黑色素過(guò)度沉積是烏骨雞等少數(shù)品種具有的一種獨(dú)特性狀,其顯著特征就是在雞的組織和器官會(huì)有大量的黑色素沉積。已知黑色素過(guò)度沉積受到真皮黑色素抑制基因（ID）和纖維黑色素基因（FM）的共同作用,而且ID基因?qū)M基因有上位作用,只有隱性純合id+基因存在時(shí),Fm基因才會(huì)促使黑色素過(guò)度沉積。為了精確定位FM和ID基因,了解它們影響黑色素過(guò)度沉積的分子機(jī)理,本研究分別構(gòu)建了FM基因和ID基因特異的分離群體,并采用基因分型、連鎖分析、捕獲測(cè)序等方法對(duì)FM基因和1D基因進(jìn)行了精確定位,通過(guò)genome-walker PCR、real-time PCR技術(shù)對(duì)目標(biāo)區(qū)域的基因結(jié)構(gòu)以及候選基因的表達(dá)模式進(jìn)行了分析。對(duì)FM基因進(jìn)行定位,將連鎖區(qū)域定位于20號(hào)染色體9,400,989bp-11,758,733bp之間,共2,357,744bp的范圍。在該范圍內(nèi)存在兩個(gè)與FM關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)Gga_rs16172768、Gga_rs16172722。進(jìn)一步分析證明在具有黑色素過(guò)度沉積性狀的雞只中這兩個(gè)位點(diǎn)均為雜合型,因其不符合孟德?tīng)柗蛛x規(guī)律,提示我們這兩個(gè)SNP位點(diǎn)所在區(qū)域... 

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
目錄
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 雞膚色性狀研究進(jìn)展
        1.1.1 膚色性狀在育種中的應(yīng)用
        1.1.2 膚色的孟德?tīng)栠z傳研究
    1.2 烏骨雞的黑色素過(guò)度沉積性狀
        1.2.1 烏骨雞的種類
        1.2.2 烏骨雞的經(jīng)濟(jì)價(jià)值
        1.2.3 烏骨雞的黑色素過(guò)度沉積
    1.3 黑色素研究進(jìn)展
        1.3.1 成黑色素細(xì)胞的產(chǎn)生
        1.3.2 成黑色素細(xì)胞的遷移
        1.3.3 黑色素的合成及運(yùn)輸
        1.3.4 黑色素的特性和功能
    1.4 分子遺傳標(biāo)記的發(fā)展
    1.5 全基因組SNP關(guān)聯(lián)性研究(genome-wide association studies,GWAS)
    1.6 SNP基因分型技術(shù)
        1.6.1 焦磷酸測(cè)序法(Pyro-sequencing)
        1.6.2 飛行時(shí)間質(zhì)譜檢測(cè)法(Sequenom)
        1.6.3 目標(biāo)區(qū)域捕獲技術(shù)的應(yīng)用
        1.6.4 基因芯片法
    1.7 拷貝數(shù)變異的研究
        1.7.1 CNV的突變機(jī)理
        1.7.2 CNV的研究進(jìn)展
        1.7.3 CNV的研究方法
    1.8 本研究的目的和意義
第二章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)用常規(guī)試劑
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)試劑盒
        2.1.4 主要耗材
        2.1.5 主要儀器設(shè)備
        2.1.6 試劑的配制
        2.1.7 常規(guī)應(yīng)用軟件及網(wǎng)站
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 禽血DNA提取
        2.2.2 組織總RNA提取
        2.2.3 反轉(zhuǎn)錄
        2.2.4 常規(guī)PCR反應(yīng)
        2.2.5 長(zhǎng)片段PCR反應(yīng)
        2.2.6 Real-time熒光定量PCR反應(yīng)
        2.2.7 Genome Walker PCR反應(yīng)
        2.2.8 膠回收
        2.2.9 Pyrosequencing焦磷酸測(cè)序反應(yīng)
        2.2.10 Sequenom基因分型
        2.2.11 比較基因組雜交(aCGH)
        2.2.12 目標(biāo)基因區(qū)域片段捕獲流程
        2.2.13 數(shù)據(jù)分析
第三章 纖維黑色素基因(FM)的定位結(jié)果與分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)用FM資源家系
        3.1.1 資源家系皮膚顏色的性狀記錄
        3.1.2 基因分型的SNP標(biāo)記設(shè)計(jì)
        3.1.3 基因分型結(jié)果
    3.2 單倍型的構(gòu)建
    3.3 黑色素過(guò)度沉積性狀(FM)的全基因組分析的結(jié)果驗(yàn)證
    3.4 第二次基因分型
    3.5 aCGH分析
    3.6 Duplication-CNV的驗(yàn)證
    3.7 Duplication-CNV邊界的確定及驗(yàn)證
        3.7.1 Duplication-CNV邊界的確定
        3.7.2 Duplication-CNV邊界的驗(yàn)證
    3.8 Duplication-CNV內(nèi)基因表達(dá)量分析
    3.9 EDN3下游相關(guān)基因表達(dá)量分析
    3.10 目標(biāo)區(qū)域捕獲-重測(cè)序-20號(hào)染色體
        3.10.1 實(shí)驗(yàn)樣品
        3.10.2 捕獲區(qū)域的選擇
        3.10.3 捕獲數(shù)據(jù)的質(zhì)量分析
        3.10.4 20號(hào)染色體10,517,983-11,694,182bp的測(cè)序深度分析
        3.10.5 Dup-CNV-1區(qū)域內(nèi)SNP的分析
第四章 真皮黑色素抑制基因(1D)的定位結(jié)果與分析
    4.1 實(shí)驗(yàn)用ID資源家系
        4.1.1 ID資源家系腳脛?lì)伾男誀钣涗?br>        4.1.2 進(jìn)行基因分型的SNP標(biāo)記
        4.1.3 基因分型實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    4.2 SNP標(biāo)記與真皮黑色素抑制基因(ID)的連鎖分析
        4.2.1 CRIMAP軟件對(duì)ID基因的連鎖分析
        4.2.2 單倍型的構(gòu)建
    4.3 兩個(gè)零重組位點(diǎn)區(qū)域內(nèi)基因組比對(duì)
    4.4 候選基因分析
        4.4.1 候選基因信息注釋
        4.4.2 基因表達(dá)量分析
            4.4.2.1 成體腳脛皮膚各基因表達(dá)量的RT-PCR分析
            4.4.2.2 胚胎期各基因表達(dá)量的Real-time PCR分析
    4.5 目標(biāo)區(qū)域捕獲-重測(cè)序-Z染色體
        4.5.1 實(shí)驗(yàn)樣品
        4.5.2 捕獲區(qū)域的選擇
        4.5.3 烏骨雞、金湖烏鳳雞、固始雞特異的SNP篩選
第五章 討論
第六章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄1
附錄2
附錄3
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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本文編號(hào)：3600217