為研究microRNA（miRNA）在五指山豬和長白豬肌肉生長發(fā)育中的差異和探究差異miRNA對(duì)骨骼肌發(fā)育轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的影響,以1月齡的五指山豬和長白豬背最長肌為材料,通過轉(zhuǎn)錄組測序和生物信息學(xué)分析篩選與骨骼肌發(fā)育相關(guān)的差異miRNA。結(jié)果顯示,從2個(gè)文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,五指山豬和長白豬分別鑒定出312個(gè)和306個(gè)已知miRNA,同時(shí)分別發(fā)現(xiàn)了83個(gè)和88個(gè)新的miRNA。獲得17個(gè)差異顯著的miRNA,其中16個(gè)miRNA表達(dá)上調(diào),1個(gè)miRNA表達(dá)下調(diào)。靶基因預(yù)測和生物學(xué)功能預(yù)測發(fā)現(xiàn)17個(gè)差異miRNA,共預(yù)測到535個(gè)靶基因,靶向作用于mTOR信號(hào)通路和肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4個(gè)miRNA可能參與骨骼肌生長發(fā)育過程。 

【文章來源】：江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,36(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

表達(dá)量前10的豬miRNA統(tǒng)計(jì)

經(jīng)過對(duì)原始數(shù)據(jù)(Raw data)的過濾篩選和質(zhì)量評(píng)估,共構(gòu)建了五指山小型豬和長白豬的2個(gè)背最長肌miRNA文庫。從2個(gè)miRNA文庫中分別獲得21 178 739條和20 725 847條miRNA原始序列,去除低質(zhì)量Read后,分別獲得高質(zhì)量Clean reads 20 165 360條和19 565 284條,分別占總Read的95.22%和94.4%。能夠定位到豬基因組上的特異性Unique序列分別有420 645條和678 594條,分別達(dá)到59.47%和61.44%。由圖1可知,這些讀段序列長度大多數(shù)分布在20～23 nt,其中序列長度22 nt所占比例最大,與典型的miRNA長度分布相符。同時(shí)我們對(duì)已知miRNA 堿基偏向性進(jìn)行統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)五指山豬和長白豬背肌中18～26 nt miRNA首位堿基對(duì)U具有強(qiáng)烈的偏好性(圖2),與前人的研究結(jié)果相同[3]。2.2 已知的豬miRNA的鑒定和統(tǒng)計(jì)分析

首先,將測序所得的Clean reads與miRbase21.0中已知的豬miRNA前體序列進(jìn)行比對(duì),結(jié)果顯示,從2個(gè)文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,從五指山豬和長白豬中分別鑒定出312個(gè)和306個(gè)已知miRNA,其中有300個(gè)miRNA共表達(dá),這些miRNA分別能被定位到280個(gè)和277個(gè)已知的豬miRNA前體上。對(duì)于比對(duì)上的豬基因組但未注釋上任何RNA類型的Clean reads,結(jié)合miRNA的生物學(xué)特征,運(yùn)用Mireap 預(yù)測軟件對(duì)其進(jìn)行新miRNA預(yù)測分析,在五指山豬中發(fā)現(xiàn)了83個(gè)新miRNA,在長白豬中發(fā)現(xiàn)了88個(gè)新miRNA。對(duì)miRNA表達(dá)量進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后發(fā)現(xiàn), ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-26a、ssc-miR-10a等多個(gè)miRNA在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織中均高表達(dá)(圖3)。而作為肌肉特異性ssc-miR-133a-3p在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織樣品中表達(dá)量分別排在第14和20位。這些新發(fā)現(xiàn)的miRNA表達(dá)量都很低,RPKM>300的miRNA僅有2個(gè),分別為ssc-novel-miR-4和novel-miR-45。圖3 表達(dá)量前10的豬miRNA統(tǒng)計(jì)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3622504