近幾年在動(dòng)物、植物、微生物以及人類轉(zhuǎn)錄組的研究中,發(fā)現(xiàn)一種在細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)定存在并具有一定功能的RNA分子,名為環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)。已有研究表明,生物細(xì)胞中存在較高豐度和較多種類的circRNA,并且部分circRNA在細(xì)胞內(nèi)起到miRNA海綿的作用,進(jìn)而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用,上調(diào)靶基因的表達(dá)水平。豬中具有哪些circRNA,它們可能的功能是什么,這些問題尚不清楚。本項(xiàng)目通過比較中外豬種不同組織的circRNA表達(dá)差異,試圖揭示circRNA在脂肪代謝中的潛在作用。在本實(shí)驗(yàn)研究中,我們選擇了陸川豬和杜洛克豬作為實(shí)驗(yàn)對(duì)象。測(cè)定了兩種豬的基本生理指標(biāo),證實(shí)它們?cè)诒潮旌穸壬洗嬖陲@著差異。而后采集兩種豬的肝臟、脂肪和肌肉組織樣品進(jìn)行mRNA和circRNA測(cè)序和分析。每個(gè)組織由3頭豬的樣品構(gòu)建混合樣品池,完成2個(gè)豬種、3個(gè)組織共6個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組和circRNA測(cè)序,一共獲得101.82Gb Clean Data,平均每個(gè)樣品的Clean Data均達(dá)到15.46Gb,并且Q30堿基百分比也在85.00%及以上l分別將各樣品的Clean Reads與指...

【文章頁數(shù)】：75 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
引用術(shù)語縮寫說明
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 研究背景
    1.2 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        1.2.1 陸川豬
        1.2.2 杜洛克豬
    1.3 豬肉品質(zhì)
        1.3.1 豬肉品質(zhì)的指標(biāo)
    1.4 脂代謝
    1.5 circRNA以及circRNA測(cè)序
        1.5.1 circRNA的概念
        1.5.2 circRNA的研究進(jìn)展
        1.5.3 circRNA的功能和作用機(jī)制
    1.6 高通量測(cè)序技術(shù)及其應(yīng)用
    1.7 GO數(shù)據(jù)庫和KEGG數(shù)據(jù)庫的介紹
    1.8 試驗(yàn)研究的內(nèi)容、目的及意義
        1.8.1 研究的內(nèi)容
        1.8.2 研究目的與意義
第二章 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)儀器與試劑耗材
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)儀器與設(shè)備
        2.1.2 試驗(yàn)試劑與耗材
    2.2 試驗(yàn)動(dòng)物處理和主要試劑的配制
        2.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物飼喂管理以及屠宰取樣
        2.2.2 主要溶液的配置方法
    2.3 肉質(zhì)測(cè)定
        2.3.1 背膘厚度測(cè)定
        2.3.2 pH值測(cè)定
        2.3.3 肉色測(cè)定
        2.3.4 系水力測(cè)定
        2.3.5 剪切力測(cè)定
    2.4 試驗(yàn)方法
        2.4.1 組織總RNA的提取
        2.4.2 高通量測(cè)序
    2.5 高通量測(cè)序的數(shù)據(jù)分析
        2.5.1 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制
        2.5.2 測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組序列比對(duì)分析
        2.5.3 轉(zhuǎn)錄組文庫質(zhì)量評(píng)估
    2.6 circRNA的鑒定
    2.7 差異表達(dá)分析
    2.8 統(tǒng)計(jì)分析
第三章 試驗(yàn)結(jié)果與分析
    3.1 正常飼養(yǎng)條件下兩種豬的豬肉品質(zhì)性狀評(píng)價(jià)
    3.2 高通量測(cè)序
        3.2.1 樣品中總RNA的質(zhì)量檢測(cè)結(jié)果
        3.2.2 RNA文庫構(gòu)建及質(zhì)量控制
        3.2.3 circRNA片段化的隨機(jī)性檢測(cè)
    3.3 circRNA測(cè)序數(shù)據(jù)概況
        3.3.1 原始數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制
        3.3.2 Mapped Reads在染色體上和參考基因組上不同區(qū)域的分布
    3.4 circRNA的分析結(jié)果
        3.4.1 circRNA的鑒定
        3.4.2 circRNA的特征分析
        3.4.3 circRNA的表達(dá)特征
        3.4.4 circRNA與mRNA的表達(dá)差異分析
        3.4.5 circRNA功能相關(guān)的分析
        3.4.6 脂肪相關(guān)的circRNA的QTL聯(lián)合分析
第四章 討論
    4.1 circRNA的組織特異性分析
    4.2 circRNA的差異表達(dá)分析
    4.3 脂肪相關(guān)的QTL聯(lián)合分析
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表的論文情況



本文編號(hào)：3773303