安格斯牛下丘腦和垂體轉(zhuǎn)錄組學的分析及與繁殖性狀的相關(guān)驗證
發(fā)布時間：2021-09-19 02:36
畜禽的繁殖性能直接影響了后代品質(zhì)及經(jīng)濟效益,只有盡可能的發(fā)揮牛的繁殖潛力,加快牛群的繁殖速度,才能降低生產(chǎn)成本,發(fā)揮經(jīng)濟效益。因此,為了提高畜禽的繁殖性能,在此方面的研究一直沒有停下。關(guān)于性腺軸對繁殖行為的調(diào)控機理已經(jīng)有一定理解,但是尚不完全清楚哪個基因或哪些基因的相互作用影響了不同發(fā)育階段的繁殖性能差異。安格斯牛優(yōu)點眾多,生長迅速,泌乳力強,性成熟早,平均12-14月齡時達到性成熟,18月齡基本上可以進行初配,30月齡完成頭胎生產(chǎn)。目前由于安格斯牛優(yōu)質(zhì)的肉用性能和種用價值,受到養(yǎng)殖業(yè)者的熱烈追捧。因此,進一步提高對生殖調(diào)控網(wǎng)絡的認識,應用于安格斯牛的生產(chǎn)實踐,是提高繁殖力增加經(jīng)濟價值的重點。本課題挑選了6月齡、18月齡和30月齡的安格斯母牛按月齡分為3組,每組各3頭,組內(nèi)牛的生理狀態(tài)、體型體態(tài)相近。取垂體和下丘腦組織用于高通量測序,根據(jù)基因表達量系統(tǒng)挖掘影響安格斯牛繁殖性能的差異基因,為后續(xù)育種改良及重要候選基因的挖掘提供理論基礎(chǔ),也為安格斯牛生殖調(diào)控網(wǎng)絡的完善提供有效依據(jù)。經(jīng)過測序質(zhì)量控制,在18個樣品的轉(zhuǎn)錄組分析中,共獲得129.18Gb Clean Data,各樣品Clean ...
【文章來源】：吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：83 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
HISAT2比對流程表
20用BLAST軟件，將目的基因與STRING數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)進行序列比對，尋找同源蛋白，根據(jù)同源蛋白的互作關(guān)系對構(gòu)建互作網(wǎng)絡。構(gòu)建完成的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡可導入Cytoscape軟件進行可視化。1.3結(jié)果分析1.3.1CleanReads概述在18個樣品的轉(zhuǎn)錄組分析中，共獲得129.18GbCleanData，各樣品CleanData均達到6.30Gb，且Q30的堿基百分率均不小于94.19％,GC含量大于47.61％。比對效率指MappedReads占CleanReads的百分比，是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)利用率的最直接體現(xiàn)。比對效率除了受數(shù)據(jù)測序質(zhì)量影響外，還與指定的參考基因組組裝的優(yōu)劣、參考基因組與測序樣品的生物學分類關(guān)系遠近（亞種）有關(guān)。本試驗在保證參考基因組質(zhì)量的前提下，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組序列的比較，各樣品的CleanReads和參考基因組的比對效率在95.06％-96.53％（表1.3），表明所選參考基因組裝配符合信息分析需求。同時，對指定參考基因組不同區(qū)域（外顯子，內(nèi)含子和基因間區(qū)域）的MappedReads進行計數(shù)。理論上，來自成熟mRNA的Reads應比對到外顯子區(qū)，在這項研究中，有65％的讀段與該區(qū)域?qū)R；由于mRNA前體和可變剪切力的不變保留，18.4％的讀段與內(nèi)含子區(qū)域?qū)R，因為不完善的基因組注釋，有16.6％的讀段與基因間區(qū)域?qū)R（圖1.2）。圖1.2基因組不同區(qū)域Reads分布圖Fig1.2Distributionofreadsindifferentregionsofthegenome1.3.2SNP/Indel分析SNP/Indel網(wǎng)站信息見附錄注釋表A。在這里，根據(jù)堿基取代的不同方法，對每個樣品的SNP轉(zhuǎn)換和顛換進行計數(shù)。在各樣品中，大多數(shù)堿基取代均為堿基A和G之間的替換，
