沙蔥螢葉甲Galeruca daurica(Joannis)是近年來在內(nèi)蒙古荒漠草原猖獗成災(zāi)的一種新害蟲。沙蔥螢葉甲幼蟲最早于4月上旬開始發(fā)生,此時發(fā)生地氣溫低、波動大,最低溫度可達(dá)-10℃。本實驗室前期研究表明,沙蔥螢葉甲幼蟲具有較強的抗寒能力,但對其抗寒性的機理目前了解得很少。本研究采用高通量測序技術(shù),以沙蔥螢葉甲2齡幼蟲為研究對象,進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序。對得到的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行初步的處理后,再通過數(shù)據(jù)組裝、注釋和生物信息學(xué)(GO分類、COG注釋、Nr注釋、代謝通路分析等)分析方法,對其轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了分析;對不同溫度處理的幼蟲轉(zhuǎn)錄組間進(jìn)行差異表達(dá)分析,篩選出與溫度脅迫相關(guān)的關(guān)鍵基因和代謝通路;同時,對篩選出與冷脅迫相關(guān)的2個關(guān)鍵基因進(jìn)行了克隆、生物信息學(xué)及表達(dá)譜分析。主要結(jié)果如下:1.沙蔥螢葉甲2齡幼蟲分別經(jīng)-10、-5、0、5、25(對照)和35℃處理1 h、25℃恢復(fù)30 min后,進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,組裝獲得6個轉(zhuǎn)錄組,經(jīng)測序質(zhì)量控制,共得到32.67Gb clean data,6個樣品Q30堿基百分比均高于85.75%。共得到30,915,046條reads片段和22,732,768個c...

【文章頁數(shù)】：132 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 引言
    1.1 沙蔥螢葉甲概述
        1.1.1 內(nèi)蒙古草原沙蔥螢葉甲的發(fā)生危害
        1.1.2 沙蔥螢葉甲研究進(jìn)展
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究概況
    1.3 高通量測序技術(shù)及其在昆蟲轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用
    1.4 基因表達(dá)分析方法
    1.5 昆蟲對溫度脅迫響應(yīng)的分子機制研究進(jìn)展
    1.6 研究目的及意義
2 沙蔥螢葉甲轉(zhuǎn)錄組測序及生物信息學(xué)分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實驗材料
        2.1.2 研究方法
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 總RNA提取結(jié)果
        2.2.2 Illumina測序以及組裝
        2.2.3 生物信息學(xué)分析
    2.3 討論
3 沙蔥螢葉甲溫度脅迫差異表達(dá)基因篩選及分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實驗材料
        3.1.2 研究方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 差異表達(dá)基因的篩選
        3.2.2 差異表達(dá)基因的聚類分析
        3.2.3 注釋差異表達(dá)基因的篩選
        3.2.4 差異表達(dá)基因驗證
    3.3 討論
4 沙蔥螢葉甲絲氨酸蛋白酶基因GdSP的克隆及對溫度脅迫的響應(yīng)
    4.1 材料與方法
        4.1.1 實驗材料
        4.1.2 研究方法
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 沙蔥螢葉甲絲氨酸蛋白酶基因的克隆與序列分析
        4.2.2 沙蔥螢葉甲絲氨酸蛋白酶同源比對和系統(tǒng)進(jìn)化分析
        4.2.3 沙蔥螢葉甲GdSP在不同溫度脅迫下的表達(dá)分析
    4.3 討論
5 沙蔥螢葉甲表皮蛋白基因GdAbd的克隆及對溫度脅迫的響應(yīng)
    5.1 材料與方法
        5.1.1 實驗材料
        5.1.2 研究方法
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 沙蔥螢葉甲表皮蛋白基因的克隆與序列分析
        5.2.2 沙蔥螢葉甲表皮蛋白基因的同源比對和系統(tǒng)進(jìn)化分析
        5.2.3 沙蔥螢葉甲表皮蛋白基因在不同溫度脅迫下的表達(dá)分析
    5.3 討論
6 結(jié)論與展望
    6.1 結(jié)論
        6.1.1 沙蔥螢葉甲幼蟲轉(zhuǎn)錄組分析
        6.1.2 沙蔥螢葉甲溫度脅迫差異表達(dá)基因分析
        6.1.3 沙蔥螢葉甲絲氨酸蛋白酶基因GdSP的克隆及對溫度脅迫的響應(yīng)
        6.1.4 沙蔥螢葉甲表皮蛋白基因GdAbd的克隆及對溫度脅迫的響應(yīng)
    6.2 本研究的創(chuàng)新點
    6.3 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄
作者簡介



本文編號：3773049