宮內(nèi)發(fā)育遲緩和先兆子癇致病因素多樣,病情表現(xiàn)各異,目前關(guān)于它們的具體病理原因還不確定,但溯其根源,這兩種妊娠異常疾病都是由于胎盤(pán)機(jī)能不全造成的。目前已有一些報(bào)道的胎盤(pán)特異性生物化學(xué)標(biāo)記可用于鑒定先兆子癇,但這方面的信息還不全面,可用于臨床的生物標(biāo)記很少；而對(duì)于宮內(nèi)發(fā)育遲緩,由于該疾病病理的高異質(zhì)性、多樣性,以及與其他疾病同時(shí)發(fā)生等原因,傳統(tǒng)的臨床分類(lèi)很難體現(xiàn)真實(shí)的病理分類(lèi)信息,從而導(dǎo)致從基因組水平研究該疾病的分子機(jī)理存在一定困難。另一方面,micro RNA作為重要的基因表達(dá)調(diào)控元件,廣泛參與到很多胎盤(pán)發(fā)育相關(guān)的生物過(guò)程中(如細(xì)胞分化、增殖、凋亡、侵入及血管生成等),同時(shí)也可作為循環(huán)系統(tǒng)中穩(wěn)定的生物標(biāo)記。因此,本研究的目的是揭示人類(lèi)胎盤(pán)的轉(zhuǎn)錄組,分析先兆子癇和宮內(nèi)發(fā)育遲緩中特異性的差異表達(dá)基因,根據(jù)差異表達(dá)基因篩選差異表達(dá)的microRNAs,作為預(yù)測(cè)先兆子癇和宮內(nèi)發(fā)育遲緩的分子標(biāo)記。為了實(shí)現(xiàn)此目的,本研究采用Illumina Human6.0Bead Array對(duì)86個(gè)人類(lèi)胎盤(pán)樣品的轉(zhuǎn)錄組展開(kāi)研究,并綜合運(yùn)用可調(diào)模塊性聚類(lèi)分析(Modulated Modularity Cluster...

【文章頁(yè)數(shù)】：150 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 前言
    1 研究問(wèn)題的由來(lái)
    2 宮內(nèi)發(fā)育遲緩(IUGR)與胎兒小于妊娠年齡(SGA)
        2.1 宮內(nèi)發(fā)育遲緩概述
        2.2 宮內(nèi)發(fā)育遲緩的高危因素
        2.3 宮內(nèi)發(fā)育遲緩的預(yù)測(cè)
            2.3.1 妊娠早、中期的預(yù)測(cè)
            2.3.2 妊娠晚期的預(yù)測(cè)
    3 先兆子癇(PE)
        3.1 先兆子癇概述
        3.2 先兆子癇的病理生理學(xué)
        3.3 利用生物標(biāo)記檢測(cè)先兆子癇的必要性
        3.4 先兆子癇相關(guān)的生化標(biāo)記
        3.5 鑒定新的生物標(biāo)記
    4 microRNA與懷孕過(guò)程
        4.1 microRNA概述
        4.2 microRNA的生物合成和RNA干擾途徑
        4.3 胚胎著床期的microRNA
        4.4 microRNA在胎盤(pán)中的表達(dá)
        4.5 microRNA在調(diào)節(jié)母體-胎兒免疫耐受中的作用
        4.6 母體外周循環(huán)血中與妊娠相關(guān)的microRNA
    5 微陣列基因芯片技術(shù)及其應(yīng)用
        5.1 微陣列基因芯片概述
        5.2 基因芯片在繁殖醫(yī)學(xué)上的應(yīng)用
            5.2.1 基因芯片與先兆子癇
            5.2.2 基因芯片與早期胚胎發(fā)育
            5.2.3 基因芯片與子宮內(nèi)膜感受性和胎盤(pán)發(fā)育
            5.2.4 基因芯片與子宮內(nèi)膜異位
        5.3 微陣列基因芯片技術(shù)的未來(lái)
    6 基因組印記
        6.1 基因組印記概況
        6.2 基因組印記的表達(dá)調(diào)控
        6.3 基因組印記與家畜數(shù)量性狀
        6.4 候選基因MAGEL2概述
    7 研究目的與意義
第二章 人先兆子癇和宮內(nèi)發(fā)育遲緩胎盤(pán)轉(zhuǎn)錄組分析及差異表達(dá)microRNA研究
    1 背景介紹
    2 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料
            2.1.1 生物樣品
            2.1.2 主要儀器設(shè)備
            2.1.3 主要分析軟件
            2.1.4 主要試劑及試劑盒
        2.2 實(shí)驗(yàn)方法
            2.2.1 生物樣品采集
            2.2.2 RNA的提取及質(zhì)量控制
            2.2.3 人胎盤(pán)全基因組表達(dá)芯片雜交及數(shù)據(jù)處理
            2.2.4 根據(jù)人胎盤(pán)差異表達(dá)基因預(yù)測(cè)候選miRNAs
            2.2.5 Real-time qRT-PCR驗(yàn)證候選miRNAs在人胎盤(pán)中的差異表達(dá)
            2.2.6 根據(jù)候選microRNA在胎盤(pán)中的表達(dá)水平構(gòu)建決定樹(shù)
            2.2.7 microRNA在母本外周循環(huán)血液中的穩(wěn)定性研究
            2.2.8 人胎盤(pán)差異表達(dá)基因的IPA通路分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 研究群體人口普查信息統(tǒng)計(jì)
        3.2 方差主成分分析及線性混合模型的選擇
        3.3 人胎盤(pán)轉(zhuǎn)錄組比較分析
            3.3.1 先兆子癇胎盤(pán)與正常胎盤(pán)間的差異表達(dá)基因
            3.3.2 宮內(nèi)發(fā)育遲緩胎盤(pán)與正常胎盤(pán)間的差異表達(dá)基因
        3.4 根據(jù)胎盤(pán)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行可調(diào)模塊性聚類(lèi)分析(MMC)
