鹿茸四區(qū)段mRNA-microRNA表達譜測定、分析及蠟片區(qū)調控網絡構建
發(fā)布時間:2023-04-05 10:55
鹿茸是指鹿科動物頭部衍生的未骨化密生茸毛的幼角,是自然界惟一能夠周期性完全再生的哺乳動物骨質附屬器官,其組織學研究表明,從上到下呈現(xiàn)出完整的間充質增殖分化為軟骨,軟骨被松質骨替換,松質骨重塑為密質骨的過程,中國藥典規(guī)定梅花鹿和馬鹿鹿茸為我國傳統(tǒng)中藥,被譽為動物藥之首。鹿茸不同組織結構中粗蛋白、氨基酸、水溶性多糖、單糖、脂肪酸等物質含量不同,傳統(tǒng)上鹿茸多以分區(qū)段出售,區(qū)段的劃分是根據(jù)鹿茸的內、外部的形態(tài)學和組織學特點從上到下分為蠟片區(qū)(wax-like,WL)、粉片區(qū)(blood-color,BC)、蜂片區(qū)(honeycomb-like,HL)和骨片區(qū)(bone slice,B),但是該分類缺乏分子水平方面的支撐。本研究旨在通過構建鹿茸四區(qū)段的mRNA和microRNA(miRNA)的分子表達譜,找到不同差異的mRNA和miRNA,在分子水平上對鹿茸傳統(tǒng)的分區(qū)進行再確認。在此基礎上,鹿茸WL區(qū)段涵蓋生長中心,通過差異分析的方法,找到WL區(qū)段與其他區(qū)段的差異基因,構建mRNAmiRNA的調控網絡,并利用qRT-PCR和CCK8檢測對關鍵基因進行功能驗證,為研究鹿茸的快速生長問題提供依據(jù)。通...
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
附件
摘要
abstract
第一章 引言
1.1 鹿茸概述
1.2 鹿茸商業(yè)分區(qū)
1.3 鹿茸轉錄組的研究
1.3.1 鹿茸頂端不同發(fā)育時期轉錄組
1.3.2 鹿茸頂端分層組織轉錄組
1.4 鹿茸生長發(fā)育關鍵調控因子的功能研究
1.5 研究內容、目的和意義
第二章 鹿茸四區(qū)段mRNA組學研究
2.1 材料與方法
2.1.1 鹿茸四區(qū)段樣品采集
2.1.2 總RNA的提取
2.1.3 總RNA質量評測
2.1.4 測序文庫的構建
2.1.5 測序數(shù)據(jù)過濾
2.1.6 參考序列比對分析
2.1.7 序列的組裝注釋定量
2.1.8 差異表達分析
2.1.9 聚類分析
2.1.10 GO顯著性富集分析
2.1.11 mRNA熒光定量PCR驗證
2.2 結果與分析
2.2.1 高質量測序數(shù)據(jù)
2.2.2 多元統(tǒng)計分析鑒定鹿茸分區(qū)
2.2.3 鹿茸各區(qū)段差異表達的mRNAs
2.2.4 差異基因GO功能注釋
2.2.5 mRNA熒光定量PCR驗證
2.2.6 鹿茸各區(qū)段相對高表達的mRNAs
2.2.7 各區(qū)段相對高表達mRNAs的功能分析
2.3 討論
2.4 本章小結
第三章 鹿茸四區(qū)段micro RNA組學研究
3.1 材料與方法
3.1.1 鹿茸樣品采集
3.1.2 micro RNA的提取
3.1.3 miRNA文庫構建和上機測序
3.1.4 測序數(shù)據(jù)過濾
3.1.5 miRNAs比對、注釋及差異表達
3.1.6 靶基因的預測
3.1.7 聚類分析
3.1.8 GO顯著性富集分析
3.1.9 miRNA熒光定量PCR驗證
3.2 結果與分析
3.2.1 高質量測序數(shù)據(jù)
3.2.2 miRNA的長度分布圖
3.2.3 多元統(tǒng)計分析鑒定鹿茸分區(qū)
3.2.4 鹿茸各區(qū)段差異表達miRNAs
3.2.5 差異miRNAs靶基因及功能注釋
3.2.6 miRNA熒光定量PCR驗證
3.2.7 鹿茸各區(qū)段相對高表達的miRNA
3.2.8 各區(qū)段相對高表達miRNAs靶基因及功能分析
3.3 討論
3.4 本章小結
第四章 鹿茸蠟片區(qū)間充質層基因調控網絡研究
4.1 材料與方法
4.1.1 mRNA-miRNA互作網絡構建
