本研究從山東地區(qū)某發(fā)病鴨場(chǎng)周?chē)穆槿阁w內(nèi)分離到一株坦布蘇病毒，命名為SDS株，并用RT-PCR技術(shù)對(duì)分離株全基因組進(jìn)行擴(kuò)增并測(cè)序，將獲得的SDS株坦布蘇病毒全基因組序列與已在GenBank發(fā)表的24株坦布蘇病毒和6株其他黃病毒屬病毒全基因序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析。結(jié)果表明，該株坦布蘇病毒的基因組全長(zhǎng)為10990nt，包含94nt的5’端非編碼區(qū)、618nt的3’端非編碼區(qū)和一個(gè)開(kāi)放閱讀框（3425個(gè)氨基酸），編碼11種病毒蛋白；與GenBank已發(fā)表的坦布蘇病毒的核苷酸序列同源性為98.2％～99.5％，氨基酸序列同源性為98.1％～99.4％，其中與鴨源WFZ株（KC990545.1）的核苷酸序列同源性最高為99.5％，與鵝源坦布蘇病毒（Duck egg-drop syndrome virus straingoose，JQ920424.1）和雞源坦布蘇病毒（CJD50，JF926699）的核苷酸序列同源性較低為98.9％。用NetNGlyc1.0Server在線軟件對(duì)病毒蛋白潛在糖基化位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，結(jié)果表明在SDS株病毒多聚蛋白中共有13個(gè)潛在的糖基化位點(diǎn)，分別位于五個(gè)不同病毒蛋白中。本...

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
符號(hào)說(shuō)明 中文摘要 ABSTRACT 1 前言
1.1 黃病毒簡(jiǎn)介
    1.1.1 黃病毒簡(jiǎn)介
    1.1.2 黃病毒疫苗概述
    
1.1.2.1 黃熱病病毒疫苗
    
1.1.2.2 乙型腦炎疫苗
    
1.1.2.3 西尼羅河病毒疫苗
    
1.1.2.4 登革疫苗
1.2 坦布蘇病毒感染概述
    1.2.1 坦布蘇病毒感染發(fā)病史
    1.2.2 坦布蘇病毒生物學(xué)特性
    
1.2.2.1 坦布蘇病毒的形態(tài)結(jié)構(gòu)
    
1.2.2.2 坦布蘇病毒基因組及編碼蛋白
    
1.2.2.3 病毒的結(jié)構(gòu)蛋白
    
1.2.2.4 病毒的非結(jié)構(gòu)蛋白
    
1.2.2.5 病毒的復(fù)制
    1.2.3 坦布蘇病毒的理化特性和培養(yǎng)特性
    1.2.4 坦布蘇病毒的流行病學(xué)
    1.2.5 臨床癥狀和病理變化
    
1.2.5.1 臨床癥狀
    
1.2.5.2 病理變化
    1.2.6 坦布蘇病毒感染實(shí)驗(yàn)室診斷研究
    
1.2.6.1 病毒分離和鑒定
    
1.2.6.2 分子生物學(xué)診斷方法
    
1.2.6.3 血清學(xué)檢測(cè)方法
    1.2.7 病毒的防控
1.3 全基因生物信息學(xué)分析的理論基礎(chǔ)
    1.3.1 分子進(jìn)化理論
    1.3.2 構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的方法
    1.3.3 序列分析算法
1.4 研究的目的和意義 2 材料與方法
2.1 材料
    2.1.1 病料與鴨胚、雞胚
    2.1.2 主要試劑
    2.1.3 主要儀器
    2.1.4 引物
2.2 方法
    2.2.1 主要溶劑的配置
    
2.2.1.1 培養(yǎng)基及常見(jiàn)試劑配置
    2.2.2 坦布蘇病毒的分離鑒定
    
2.2.2.1 坦布蘇病毒 SDS 株的分離與傳代
    2.2.3 病毒的 ELD50測(cè)定
    2.2.4 病毒對(duì)鴨胚 MDT 的測(cè)定
    2.2.5 病毒 RNA 的提取和目的片段擴(kuò)增
    
2.2.5.1 病毒 RNA 的提取
    
2.2.5.2 RT-PCR 反應(yīng)
    
2.2.5.3 PCR 產(chǎn)物的初步鑒定
    
2.2.5.4 PCR 目的片段的純化回收
    
2.2.5.5 連接
    
2.2.5.6 用 CaCl2制備大腸桿菌 DH5α感受態(tài)細(xì)胞
    
2.2.5.7 連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化感受態(tài)細(xì)胞
    
2.2.5.8 陽(yáng)性克隆鑒定與測(cè)序
    2.2.6 測(cè)序結(jié)果的拼接和分析
    2.2.7 不同代次病毒 E 蛋白氨基酸序列抗原指數(shù)預(yù)測(cè) 3 結(jié)果與分析
3.1 病毒的分離和鑒定
3.2 全基因序列擴(kuò)增結(jié)果和序列分析
    3.2.1 全基因序列擴(kuò)增結(jié)果
    3.2.2 全基因組核苷酸序列拼接和基因組特點(diǎn)
    3.2.3 分離株病毒全基因組同源性分析
    3.2.4 分離株病毒與不同來(lái)源坦布蘇病毒的結(jié)構(gòu)蛋白和 NS5 蛋白氨基酸序列分析
    3.2.5 潛在糖基化位點(diǎn)分析
    3.2.6 遺傳進(jìn)化分析
3.3 麻雀源坦布蘇病毒傳代培養(yǎng)結(jié)果
    3.3.1 不同代次病毒致死鴨胚胚體變化
    3.3.2 不同代次病毒對(duì)鴨胚 MDT 變化
    3.3.3 不同代次病毒對(duì)鴨胚半數(shù)致死量變化
    3.3.4 不同代次 E 基因的擴(kuò)增結(jié)果
    3.3.5 不同代次 E 基因核苷酸和氨基酸的變異
    3.3.6 不同代次病毒 E 蛋白抗原指數(shù)預(yù)測(cè)與分析 4 討論 5 結(jié)論 參考文獻(xiàn) 致謝 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文情況



本文編號(hào)：3790114