藏系綿羊生活在高海拔的青藏高原地區(qū),惡劣的生態(tài)環(huán)境造就了藏羊適應(yīng)力強(qiáng)、免疫力高、可飼范圍廣等特性,是青藏高原地區(qū)農(nóng)牧民的主要生產(chǎn)和生活資料。高寒地區(qū)復(fù)雜的地形、氣候使藏系綿羊群體逐步趨于多樣化,僅基于地域、外貌特征以及生產(chǎn)性能已很難將這些群體進(jìn)行分類和鑒定,各樣式的命名方式、粗略的劃分方法以及遺傳學(xué)信息的匱乏等都將會(huì)成為藏系綿羊在推廣與品種選育過程中的阻礙。基因組測(cè)序和基因分型技術(shù)的飛速發(fā)展,使得從基因組水平對(duì)畜禽品種進(jìn)行種質(zhì)資源鑒定成為了可能。本研究基于AffymetrixOvineSNP600K高密度芯片對(duì)西藏、青海、甘肅、云南、四川5個(gè)地區(qū)的20個(gè)藏系綿羊群體(共384個(gè)個(gè)體)進(jìn)行全基因組檢測(cè),分析藏系綿羊群體的遺傳多樣性及群體間的結(jié)構(gòu)關(guān)系,并利用群體分化指數(shù)FST篩選出各個(gè)藏系綿羊群體的候選特異性SNP位點(diǎn),大大降低了種質(zhì)資源鑒定的成本,技術(shù)具有較好的推廣前景。研究結(jié)果如下:(1)384個(gè)樣品DNA的分型結(jié)果顯示,大部分樣本的位點(diǎn)檢出率達(dá)到94%以上,檢測(cè)到604554個(gè)SNPs位點(diǎn);質(zhì)量控制后,有10個(gè)個(gè)體被去除,剩余374個(gè)個(gè)體和423178個(gè)高質(zhì)量SNPs。(2)利用雜合...

【文章頁(yè)數(shù)】：48 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 藏系綿羊簡(jiǎn)介
    2 遺傳標(biāo)記在藏系綿羊品種鑒定中的應(yīng)用
        2.1 形態(tài)學(xué)遺傳標(biāo)記的應(yīng)用
        2.2 細(xì)胞學(xué)遺傳標(biāo)記的應(yīng)用
        2.3 生化遺傳標(biāo)記的應(yīng)用
        2.4 分子遺傳標(biāo)記的應(yīng)用
            2.4.1 限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)
            2.4.2 隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA (RAPD)
            2.4.3 擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)
            2.4.4 簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)
            2.4.5 單核苷酸序列多態(tài)性(SNPs)
    3 選擇信號(hào)
        3.1 選擇信號(hào)的分類
        3.2 選擇信號(hào)的檢測(cè)方法
            3.2.1 基于位點(diǎn)頻率譜的檢測(cè)方法
            3.2.2 基于群體分化的檢測(cè)方法
            3.2.3 基于連鎖不平衡的檢測(cè)方法
    4 本研究的目的和意義
第二章 藏系綿羊群體遺傳結(jié)構(gòu)研究
    1 材料與方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物和樣品采集
        1.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器與試劑
        1.3 基因組DNA提取
        1.4 基因組DNA質(zhì)量檢測(cè)
    2 芯片數(shù)據(jù)的分型和質(zhì)量控制
        2.1 基因分型
        2.2 質(zhì)量控制
    3 遺傳多樣性分析
        3.1 雜合度
        3.2 近交系數(shù)
    4 群體結(jié)構(gòu)分析
        4.1 主成分分析(PCA)
        4.2 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建(NJ-tree)
        4.3 群體結(jié)構(gòu)(STRUCTURE)
    5 結(jié)果
        5.1 分型及質(zhì)控結(jié)果
        5.2 遺傳多樣性分析結(jié)果
        5.3 群體關(guān)系分析結(jié)果
            5.3.1 藏系綿羊群體進(jìn)行PCA分析
            5.3.2 藏系綿羊群體進(jìn)行NJ樹分析
            5.3.3 藏系綿羊群體進(jìn)行STRUCTURE分析
    6 討論
第三章 藏系綿羊品種特異性遺傳標(biāo)簽的構(gòu)建
    1 群體分化指數(shù)F_ST檢驗(yàn)
    2 特異性遺傳標(biāo)簽的構(gòu)建方法
    3 基因注釋和富集分析
    4 結(jié)果
        4.1 地域特異性遺傳標(biāo)簽的構(gòu)建
        4.2 品種特異性遺傳標(biāo)簽的構(gòu)建
        4.3 富集分析結(jié)果
    5 討論
第四章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號(hào)：3794510