為了篩選牛病毒性腹瀉病毒(BVDV)E2蛋白的多表位亞單位疫苗,本研究選用4種B細(xì)胞預(yù)測軟件(immunomedicine group、ABCpred、BepiPred、SMVTriP)和2種T細(xì)胞預(yù)測軟件(NetBoLApan、NetMHCIIpan)篩選出重疊肽作為優(yōu)勢表位,通過柔性linker連接成多表位疫苗,使用免疫信息學(xué)方法對抗原性、過敏源、理化性質(zhì)、糖基化位點、二級和三級結(jié)構(gòu)進(jìn)行評估。通過二硫化物工程提高疫苗穩(wěn)定性。使用分子對接評估疫苗構(gòu)建體與免疫受體的結(jié)合能力,最后進(jìn)行silico克隆。結(jié)果表明,成功構(gòu)建17 000相對分子質(zhì)量的可溶性蛋白質(zhì),免疫信息學(xué)結(jié)果表明,疫苗構(gòu)建體是非過敏性良好抗原,具有一個潛在的N-糖基化位點,在二級結(jié)構(gòu)中α螺旋占約3.2%,β折疊占約43.2%,無規(guī)卷曲占約53.6%。三級結(jié)構(gòu)Ramachandran作圖發(fā)現(xiàn)優(yōu)勢區(qū)域中含有88.2%殘基,進(jìn)行細(xì)化后優(yōu)勢區(qū)域的殘基增加到93.5%,3D模型表位作圖也證明多表位疫苗具有良好的免疫原性,二硫化物工程確定出3對殘留物可以形成二硫鍵,分子對接表明疫苗構(gòu)建體與TLR3受體具有高親和力,最后密碼子優(yōu)化和si...

【文章頁數(shù)】：9 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 序列來源
    1.2 E2蛋白B細(xì)胞表位預(yù)測
    1.3 E2蛋白T細(xì)胞表位預(yù)測
    1.4 優(yōu)勢表位序列的篩選與融合
    1.5 過敏原和抗原性預(yù)測
    1.6 理化參數(shù)的評估及糖基化位點預(yù)測
    1.7 二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
    1.8 三級結(jié)構(gòu)的預(yù)測、細(xì)化及驗證
    1.9 三級結(jié)構(gòu)突出表位預(yù)測
    1.10 用于疫苗穩(wěn)定性的二硫化物工程
    1.11 疫苗構(gòu)建體與免疫受體的分子對接
    1.12 密碼子優(yōu)化和silico克隆
2 結(jié)果
    2.1 BVDV E2蛋白氨基酸序列
    2.2 E2蛋白B細(xì)胞表位預(yù)測
    2.3 E2蛋白T細(xì)胞表位預(yù)測
    2.4 E2蛋白優(yōu)勢表位篩選及融合
    2.5 過敏原和抗原性評估
    2.6 多表位疫苗的理化參數(shù)及N-糖基化位點
    2.7 多表位疫苗的的二級結(jié)構(gòu)
    2.8 多表位疫苗三級結(jié)構(gòu)預(yù)測、細(xì)化和驗證
    2.9 三級結(jié)構(gòu)表位作圖
    2.10 用于疫苗穩(wěn)定性二硫化物設(shè)計
    2.11 疫苗構(gòu)建體與免疫受體的分子對接
    2.12 密碼子優(yōu)化和silico克隆
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