藏系綿羊生活在高海拔的青藏高原地區(qū),惡劣的生態(tài)環(huán)境造就了藏羊適應力強、免疫力高、可飼范圍廣等特性,是青藏高原地區(qū)農(nóng)牧民的主要生產(chǎn)和生活資料。高寒地區(qū)復雜的地形、氣候使藏系綿羊群體逐步趨于多樣化,僅基于地域、外貌特征以及生產(chǎn)性能已很難將這些群體進行分類和鑒定,各樣式的命名方式、粗略的劃分方法以及遺傳學信息的匱乏等都將會成為藏系綿羊在推廣與品種選育過程中的阻礙。基因組測序和基因分型技術的飛速發(fā)展,使得從基因組水平對畜禽品種進行種質資源鑒定成為了可能。本研究基于AffymetrixOvineSNP600K高密度芯片對西藏、青海、甘肅、云南、四川5個地區(qū)的20個藏系綿羊群體(共384個個體)進行全基因組檢測,分析藏系綿羊群體的遺傳多樣性及群體間的結構關系,并利用群體分化指數(shù)FST篩選出各個藏系綿羊群體的候選特異性SNP位點,大大降低了種質資源鑒定的成本,技術具有較好的推廣前景。研究結果如下:(1)384個樣品DNA的分型結果顯示,大部分樣本的位點檢出率達到94%以上,檢測到604554個SNPs位點;質量控制后,有10個個體被去除,剩余374個個體和423178個高質量SNPs。(2)利用雜合...

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學位級別】：碩士

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中文摘要
Abstract
縮略詞表
第一章 文獻綜述
    1 藏系綿羊簡介
    2 遺傳標記在藏系綿羊品種鑒定中的應用
        2.1 形態(tài)學遺傳標記的應用
        2.2 細胞學遺傳標記的應用
        2.3 生化遺傳標記的應用
        2.4 分子遺傳標記的應用
            2.4.1 限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)
            2.4.2 隨機擴增多態(tài)性DNA (RAPD)
            2.4.3 擴增片段長度多態(tài)性(AFLP)
            2.4.4 簡單重復序列(SSR)
            2.4.5 單核苷酸序列多態(tài)性(SNPs)
    3 選擇信號
        3.1 選擇信號的分類
        3.2 選擇信號的檢測方法
            3.2.1 基于位點頻率譜的檢測方法
            3.2.2 基于群體分化的檢測方法
            3.2.3 基于連鎖不平衡的檢測方法
    4 本研究的目的和意義
第二章 藏系綿羊群體遺傳結構研究
    1 材料與方法
        1.1 實驗動物和樣品采集
        1.2 主要實驗儀器與試劑
        1.3 基因組DNA提取
        1.4 基因組DNA質量檢測
    2 芯片數(shù)據(jù)的分型和質量控制
        2.1 基因分型
        2.2 質量控制
    3 遺傳多樣性分析
        3.1 雜合度
        3.2 近交系數(shù)
    4 群體結構分析
        4.1 主成分分析(PCA)
        4.2 系統(tǒng)發(fā)育樹構建(NJ-tree)
        4.3 群體結構(STRUCTURE)
    5 結果
        5.1 分型及質控結果
        5.2 遺傳多樣性分析結果
        5.3 群體關系分析結果
            5.3.1 藏系綿羊群體進行PCA分析
            5.3.2 藏系綿羊群體進行NJ樹分析
            5.3.3 藏系綿羊群體進行STRUCTURE分析
    6 討論
第三章 藏系綿羊品種特異性遺傳標簽的構建
    1 群體分化指數(shù)F_ST檢驗
    2 特異性遺傳標簽的構建方法
    3 基因注釋和富集分析
    4 結果
        4.1 地域特異性遺傳標簽的構建
        4.2 品種特異性遺傳標簽的構建
        4.3 富集分析結果
    5 討論
第四章 全文結論
參考文獻
致謝



本文編號：3794510