4.1.2 鹿茸蠟片區(qū)間充質層細胞的采集與培養(yǎng)
4.1.3 miRNA模擬物轉染
4.1.4 CCK8法檢測細胞增殖能力
4.1.5 數(shù)據(jù)分析
4.2 結果與分析
4.2.1 mRNA-miRNA互作網絡的構建
4.2.2 鹿茸蠟片區(qū)間充質層基因調控網絡的功能富集
4.2.3 miR-155 及其靶基因FOXO3 的功能驗證
4.3 討論
4.4 本章小結
第五章 全文結論
參考文獻
致謝
作者簡歷
本文編號:3783285
【文章頁數(shù)】:61 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
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摘要
abstract
第一章 引言
1.1 鹿茸概述
1.2 鹿茸商業(yè)分區(qū)
1.3 鹿茸轉錄組的研究
1.3.1 鹿茸頂端不同發(fā)育時期轉錄組
1.3.2 鹿茸頂端分層組織轉錄組
1.4 鹿茸生長發(fā)育關鍵調控因子的功能研究
1.5 研究內容、目的和意義
第二章 鹿茸四區(qū)段mRNA組學研究
2.1 材料與方法
2.1.1 鹿茸四區(qū)段樣品采集
2.1.2 總RNA的提取
2.1.3 總RNA質量評測
2.1.4 測序文庫的構建
2.1.5 測序數(shù)據(jù)過濾
2.1.6 參考序列比對分析
2.1.7 序列的組裝注釋定量
2.1.8 差異表達分析
2.1.9 聚類分析
2.1.10 GO顯著性富集分析
2.1.11 mRNA熒光定量PCR驗證
2.2 結果與分析
2.2.1 高質量測序數(shù)據(jù)
2.2.2 多元統(tǒng)計分析鑒定鹿茸分區(qū)
2.2.3 鹿茸各區(qū)段差異表達的mRNAs
2.2.4 差異基因GO功能注釋
2.2.5 mRNA熒光定量PCR驗證
2.2.6 鹿茸各區(qū)段相對高表達的mRNAs
2.2.7 各區(qū)段相對高表達mRNAs的功能分析
2.3 討論
2.4 本章小結
第三章 鹿茸四區(qū)段micro RNA組學研究
3.1 材料與方法
3.1.1 鹿茸樣品采集
3.1.2 micro RNA的提取
3.1.3 miRNA文庫構建和上機測序
3.1.4 測序數(shù)據(jù)過濾
3.1.5 miRNAs比對、注釋及差異表達
3.1.6 靶基因的預測
3.1.7 聚類分析
3.1.8 GO顯著性富集分析
3.1.9 miRNA熒光定量PCR驗證
3.2 結果與分析
3.2.1 高質量測序數(shù)據(jù)
3.2.2 miRNA的長度分布圖
3.2.3 多元統(tǒng)計分析鑒定鹿茸分區(qū)
3.2.4 鹿茸各區(qū)段差異表達miRNAs
3.2.5 差異miRNAs靶基因及功能注釋
3.2.6 miRNA熒光定量PCR驗證
3.2.7 鹿茸各區(qū)段相對高表達的miRNA
3.2.8 各區(qū)段相對高表達miRNAs靶基因及功能分析
3.3 討論
3.4 本章小結
第四章 鹿茸蠟片區(qū)間充質層基因調控網絡研究
4.1 材料與方法
4.1.1 mRNA-miRNA互作網絡構建
4.1.2 鹿茸蠟片區(qū)間充質層細胞的采集與培養(yǎng)
4.1.3 miRNA模擬物轉染
4.1.4 CCK8法檢測細胞增殖能力
4.1.5 數(shù)據(jù)分析
4.2 結果與分析
4.2.1 mRNA-miRNA互作網絡的構建
4.2.2 鹿茸蠟片區(qū)間充質層基因調控網絡的功能富集
4.2.3 miR-155 及其靶基因FOXO3 的功能驗證
4.3 討論
4.4 本章小結
第五章 全文結論
參考文獻
致謝
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本文編號:3783285
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