基于Illumina Hiseq 4000高通量測序技術(shù)篩選得到仔豬感染C型產(chǎn)氣莢膜梭菌耐受和易感組中顯著上調(diào)表達的miR-204。為研究miR-204在各組織中的表達,進一步篩選miR-204參與調(diào)控仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌感染的關(guān)鍵靶基因,采用實時熒光定量PCR方法檢測了miR-204在7日齡仔豬各組織中的表達,利用MEGA7.0軟件對其成熟體序列保守性進行分析,運用TargetScan、miRDB、PicTar軟件進行靶基因預(yù)測,并用DAVID軟件對靶基因進行Gene Ontology和KEGG Pathway通路富集分析,進一步采用qRT-PCR方法對篩選得到的關(guān)鍵靶基因在豬腸上皮細胞（IPEC-J2）中進行靶向關(guān)系驗證。結(jié)果表明,miR-204在7日齡仔豬腎臟、肝臟、胸腺、淋巴、十二指腸和回腸組織中均高度表達,其成熟體序列在脊椎動物間高度保守。3種軟件預(yù)測到的共同靶基因有114個,這些靶基因顯著（P<0.05）富集在15個GO功能和13個信號通路。結(jié)合前期得到的抗性基因,篩選到4個關(guān)鍵靶基因NR3C1、SIRT1、BCL2L2和DLG5,轉(zhuǎn)染miR-204 mimics后,... 

【文章來源】：浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2020,32(09)北大核心CSCD

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miR-204在各組織中的表達分析

表3 不同物種miR-204(5p)成熟體序列Table 3 Mature sequence of miR-204(5p) from multiple species 物種Species 名稱Name 登錄號Accession No. 序列(5′-3′) Sequence 人 Homo sapiens hsa-miR-204-5p MIMAT0000265 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 豬 Sus scrofa ssc-miR-204 MIMAT0002164 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大鼠 Rattus norvegicus rno-miR-204-5p MIMAT0000877 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 小鼠 Mus musculus mmu-miR-204-5p MIMAT0000237 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 牛 Bos tauru bta-miR-204 MIMAT0004338 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 獼猴 Macaca mulatta mml-miR-204-5p MIMAT0006235 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 大猩猩 Gorilla gorilla ggo-miR-204 MIMAT0002536 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 家兔 Oryctolagus cuniculus ocu-miR-204-5p MIMAT0048323 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 雞 Gallus gallus gga-miR-204 MIMAT0001156 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU 鴨嘴獸 Ornithorhynchus anatinus oan-miR-204-5p MIMAT0006841 UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU2.4 C型產(chǎn)氣莢膜梭菌抗性相關(guān)靶基因篩選

表4 靶基因GO功能富集Table 4 Enrichment analysis of target gene GO function GO名稱 GO功能 基因數(shù)目 P值 GO ID GO term Gene number P-value GO:0045893 轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控 Positive regulation of transcription 7 0.002 GO:0015031 蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運 Protein transport 4 0.005 GO:2001171 ATP生物合成過程的正調(diào)控Positive regulation of ATP biosynthetic process 2 0.013 GO:0032880 蛋白質(zhì)定位的調(diào)節(jié)Regulation of protein localization 3 0.016 GO:0032922 基因表達的節(jié)律調(diào)節(jié)Circadian regulation of gene expression 3 0.023 GO:0045944 RNA聚合酶Ⅱ啟動子轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控 8 0.026 Positive regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter GO:0045636 黑色素細胞分化的正調(diào)控Positive regulation of melanocyte differentiation 2 0.026 GO:0043517 DNA損傷反應(yīng)的正調(diào)控,p53類介體的信號轉(zhuǎn)導(dǎo) 2 0.033 Positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator GO:0030336 細胞遷移的負調(diào)控Negative regulation of cell migration 3 0.033 GO:0007264 小GTP酶介導(dǎo)的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)Small GTPase mediated signal transduction 5 0.033 GO:0006355 轉(zhuǎn)錄調(diào)控Regulation of transcription 7 0.039 GO:0005802 反式高爾基網(wǎng)絡(luò)trans-Golgi network 4 0.013 GO:0019003 GDP結(jié)合GDP binding 4 0.002 GO:0043565 序列特異性DNA結(jié)合Sequence-specific DNA binding 7 0.009 GO:0005525 GTP結(jié)合GTP binding 6 0.037圖4 靶蛋白功能分類

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]LncRNA和mRNA對仔豬C型產(chǎn)氣莢膜梭菌腹瀉抗性的調(diào)控機制研究[D]. 黃曉宇.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018



本文編號：3543369