3、CRTC3在成年成年秦川肉牛肺、脂肪、腎臟、脾臟中相對(duì)高表達(dá);在成年秦川肉牛肝臟、肌肉、大腸、小腸、網(wǎng)胃、瘤胃、瓣胃和皺胃中相對(duì)中度表達(dá);在成年秦川肉牛心臟相對(duì)微量表達(dá)。4、在275頭秦川肉牛個(gè)體中測(cè)序發(fā)現(xiàn)了CRTC1基因第8外顯子上存在2個(gè)SNP位點(diǎn),分別為SNP1g.68206 GA和SNP2 g.68230CA。關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn)這2個(gè)SNP位點(diǎn)均能顯著影響秦川肉牛部分生長(zhǎng)性狀,但未發(fā)現(xiàn)對(duì)胴體性狀有顯著影響;CRTC1基因單倍型組合H3H3(GGAA)對(duì)秦川肉牛的生長(zhǎng)性狀和胴體性狀有顯著影響。5、在302頭秦川肉牛個(gè)體中測(cè)序發(fā)現(xiàn)CRTC2基因的第2外顯子區(qū)域附近存在3個(gè)SNP位點(diǎn),分別為SNP1 g.3001 CT、SNP2 g.3034 GA和SNP3 g.3467 TC。統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn),SNP1 g.3001 CT、SNP2 g.3034 GA和SNP3 g.3467 TC均能顯著影響秦川肉牛部分生長(zhǎng)和胴體性狀;CRTC2基因單倍型組合H2H4(CCAGTT)對(duì)秦川肉牛的生長(zhǎng)性狀和胴體性狀有顯著影響。6、通過(guò)PCR-RFLP方法,在395頭秦川肉牛樣本中檢測(cè)出CRTC3基因擴(kuò)增區(qū)域上存在4個(gè)SNP位點(diǎn)(SNP1 g.62652AG、SNP2 g.62730CT、SNP3 g.66478GC和SNP4g.91297CT)。關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn):SNP1g.62652AG、SNP2 g.62730CT、SNP3 g.66478GC和SNP4g.91297CT均與秦川肉牛部分生長(zhǎng)和胴體性狀緊密關(guān)聯(lián);CRTC3基因單倍型組合H1H1(AACCCCTT)對(duì)秦川肉牛的生長(zhǎng)性狀和胴體性狀有顯著影響。
【關(guān)鍵詞】：秦川肉牛 CRTC基因 多態(tài)性 生長(zhǎng)性狀 胴體性狀 組織表達(dá)
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S823
【目錄】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文獻(xiàn)綜述12-21
• 1.1 前言12
• 1.2 CRTC家族基因的研究進(jìn)展12-16
• 1.2.1 環(huán)磷腺苷反應(yīng)元件結(jié)合物（CREB）12-13
• 1.2.2 CRTC家族概述13
• 1.2.3 CRTC家族基因結(jié)構(gòu)以及染色體定位13-14
• 1.2.4 CRTC家族基因研究現(xiàn)狀14-16
• 1.3 熒光定量PCR介紹16-18
• 1.3.1 熒光定量PCR原理16
• 1.3.2 熒光定量PCR分類16-17
• 1.3.3 熒光定量PCR在家畜動(dòng)物上研究應(yīng)用17-18
• 1.4 單核苷酸多態(tài)性(SNP)分子標(biāo)記輔助選擇在動(dòng)物育種中的應(yīng)用18-20
• 1.5 研究目的和意義20-21
• 第二章 CRTC家族基因生物信息學(xué)分析21-31
• 2.1 引言21
• 2.2 材料與方法21
• 2.3 結(jié)果與分析21-29
• 2.3.1 牛CRTC1基因生物信息學(xué)分析21-24
• 2.3.2 牛CRTC2基因生物信息學(xué)分析24-26
• 2.3.3 牛CRTC3基因生物信息學(xué)分析26-29
• 2.4 討論29-30
• 2.5 小結(jié)30-31
• 第三章 秦川肉牛CRTC家族基因組織差異性表達(dá)研究31-37
• 3.1 引言31
• 3.2 材料與方法31-32
• 3.2.1 試驗(yàn)樣品采集31
• 3.2.2 秦川肉牛組織RNA提取31
• 3.2.3 組織RNA反轉(zhuǎn)錄31
• 3.2.4 引物設(shè)計(jì)31-32
• 3.2.5 熒光實(shí)時(shí)定量32
• 3.2.6 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)及分析32
• 3.3 結(jié)果32-35
• 3.3.1 總RNA檢測(cè)32-33
• 3.3.2 CRTC1基因在秦川肉牛不同組織中相對(duì)表達(dá)分析33
• 3.3.3 CRTC2基因在秦川肉牛不同組織中相對(duì)表達(dá)分析33-34
• 3.3.4 CRTC3基因在秦川肉牛不同組織中相對(duì)表達(dá)分析34-35
• 3.4 討論35
• 3.5 小結(jié)35-37
• 第四章 CRTC家族基因SNP位點(diǎn)與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)性分析37-60
• 4.1 引言37
• 4.2 材料方法37-39
• 4.2.1 秦川肉牛血樣采集和生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的測(cè)量（附錄四）37
• 4.2.2 主要儀器和試劑37
• 4.2.3 基因組DNA制備37
• 4.2.4 秦川肉牛CRTC基因分型37-39
• 4.2.5 統(tǒng)計(jì)分析39
• 4.3 CRTC1基因多態(tài)位點(diǎn)與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析39-46
• 4.3.1 秦川肉牛CRTC1基因的多態(tài)位點(diǎn)的遺傳多樣性39-41
• 4.3.2 CRTC1基因多態(tài)與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析41-43
• 4.3.3 秦川肉牛CRTC1基因的多態(tài)位點(diǎn)連鎖不平衡分析及單倍型分析43-44
• 4.3.4 CRTC1基因單倍型組合與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析44-46
• 4.4 CRTC2基因多態(tài)位點(diǎn)與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析46-52
• 4.4.1 秦川肉牛CRTC2基因的多態(tài)位點(diǎn)的遺傳多樣性46-47
• 4.4.2 CRTC2基因多態(tài)性與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀關(guān)聯(lián)分析47-49
• 4.4.3 秦川肉牛CRTC2基因的多態(tài)位點(diǎn)連鎖不平衡分析及單倍型分析49-50
• 4.4.4 CRTC2基因單倍型組合與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析50-52
• 4.5 CRTC3基因多態(tài)位點(diǎn)與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析52-58
• 4.5.1 秦川肉牛CRTC3的多態(tài)位點(diǎn)的遺傳多樣性52-53
• 4.5.2 CRTC3基因多態(tài)性與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析53-54
• 4.5.3 秦川肉牛CRTC3基因的多態(tài)位點(diǎn)連鎖不平衡分析及單倍型分析54-55
• 4.5.4 CRTC3基因單倍型組合與秦川肉牛生長(zhǎng)性狀和胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析55-58
• 4.6 討論58-59
• 4.7 小結(jié)59-60
• 第五章 結(jié)論60-61
• 創(chuàng)新 點(diǎn)61-62
• 參考文獻(xiàn)62-66
• 附錄66-76
• 致謝76-77
• 作者簡(jiǎn)介77

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