【目的】牛病毒性腹瀉病毒(BVDV)的分型對于闡明病毒的致病機理、分析其流行規(guī)律以及其進(jìn)化意義重大,本文旨在探索一種基于密碼子使用偏性的BVDV分型鑒定方法.【方法】應(yīng)用CodonW計算102株不同BVDV病毒株基因組序列的相對同義密碼子使用度(RSCU)等相關(guān)參數(shù),并用Excel和STATISTICA軟件對其中的對應(yīng)分析數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析,對BVDV毒株在密碼子使用偏性方面的差異進(jìn)行聚類,將結(jié)果與基于BVDV RNA聚合酶基因和5′非翻譯區(qū)序列的分子進(jìn)化樹進(jìn)行比較.【結(jié)果】分析表明,BVDV的對應(yīng)分析數(shù)據(jù)分布相對集中于不同象限中,具有型特異性;密碼子偏性表現(xiàn)高度的型內(nèi)相似性,BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3分別聚集成一類,與分子進(jìn)化樹分析結(jié)果一致.【結(jié)論】結(jié)果提示,基于密碼子使用偏性對應(yīng)分析數(shù)據(jù)的聚類分析可以應(yīng)用于BVDV的分型研究.

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【部分圖文】：

圖1BVDV分子進(jìn)化樹

CodonW計算所得BVDV密碼子使用對應(yīng)分析(COA)數(shù)據(jù)分析顯示,不同類型的BVDV在RSCU、密碼子使用和氨基酸使用方面具有型特異性(圖2).BVDV-1、BVDV-2、BVDV-3在RSCU和密碼子使用上的COA數(shù)據(jù)分布模式高度相似,3個基因型的分布相對集中于不同象限中,....

圖2對應(yīng)分析數(shù)據(jù)分布圖

圖1BVDV分子進(jìn)化樹2.3BVDV密碼子數(shù)據(jù)聚類分析結(jié)果

圖3BVDV密碼子COA數(shù)據(jù)聚類分析

瘟病毒基因組的遺傳進(jìn)化主要來自3個不同的過程:由病毒RNA依賴性RNA聚合酶的易錯性導(dǎo)致的點突變的積累;非同源RNA的重組;同源RNA的重組[14].WeberMN等再對125個完整的瘟病毒序列分析后指出,其中2個BVDV-1、1個BVDV-2和4個CSFV毒株的基因組是由同....

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