利用RAD-seq簡化基因組測序鑒定金湖烏鳳雞與其它18個地方雞種、2個引入肉雞品種的SNP標記,計算遺傳統(tǒng)計量,分析金湖烏鳳雞的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),鑒定受選擇基因.結(jié)果表明,在金湖烏鳳雞中鑒定出SNP標記325 531個,SNP標記在染色體上均勻分布.金湖烏鳳雞的觀察雜合度H_o為0.213 6、核苷酸多樣度P_i為0.240 4,近交系數(shù)F_is為0.111 6,與其它18個地方雞種相比遺傳多樣性較為豐富;金湖烏鳳雞的平均遺傳分化系數(shù)F_st為0.155 6,平均基因流N_m為1.398 2,在系統(tǒng)發(fā)育樹中形成一個相對獨立的分支.通過F_st和θ_π檢驗,在金湖烏鳳雞中發(fā)現(xiàn)23個受選擇區(qū)域,包含104個受選擇基因,功能分析表明這些受選擇基因主要富集在代謝過程、發(fā)育過程、細胞信號轉(zhuǎn)導等生物學通路. 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學學報(自然科學版). 2020,49(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

金湖烏鳳雞及其它雞種的UPGMA聚類

結(jié)合核苷酸多樣度θπ比率和遺傳分化系數(shù)Fst的選擇信號分析發(fā)現(xiàn)23個染色體區(qū)域受到選擇,104個受選擇基因.功能分析結(jié)果表明,整體上,受選擇基因主要富集在代謝過程、發(fā)育過程、細胞信號傳導和刺激響應(yīng)等生物學通路(圖2).其中,與黑色素沉積(TFAP2C、GDNF、MC1R、EDN3、TBX1、GLI3、GNAQ、MEF2C)、輻射響應(yīng)(ERCC8、PRKAA1)、就巢行為(PRLR、CYP24A1、VIPR-1)、皮膚發(fā)育(THBS4、THAP1、DHCR24)及抗病力(PDE4D、NFATC2、TNFAIP8)相關(guān)的基因顯示出強烈選擇信號.3 討論

【參考文獻】：
期刊論文
[1]華東地區(qū)地方雞品種mtDNA控制區(qū)遺傳多樣性[J]. 賈曉旭,唐修君,樊艷鳳,陸俊賢,黃勝海,葛慶聯(lián),高玉時,韓威.  生物多樣性. 2017(05)
[2]應(yīng)用微衛(wèi)星標記對12個中國地方烏骨雞品種遺傳多樣性的研究[J]. 湯青萍,陳寬維,李慧芳,章雙杰,趙東偉.  畜牧獸醫(yī)學報. 2005(08)
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博士論文
[1]雞黑色素過度沉積性狀基因的定位與候選基因的表達分析研究[D]. 田明.中國農(nóng)業(yè)大學 2013



本文編號：3419233