21且各樣品堿基轉(zhuǎn)換的可能性均超過70％，遠遠超過了顛換，同時，雜合SNP位點超過37.68％（表1.4）。18個樣品的SNP密度集中在每1000bp序列0-2個堿基取代處的基因均是最多的，且隨著SNP密度的增加，基因數(shù)量減少。此外，通過SNP/Indel注釋分析，我們發(fā)現(xiàn)每個樣品中都出現(xiàn)了一定程度的同義突變，這可能與蛋白質(zhì)功能的變化有關(guān)（圖1.3）。圖1.3SNP密度分布及注釋信息分布圖Fig1.3SNPdensitydistributionandannotationinformationdistribution
【參考文獻】：
期刊論文
[1]安格斯牛的選育[J]. 李付強,劉瑩瑩,張佰忠,羅新國,肖兵南. 中國畜禽種業(yè). 2009(04)
碩士論文
[1]引進安格斯牛在新疆北部地區(qū)的適應性觀察[D]. 王凱.石河子大學 2017
[2]安格斯牛主要卵巢疾病的調(diào)查、B超診斷及其中藥治療的研究[D]. 王海濱.石河子大學 2016
本文編號：3400837
【文章來源】：吉林大學吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：83 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
HISAT2比對流程表
20用BLAST軟件，將目的基因與STRING數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)進行序列比對，尋找同源蛋白，根據(jù)同源蛋白的互作關(guān)系對構(gòu)建互作網(wǎng)絡。構(gòu)建完成的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡可導入Cytoscape軟件進行可視化。1.3結(jié)果分析1.3.1CleanReads概述在18個樣品的轉(zhuǎn)錄組分析中，共獲得129.18GbCleanData，各樣品CleanData均達到6.30Gb，且Q30的堿基百分率均不小于94.19％,GC含量大于47.61％。比對效率指MappedReads占CleanReads的百分比，是轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)利用率的最直接體現(xiàn)。比對效率除了受數(shù)據(jù)測序質(zhì)量影響外，還與指定的參考基因組組裝的優(yōu)劣、參考基因組與測序樣品的生物學分類關(guān)系遠近（亞種）有關(guān)。本試驗在保證參考基因組質(zhì)量的前提下，轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和參考基因組序列的比較，各樣品的CleanReads和參考基因組的比對效率在95.06％-96.53％（表1.3），表明所選參考基因組裝配符合信息分析需求。同時，對指定參考基因組不同區(qū)域（外顯子，內(nèi)含子和基因間區(qū)域）的MappedReads進行計數(shù)。理論上，來自成熟mRNA的Reads應比對到外顯子區(qū)，在這項研究中，有65％的讀段與該區(qū)域?qū)R；由于mRNA前體和可變剪切力的不變保留，18.4％的讀段與內(nèi)含子區(qū)域?qū)R，因為不完善的基因組注釋，有16.6％的讀段與基因間區(qū)域?qū)R（圖1.2）。圖1.2基因組不同區(qū)域Reads分布圖Fig1.2Distributionofreadsindifferentregionsofthegenome1.3.2SNP/Indel分析SNP/Indel網(wǎng)站信息見附錄注釋表A。在這里，根據(jù)堿基取代的不同方法，對每個樣品的SNP轉(zhuǎn)換和顛換進行計數(shù)。在各樣品中，大多數(shù)堿基取代均為堿基A和G之間的替換，
21且各樣品堿基轉(zhuǎn)換的可能性均超過70％，遠遠超過了顛換，同時，雜合SNP位點超過37.68％（表1.4）。18個樣品的SNP密度集中在每1000bp序列0-2個堿基取代處的基因均是最多的，且隨著SNP密度的增加，基因數(shù)量減少。此外，通過SNP/Indel注釋分析，我們發(fā)現(xiàn)每個樣品中都出現(xiàn)了一定程度的同義突變，這可能與蛋白質(zhì)功能的變化有關(guān)（圖1.3）。圖1.3SNP密度分布及注釋信息分布圖Fig1.3SNPdensitydistributionandannotationinformationdistribution
【參考文獻】：
期刊論文
[1]安格斯牛的選育[J]. 李付強,劉瑩瑩,張佰忠,羅新國,肖兵南. 中國畜禽種業(yè). 2009(04)
碩士論文
[1]引進安格斯牛在新疆北部地區(qū)的適應性觀察[D]. 王凱.石河子大學 2017
[2]安格斯牛主要卵巢疾病的調(diào)查、B超診斷及其中藥治療的研究[D]. 王海濱.石河子大學 2016
本文編號：3400837
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