本試驗旨在研究相同飼糧結(jié)構(gòu)及飼養(yǎng)環(huán)境下,基于宏基因組學(xué)解析乳蛋白含量與瘤胃微生物之間的潛在關(guān)系。以荷斯坦奶牛為研究對象,選擇乳蛋白含量長期偏高(>3.7%)、長期偏低(3.0%～3.3%)的奶牛各3頭,采集瘤胃內(nèi)容物,通過宏基因組學(xué)方法分析二者之間的潛在調(diào)節(jié)作用。結(jié)果表明:擬桿菌門(Bacteroidetes)、擬桿菌綱(Bacteroidia)、普雷沃氏菌屬(Prevotella)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、擬桿菌目(Bacteroidales)、棲瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)相對含量在2組間呈現(xiàn)顯著差異(P<0.05),其中Prevotella ruminicola為主要差異微生物,并首次發(fā)現(xiàn)三角酵母屬(Trigonopsis)可能對調(diào)節(jié)乳蛋白含量具有一定作用。在乳蛋白含量長期偏高的奶牛瘤胃內(nèi),與乳蛋白前體物生成過程相關(guān)的氨基酸代謝和其他氨基酸代謝功能基因的相對豐度顯著升高(P<0.05),與蛋白質(zhì)降解及氨基酸代謝過程密切相關(guān)的COG0542、COG0612、COG1404、COG1506、 COG2755、 C...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 試驗設(shè)計
    1.2 樣品采集與處理
        1.2.1 牛乳樣品的采集與處理
        1.2.2 瘤胃內(nèi)容物樣品的采集與處理
    1.3 宏基因組DNA提取及建庫測序
        1.3.1 DNA提取
        1.3.2 文庫構(gòu)建與測序
        1.3.3 上機(jī)測序
    1.4 宏基因組數(shù)據(jù)預(yù)處理
        1.4.1 數(shù)據(jù)過濾與去除宿主污染
        1.4.2 序列組裝
    1.5 微生物多樣性與功能分析
    1.6 統(tǒng)計分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 不同乳蛋白含量奶牛相關(guān)參數(shù)
    2.2 不同乳蛋白含量奶牛瘤胃微生物組成結(jié)構(gòu)
    2.3 高乳蛋白含量奶牛瘤胃內(nèi)特征性微生物
    2.4 不同乳蛋白含量奶牛瘤胃微生物基因功能差異
        2.4.1 與蛋白質(zhì)生理代謝相關(guān)的功能基因富集情況
        2.4.2 與蛋白質(zhì)生理代謝相關(guān)的差異基因
3 討論
    3.1 不同乳蛋白含量奶牛瘤胃微生物組成結(jié)構(gòu)的差異
    3.2 不同乳蛋白含量奶牛瘤胃微生物基因功能的差異
4 結(jié)論



本文編號：3820739