為研究易混淆綿羊品種的種內(nèi)多態(tài)性與遺傳多樣性,甄別灘羊、小尾寒羊和灘寒雜交羊,采用宏基因組學的方法,以混合羊肉樣品(灘羊、小尾寒羊、灘寒雜交羊)為試驗對象,通過高通量測序技術對混合樣本全基因組進行測序。利用MISA查找拼接序列SSR位點,分析SSR序列特征并使用PRIMER3 Input(version 2.3.7)設計熒光標記引物,以多態(tài)性SSR分子標記分析灘羊、小尾寒羊、灘寒雜交羊群體遺傳多樣性。結果顯示,SSR位點分布結果廣泛,多態(tài)率為46%,平均PIC值為0.358,表明多態(tài)性水平處于中等水平。綿羊?qū)?種羊肉以及混合羊肉樣本分別聚為一類,呈單系性,STR峰圖分型清晰,表明可實現(xiàn)3種綿羊的區(qū)分。成功建立了3種綿羊的SSR分子身份證。通過SSR序列多態(tài)性可對3種綿羊及其混合樣本進行鑒定,為混合綿羊肉的基源鑒定提供新思路和技術指導,對綿羊全基因組工程研究,綿羊種屬間的分子標記開發(fā)和種質(zhì)資源鑒定保護具有一定參考價值。

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【部分圖文】：

圖1物種分布圖

對3種綿羊肉品混合樣本進行宏基因組物種多樣性分析，如表1獲得6.1GB有效序列，42211072條序列，該結果與單一品種綿羊測序結果5.0GB相比較大，表明該測序結果涵蓋灘羊、小尾寒羊、灘寒雜交羊的部分基因。該測序結果中序列長度平均長度150bp,GC含量45.67%。....

圖2SSR信息分布圖

通過多態(tài)性檢測，78122條有效序列均設計出SSR引物，隨機挑選上述78122條序列中設計出的SSR引物100對（挑選標準：有效序列大小范圍100～300bp，末端可修飾），有46對熒光標記引物（表2）在挑選的100對熒光引物中表現(xiàn)出多態(tài)性，有46對熒光標記引物（表2）在挑....

圖3PIC值分布圖

圖2SSR信息分布圖2.4擴增產(chǎn)物的聚類分析結果

圖43種綿羊遺傳距離

由軟件MEGA5.1進行聚類分析，得到24個樣本的系統(tǒng)進化圖（圖4）。分析表明，依據(jù)SSR擴增產(chǎn)物性狀構建的聚類分析圖，24個綿羊資源（24個樣品）被分為4類，S11,S9,S7,S12,S8,S10等6份羊肉樣本構成第1類，其余的18份被聚為第2類。在遺傳距離0.53處，分為第....

本文編號：3923854