為研究microRNA（miRNA）在五指山豬和長白豬肌肉生長發(fā)育中的差異和探究差異miRNA對骨骼肌發(fā)育轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的影響,以1月齡的五指山豬和長白豬背最長肌為材料,通過轉(zhuǎn)錄組測序和生物信息學(xué)分析篩選與骨骼肌發(fā)育相關(guān)的差異miRNA。結(jié)果顯示,從2個(gè)文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,五指山豬和長白豬分別鑒定出312個(gè)和306個(gè)已知miRNA,同時(shí)分別發(fā)現(xiàn)了83個(gè)和88個(gè)新的miRNA。獲得17個(gè)差異顯著的miRNA,其中16個(gè)miRNA表達(dá)上調(diào),1個(gè)miRNA表達(dá)下調(diào)。靶基因預(yù)測和生物學(xué)功能預(yù)測發(fā)現(xiàn)17個(gè)差異miRNA,共預(yù)測到535個(gè)靶基因,靶向作用于mTOR信號(hào)通路和肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控的ssc-miR-486,ssc-miR-204,ssc-miR-338和ssc-miR-885-3p 4個(gè)miRNA可能參與骨骼肌生長發(fā)育過程。 

【文章來源】：江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,36(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

表達(dá)量前10的豬miRNA統(tǒng)計(jì)

經(jīng)過對原始數(shù)據(jù)(Raw data)的過濾篩選和質(zhì)量評估,共構(gòu)建了五指山小型豬和長白豬的2個(gè)背最長肌miRNA文庫。從2個(gè)miRNA文庫中分別獲得21 178 739條和20 725 847條miRNA原始序列,去除低質(zhì)量Read后,分別獲得高質(zhì)量Clean reads 20 165 360條和19 565 284條,分別占總Read的95.22%和94.4%。能夠定位到豬基因組上的特異性Unique序列分別有420 645條和678 594條,分別達(dá)到59.47%和61.44%。由圖1可知,這些讀段序列長度大多數(shù)分布在20～23 nt,其中序列長度22 nt所占比例最大,與典型的miRNA長度分布相符。同時(shí)我們對已知miRNA 堿基偏向性進(jìn)行統(tǒng)計(jì),發(fā)現(xiàn)五指山豬和長白豬背肌中18～26 nt miRNA首位堿基對U具有強(qiáng)烈的偏好性(圖2),與前人的研究結(jié)果相同[3]。2.2 已知的豬miRNA的鑒定和統(tǒng)計(jì)分析

首先,將測序所得的Clean reads與miRbase21.0中已知的豬miRNA前體序列進(jìn)行比對,結(jié)果顯示,從2個(gè)文庫中共鑒定獲得318種己知的豬miRNA,從五指山豬和長白豬中分別鑒定出312個(gè)和306個(gè)已知miRNA,其中有300個(gè)miRNA共表達(dá),這些miRNA分別能被定位到280個(gè)和277個(gè)已知的豬miRNA前體上。對于比對上的豬基因組但未注釋上任何RNA類型的Clean reads,結(jié)合miRNA的生物學(xué)特征,運(yùn)用Mireap 預(yù)測軟件對其進(jìn)行新miRNA預(yù)測分析,在五指山豬中發(fā)現(xiàn)了83個(gè)新miRNA,在長白豬中發(fā)現(xiàn)了88個(gè)新miRNA。對miRNA表達(dá)量進(jìn)行統(tǒng)計(jì)后發(fā)現(xiàn), ssc-miR-206、ssc-miR-1、ssc-miR-let7家族、ssc-miR-26a、ssc-miR-10a等多個(gè)miRNA在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織中均高表達(dá)(圖3)。而作為肌肉特異性ssc-miR-133a-3p在1月齡五指山豬和長白豬背肌組織樣品中表達(dá)量分別排在第14和20位。這些新發(fā)現(xiàn)的miRNA表達(dá)量都很低,RPKM>300的miRNA僅有2個(gè),分別為ssc-novel-miR-4和novel-miR-45。圖3 表達(dá)量前10的豬miRNA統(tǒng)計(jì)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]桑樹NBS-LRR類基因家族的全基因組鑒定及其調(diào)控microRNAs分析[J]. 劉潮,褚洪龍,韓利紅,楊云錦,高永,唐利洲.  江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(03)
[2]p53基因3′UTR雙熒光素酶報(bào)告質(zhì)粒的構(gòu)建及其與miRNA-2127靶向關(guān)系的驗(yàn)證[J]. 張玉霞,袁小遠(yuǎn),王友令,孟凱.  山東農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(01)
[3]飼糧中添加共軛亞油酸對豬肌肉組織miRNA表達(dá)譜的影響[J]. 王琪,齊仁立,劉虹,王敬,黃金秀.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(09)
[4]植物抗逆和開花相關(guān)miRNA研究進(jìn)展及在絲瓜上的應(yīng)用[J]. 劉哲,許園園,婁麗娜,蘇小俊.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(16)
[5]miRNAs對骨骼肌調(diào)控的研究進(jìn)展[J]. 凌笑笑,唐朋,梁春年,吳曉云,褚敏,閻萍.  中國畜牧獸醫(yī). 2018(06)
[6]動(dòng)物肌肉生長發(fā)育相關(guān)microRNAs的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)制[J]. 王敬,王琪,黃金秀,齊仁立.  動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào). 2016(03)
[7]MicroRNAs在畜禽肌肉生長發(fā)育中的研究進(jìn)展[J]. 張春蘭,秦孜娟,紀(jì)志賓,王桂芝.  中國畜牧獸醫(yī). 2012(10)

博士論文
[1]豬骨骼肌miRNA轉(zhuǎn)錄組分析及miR-486功能的初步研究[D]. 郭曉萍.廣西大學(xué) 2015
[2]萊蕪豬和大白豬背最長肌miRNA與mRNA轉(zhuǎn)錄組測序及特征分析[D]. 陳偉.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014

碩士論文
[1]miR-204-5p對C2C12細(xì)胞成肌分化的影響[D]. 游路.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[2]豬肌肉生長相關(guān)microRNA-1a，133b和206a的表達(dá)分析[D]. 王睿琪.湖南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3622504