近年來(lái),隨著動(dòng)物消化系統(tǒng)微生物菌群結(jié)構(gòu)研究的深入,宿主及其消化系統(tǒng)內(nèi)微生物菌群間協(xié)同進(jìn)化關(guān)系正逐步被認(rèn)知。鹿科動(dòng)物胃內(nèi)微生物菌群結(jié)構(gòu)在與其長(zhǎng)期協(xié)同進(jìn)化過(guò)程中,不斷影響其采食行為與食物結(jié)構(gòu),促使鹿科動(dòng)物形成了可分解高纖維物質(zhì)的消化系統(tǒng),進(jìn)化出具有特殊膨大的腔體器官和獨(dú)特的生理結(jié)構(gòu),來(lái)滿足復(fù)雜的微生物所需的生長(zhǎng)環(huán)境。但其4個(gè)胃內(nèi)微生物菌群結(jié)構(gòu)及其相互間互作關(guān)系與功能,以及差異性是否可以反映出鹿種間系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系仍不清楚。本研究采用高通量測(cè)序技術(shù)與組織學(xué)分析等,對(duì)梅花鹿、馬鹿、馴鹿、白唇鹿、狍五種鹿科動(dòng)物的瘤胃、網(wǎng)胃、瓣胃、皺胃內(nèi)的微生物菌群進(jìn)行測(cè)序,以探索:1)對(duì)五種鹿科動(dòng)物4個(gè)胃內(nèi)細(xì)菌、古菌、真菌三大微生物菌群組成結(jié)構(gòu)全面解析,澄清各胃內(nèi)微生物菌群組成結(jié)構(gòu)。2)通過(guò)對(duì)比五種鹿科動(dòng)物胃內(nèi)微生物菌群差異,嘗試探索鹿種耐高海拔或耐寒適應(yīng)性與胃內(nèi)微生物菌群關(guān)系。3)對(duì)比不同鹿種各胃內(nèi)微生物菌群差異,嘗試解析其功能,通過(guò)代謝通路功能預(yù)測(cè),探究微生物菌群在不同鹿胃內(nèi)參與分解代謝過(guò)程中的功能差異性。4)嘗試通過(guò)解析胃內(nèi)微生物菌群差異,探究其與鹿種間系統(tǒng)發(fā)育的關(guān)系。研究結(jié)果表明:1 細(xì)菌梅花鹿、馴鹿、白唇...

【文章頁(yè)數(shù)】：168 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 中國(guó)鹿科動(dòng)物分類及分布區(qū)域
        1.1.1 分類地位
        1.1.2 數(shù)量及分布區(qū)域
    1.2 鹿科動(dòng)物消化系統(tǒng)、食性研究進(jìn)展
        1.2.1 鹿科動(dòng)物食性
        1.2.2 消化系統(tǒng)形態(tài)解剖學(xué)
    1.3 胃內(nèi)微生物菌群結(jié)構(gòu)研究方法
        1.3.1 傳統(tǒng)方法
        1.3.2 16S rRNA
        1.3.3 KEGG功能預(yù)測(cè)
    1.4 反芻動(dòng)物胃內(nèi)微生物菌群多樣性研究
    1.5 反芻動(dòng)物胃內(nèi)微生物菌群功能研究
    1.6 本研究目的意義與內(nèi)容
2 鹿科動(dòng)物胃內(nèi)細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)與分析
    2.1 前言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.2.2 樣品處理
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.4 16S rRNA文庫(kù)構(gòu)建
        2.2.5 生物信息學(xué)分析
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 基本序列數(shù)據(jù)分析
        2.3.2 不同鹿科動(dòng)物胃內(nèi)細(xì)菌菌群差異比對(duì)分析
        2.3.3 同種鹿科動(dòng)物不同胃內(nèi)細(xì)菌菌群差異比對(duì)分析
        2.3.4 不同鹿科動(dòng)物同一胃內(nèi)細(xì)菌菌群差異比對(duì)分析
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
3 鹿科動(dòng)物胃內(nèi)古菌菌群結(jié)構(gòu)與分析
    3.1 前言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        3.2.2 樣品處理
        3.2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.4 16S rRNA文庫(kù)構(gòu)建
        3.2.5 生物信息學(xué)分析
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 基本序列數(shù)據(jù)分析
        3.3.2 不同鹿科動(dòng)物胃內(nèi)古菌菌群差異比對(duì)分析
        3.3.3 同種鹿科動(dòng)物不同胃內(nèi)古菌菌群結(jié)構(gòu)差異比對(duì)分析
        3.3.4 不同鹿科動(dòng)物同一胃內(nèi)古菌菌群結(jié)構(gòu)差異比對(duì)分析
    3.4 討論
    3.5 小結(jié)
4 鹿科動(dòng)物胃內(nèi)真菌菌群結(jié)構(gòu)與分析
    4.1 前言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        4.2.2 樣品處理
        4.2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.4 生物信息學(xué)分析
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 基本序列數(shù)據(jù)分析
        4.3.2 不同鹿科動(dòng)物胃內(nèi)真菌菌群差異比對(duì)分析
        4.3.3 同種鹿科動(dòng)物不同胃內(nèi)真菌菌群結(jié)構(gòu)差異比對(duì)分析
        4.3.4 不同鹿科動(dòng)物同一胃內(nèi)真菌菌群結(jié)構(gòu)差異比對(duì)分析
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
5 鹿科動(dòng)物胃內(nèi)微生物菌群功能預(yù)測(cè)分析
    5.1 前言
    5.2 材料與方法
        5.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        5.2.2 測(cè)定的指標(biāo)和方法
    5.3 結(jié)果
        5.3.1 鹿科動(dòng)物采食與消化組織形態(tài)的協(xié)同關(guān)系
        5.3.2 基于宏基因組的鹿科動(dòng)物胃內(nèi)菌群功能預(yù)測(cè)分析
    5.4 討論
    5.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
胃內(nèi)主要菌及相對(duì)應(yīng)的分類地位
含顯著性分析的GraPhlAn進(jìn)化樹(shù)圖
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3764392