            3.4.1 可調(diào)模塊性聚類(lèi)分析(MMC)結(jié)果
            3.4.2 按模塊進(jìn)行方差主成分分析
            3.4.3 不同模塊間胎盤(pán)的差異表達(dá)基因
        3.5 根據(jù)基因集合富集分析(GSEA)預(yù)測(cè)候選microRNAs
        3.6 Real-time qRT-PCR驗(yàn)證候選microRNAs在人胎盤(pán)中的差異表達(dá)
            3.6.1 候選microRNAs的引物設(shè)計(jì)
            3.6.2 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立及擴(kuò)增效率的測(cè)定
            3.6.3 候選microRNAs在模塊間的表達(dá)差異
            3.6.4 候選microRNAs在PE/IUGR/Control間的表達(dá)差異
        3.7 根據(jù)候選microRNAs在胎盤(pán)中的表達(dá)水平構(gòu)建決定樹(shù)
        3.8 microRNA在母本外周循環(huán)血液中的穩(wěn)定性研究
        3.9 人胎盤(pán)差異表達(dá)基因相關(guān)的IPA通路
    4 討論
        4.1 群體的個(gè)體差異對(duì)基因表達(dá)情況的影響
        4.2 宮內(nèi)發(fā)育遲緩(IUGR)樣品的高異質(zhì)性
        4.3 可調(diào)模塊性聚類(lèi)分析(MMC)的引入及聚類(lèi)方法的選擇
        4.4 可調(diào)模塊性聚類(lèi)分析(MMC)結(jié)果的有效性
        4.5 宮內(nèi)發(fā)育遲緩(IUGR)相關(guān)的因子和通路
        4.6 差異表達(dá)microRNA的目標(biāo)靶基因
        4.7 決定樹(shù)的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性
    5 本章總結(jié)
        5.1 總結(jié)及意義
        5.2 創(chuàng)新點(diǎn)
        5.3 下一步工作計(jì)劃
第三章 以豬為模式動(dòng)物研究印記基因MAGEL2在兩個(gè)胚胎時(shí)期的印記狀態(tài)及與胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析
    1 背景介紹
    2 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)材料
            2.1.1 生物樣品
            2.1.2 主要儀器設(shè)備
            2.1.3 主要分析軟件
            2.1.4 主要試劑及試劑盒
            2.1.5 主要溶液配置
        2.2 實(shí)驗(yàn)方法
            2.2.1 基因組DNA的提取
            2.2.2 組織總RNA的提取及質(zhì)量控制
            2.2.3 第一鏈cDNA的合成
            2.2.4 豬MAGEL2基因的克隆測(cè)序
            2.2.5 豬MAGEL2基因在豬胚胎中的組織表達(dá)譜研究
            2.2.6 豬MAGEL2基因的SNP鑒定
            2.2.7 豬MAGEL2基因的PCR-RFLP及RT-PCR-RFLP分析
            2.2.8 SNP在不同豬種的等位基因頻率及基因型頻率測(cè)定
            2.2.9 豬MAGEL2基因在豬30日齡和65日齡胚胎中的印記分析
            2.2.10 豬MAGEL2基因與胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析
    3 結(jié)果與分析
        3.1 豬MAGEL2基因的克隆測(cè)序結(jié)果
        3.2 豬MAGEL2基因在豬胚胎中的組織表達(dá)譜
        3.3 豬MAGEL2基因的SNP鑒定結(jié)果
        3.4 豬MAGEL2的等位基因頻率及基因型頻率
        3.5 豬MAGEL2基因在豬30日齡和65日齡胚胎中的印記狀況
            3.5.1 雜合子篩選結(jié)果
            3.5.2 豬MAGEL2基因在30日齡胚胎中的印記狀況
            3.5.3 豬MAGEL2基因在65日齡胚胎中的印記狀況
        3.6 豬MAGEL2基因與胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析
C與豬胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析">            3.6.1 多態(tài)位點(diǎn)g.2592A>C與豬胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析
C與豬胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析">            3.6.2 多態(tài)位點(diǎn)g.3277T>C與豬胴體性狀的關(guān)聯(lián)分析
    4 討論
        4.1 模型的建立和發(fā)育時(shí)期的選擇
        4.2 MAGEL2在人、小鼠、豬中的表達(dá)和印記情況
        4.3 豬MAGEL2基因的印記多態(tài)性
        4.4 印記基因?qū)δ阁w-胎兒互作的影響
        4.5 印記基因?qū)μ撼錾笮袨榈挠绊?br>        4.6 關(guān)聯(lián)分析的不足之處
    5 本章總結(jié)
        5.1 總結(jié)及意義
        5.2 創(chuàng)新點(diǎn)
        5.3 下一步工作計(jì)劃
參考文獻(xiàn)
附錄1：補(bǔ)充表格
附錄2：芯片數(shù)據(jù)分析相關(guān)代碼
博士在讀期間研究成果
致謝



本文編號(hào)：3912712