豬繁殖與呼吸綜合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)是由豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRS virus,PRRSV)引起的重要傳染病。由于病毒的RNA依賴性RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)缺乏校對功能,在復制過程中病毒基因組序列容易發(fā)生突變。自1991年首次分離到PRRSV以來,其變異毒株不斷出現(xiàn),造成PRRSV的遺傳多樣性十分復雜。為了解我國北美洲型(North-American type,NA-type)PRRSV的遺傳變異情況,本研究從2014-2018年來自9個省份的PRRSV感染病料中分離了12株NA-type PRRSVs,并測定其全基因組序列,發(fā)現(xiàn)多數(shù)毒株存在重組現(xiàn)象。為進一步發(fā)現(xiàn)NA-type PRRSV的重組規(guī)律和遺傳變異特征,本研究對中美兩國1991-2018年期間的NA-type PRRSVs全基因組序列(新測毒株序列138條、GenBank中所有的中美NA-type PRRSVs序列713條)進行了遺傳進化、重組和NSP2插入缺失(Indel)多...

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 豬繁殖與呼吸綜合征病毒
        1.1.1 PRRSV基因組及其復制
        1.1.2 PRRSV的非結構蛋白及功能
        1.1.3 PRRSV的結構蛋白及功能
    1.2 PRRSV的遺傳變異
    1.3 重組發(fā)生的生物學意義
    1.4 研究目的和意義
第二章 中美NA-type PRRSV的重組及遺傳變異分析
    2.1 材料和方法
        2.1.1 細胞
        2.1.2 試劑和儀器
        2.1.3 病料收集
        2.1.4 樣品處理和Sanger測序
        2.1.5 數(shù)據集選擇
        2.1.6 系統(tǒng)發(fā)育分析
        2.1.7 重組分析
        2.1.8 NSP2多態(tài)模式的分類
        2.1.9 BEAST分析
    2.2 結果
        2.2.1 臨床樣品序列的重組分析
        2.2.2 NA-type PRRSV的地理分布
        2.2.3 基于ORF5基因的系統(tǒng)發(fā)生和分支特征
        2.2.4 中國NA-type PRRSV的分支間重組情況
        2.2.5 美國NA-type PRRSV的分支間重組情況及中美比較
        2.2.6 中、美NA-type PRRSV的分支內重組情況
        2.2.7 NA-type PRRSV的 NSP2插入缺失多態(tài)性
        2.2.8 L1和L8分支的進化動力學
    2.3 討論
第三章 EU-type PRRSV的重組及遺傳變異分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 樣品處理和測序
        3.1.2 數(shù)據集
        3.1.3 重組分析
        3.1.4 NSP2多態(tài)模式分析
        3.1.5 進化樹分析
    3.2 結果
        3.2.1 3株EU-type PRRSVs的同源性分析
        3.2.2 3株EU-type PRRSVs的結構蛋白變異特征
        3.2.3 EU-type PRRSV的重組情況
        3.2.4 EU-type PRRSV的 NSP2 插入缺失特征
        3.2.5 基于全長基因的遺傳進化分析
        3.2.6 基于ORF5基因的系統(tǒng)發(fā)生和分支特征
    3.3 討論
第四章 全文結論
參考文獻
附錄 A
致謝
作者簡歷



本文編號：3861850