為探究miR-107在靜原雞肌肉組織肌苷酸特異性沉積過(guò)程中的調(diào)控機(jī)制,本研究利用相關(guān)生物信息學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靜原雞miR-107進(jìn)行了靶基因預(yù)測(cè)與生物信息學(xué)分析。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲取靜原雞miR-107序列,進(jìn)行序列比對(duì)和保守性分析;通過(guò)TargetScan、miRDB和PicTar預(yù)測(cè)結(jié)果的交集并結(jié)合miRTarbase中已證實(shí)的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具對(duì)基因集合進(jìn)行GO功能富集和信號(hào)通路富集分析,并討論HMED數(shù)據(jù)庫(kù)中miR-107在不同組織和疾病中的表達(dá)水平。結(jié)果顯示,miR-107序列在各物種間高度保守,miR-107調(diào)控的靶基因GO功能富集主要包括細(xì)胞過(guò)程、生物調(diào)節(jié)、代謝過(guò)程、刺激反應(yīng)等生物學(xué)過(guò)程和結(jié)合、催化活性、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)活性等分子功能;靶基因存在于細(xì)胞的多個(gè)組分中,包括細(xì)胞器、細(xì)胞膜、含蛋白質(zhì)復(fù)合物。信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路顯著富集于癌癥中的microRNAs途徑（microRNAs in cancer）、人乳頭瘤病毒感染（human papillomavirus infection）、癌癥中途徑（pathways in cancer）、PI3K-Akt信號(hào)通路... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)畜牧獸醫(yī). 2020,47(09)北大核心

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【部分圖文】：

miR-107在不同組織和疾病中的表達(dá)水平

表2 不同物種miR-107成熟序列一致性分析Table 2 Consistency analysis of miR-107 mature sequence in different species 名稱Names 成熟序列 Μaturesequences( 5 ′ → 3 ′ ) 片段長(zhǎng)度Fragment length/bp cfa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAU 21 bta-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUC 22 hsa-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ggo-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 ssc-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 xtr-miR-107 AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 rno-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mmu-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 mml-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23 gga-miR-107-3p AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA 23表3 miR-107的靶基因統(tǒng)計(jì)Table 3 Statistics of target genes of miR-107 來(lái)源Source 數(shù)目Number/個(gè) 靶基因Target genes TargetScan(T) 835 RNF38、PPP6R2、TRIAP1、MED26、NPAS3、ANO3、ARIH2等 miRDB(M) 821 DICER1、SCN8A、AGFG1、KIF21A、NPAS3、MED26、ANO3等 PicTar(P) 586 ARL2、DICER1、LUZP1、KIF1B、MAMSTR、BCL2L2、ZNRF2等 miRTarbase(R) 44 PLAG1、BACE1、CDK6、MYB、VEGFA、HIF1A、ARNT、CDCA4等 T∩P∩M 112 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、RAB1B、HIC2等 T∩P∩M∪R 147 COBLL1、BTG2、CNTNAP1、VAMP8、RNF38、HIC2、HERC2等

對(duì)miR-107的147個(gè)靶基因進(jìn)行GO功能富集分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在生物學(xué)過(guò)程層面,細(xì)胞過(guò)程富集基因最多,生物調(diào)節(jié)、生物過(guò)程調(diào)節(jié)和代謝過(guò)程次之;在分子功能層面,靶基因顯著富集的功能條目為結(jié)合,其次是催化活性;在細(xì)胞成分層面,靶基因顯著富集的功能條目有細(xì)胞組分、細(xì)胞、細(xì)胞器、細(xì)胞器組分等(P<0.05)(圖2)。2.4 miR-107靶基因KEGG富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]靜原雞ELOVL5基因遺傳多樣性研究[J]. 張娟,母童,趙平,陳佳萍,馮小芳,郭鵬,武澤文,劉麗元,蔣秋斐,顧亞玲.  浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(02)
[2]蛋白質(zhì)水平對(duì)牛肉肌苷酸含量的影響[J]. 徐英,李石友,李琦華,段剛,楊國(guó)榮,梁應(yīng)海.  西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2011(01)
[3]PI3K/Akt信號(hào)通路的調(diào)控與腫瘤血管生成[J]. 費(fèi)洪榮,王鳳澤.  生命的化學(xué). 2010(01)
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博士論文
[1]miR-378a-3p、miR-107和相關(guān)circRNA調(diào)控牛肌細(xì)胞發(fā)育的機(jī)制研究[D]. 魏雪鋒.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]雞肉肌苷酸和肌內(nèi)脂肪含量遺傳規(guī)律及相關(guān)候選基因的研究[D]. 陳繼蘭.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004
[3]雞肉肌苷酸沉積規(guī)律及營(yíng)養(yǎng)調(diào)控研究[D]. 王述柏.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2004

碩士論文
[1]PI3K/AKT信號(hào)通路在周期性張應(yīng)力誘導(dǎo)的成肌細(xì)胞凋亡中的作用及機(jī)制研究[D]. 王芳.青島大學(xué) 2017
[2]共軛亞油酸對(duì)榮昌豬肉質(zhì)相關(guān)基因及肌肉microRNAs表達(dá)的影響[D]. 吳泳江.西南大學(xué) 2017
[3]人類microRNA特異性表達(dá)分析方法與靶基因功能分析工具開(kāi)發(fā)[D]. 張憲桐.華中科技大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3563253