腸炎沙門氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是常見的人畜共患病原菌,能夠侵染家禽消化道,引起消化系統(tǒng)急性炎癥甚至發(fā)病致死,亦可引起人類感染,造成人食物中毒,嚴(yán)重影響家禽業(yè)的健康發(fā)展,同時對人類健康帶來嚴(yán)重威脅。提高雞對腸炎沙門氏菌感染的遺傳抗性,是提高家禽健康養(yǎng)殖水平、降低食源性病原菌對公共衛(wèi)生的危害的有效途徑。轉(zhuǎn)錄調(diào)控是雞對腸炎沙門氏菌感染的重要調(diào)控方式。測序技術(shù)的發(fā)展使得我們能夠從組學(xué)水平研究雞對腸炎沙門氏菌感染的調(diào)控機(jī)制。目前已有多個關(guān)于雞對腸炎沙門氏菌感染的轉(zhuǎn)錄組調(diào)控的報告,然而從轉(zhuǎn)錄到蛋白表達(dá)是一個復(fù)雜的過程,對于雞感染沙門氏菌引起的轉(zhuǎn)錄水平和蛋白組水平變化的差異了解甚少。本研究采用轉(zhuǎn)錄組測序和iTRAQ蛋白定量分析技術(shù)揭示濟(jì)寧百日雞在轉(zhuǎn)錄和蛋白水平對腸炎沙門菌感染的表達(dá)調(diào)控機(jī)制。結(jié)果顯示:（1）轉(zhuǎn)錄組測序共獲得49.27G原始數(shù)據(jù)。與參考基因組比對后,共得到16190個基因,篩選到365個顯著差異表達(dá)基因（Fold Change>2,P<0.05）,其中上調(diào)基因200個,下調(diào)基因165個。差異表達(dá)基因共顯著富集到28個生物過程（P<0... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

iTRAQ工作流程

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文2.2 差異表達(dá)基因的鑒定我們將鑒定到的基因根據(jù)其表達(dá)量進(jìn)行 Log2 轉(zhuǎn)換，得到鑒定基因表達(dá)量分布圖。通過 RNA-seq 共鑒定到 16190 個基因，通過篩選，共得到顯著差異表達(dá)基因（Fold change ≥ 2，P＜ 0.05），其中包括上調(diào)基因 200 個，下調(diào)基因 165 個（圖

GO(Gene Ontology)是用來對基因的功能進(jìn)行分類的國際標(biāo)準(zhǔn)分類體系。GO 主要包括主要三部分，即：分子功能(Molecular function)；生物過程(Biological process)；細(xì)胞組成(Cellular component)。本試驗6個樣品的差異基因GO注釋分類結(jié)果見圖4。在GO-BP中差異表達(dá)基因顯著富集的生物學(xué)過程主要有炎癥反應(yīng)、免疫反應(yīng)、炎癥反應(yīng)調(diào)節(jié)、toll樣受體 6 信號通路、氧化損傷過程、谷胱甘肽代謝過程等免疫過程和部分代謝過程。GO-CC 中主要富集到的細(xì)胞組分是鈉通道復(fù)合物、外泌體、細(xì)胞外空間等組分；在GO-MF 中富集到的分子功能主要是 GTP 酶活性、受體活性等。其中生物過程中主要富集在免疫相關(guān)過程（圖 4）。圖 4 差異表達(dá)基因 GO 功能富集圖Figure.4 The enriched Gene Ontology (GO) terms of differentially expressed genes3.2.5 差異表達(dá)基因顯著功能富集KEGG 通路富集分析能準(zhǔn)確的將單個基因富集在某個代謝途徑中的某一個確切的位置節(jié)點上。我們通過 DAVID 對差異表達(dá)基因進(jìn)行 KEGG 通路富集分析。結(jié)果表明共富集到 6 條通路，主要富集在藥物代謝-細(xì)胞色素 P450、細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體互作及Jak-STAT 信號通路等通路上（圖 5）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]禽副傷寒的診斷和防治[J]. 薛強(qiáng).  畜牧獸醫(yī)科技信息. 2017(08)
[2]食源性沙門氏菌的研究進(jìn)展[J]. 楊懷珍,牟亞,羅薇.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2016(07)
[3]禽沙門氏菌病防控策略及其疫苗研究概述[J]. 王真,成杰,沈思,宋俊遼,魯琳.  北京農(nóng)學(xué)院學(xué)報. 2015(02)
[4]敲除Meq基因的重組雞馬立克氏病毒與CVI988/Rispens疫苗株免疫保護(hù)效力的比較[J]. 段倫濤,蘇帥,王一新,李思菲,孫鵬,陳文青,崔治中.  微生物學(xué)報. 2014(11)
[5]轉(zhuǎn)錄組與RNA-Seq技術(shù)[J]. 張春蘭,秦孜娟,王桂芝,紀(jì)志賓,王建民.  生物技術(shù)通報. 2012(12)
[6]奶牛乳鐵蛋白基因PCR-RFLP與隱性乳房炎的相關(guān)性分析[J]. 趙長紅,何高明,王彥亮,張兆霞.  畜禽業(yè). 2008(12)
[7]基因芯片與高通量DNA測序技術(shù)前景分析[J]. 滕曉坤,肖華勝.  中國科學(xué)（C輯:生命科學(xué)）. 2008(10)
[8]歐洲家禽沙門氏菌病的流行現(xiàn)狀及其控制[J]. 本刊編輯部.  中國家禽. 2007(11)
[9]同位素標(biāo)記相對和絕對定量技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 羅治文,朱樑,謝謂芬.  中國生物工程雜志. 2006(10)
[10]樹突狀細(xì)胞在沙門氏菌感染獲得性免疫中的作用[J]. 潘志明,黃金林.  國外醫(yī)學(xué)(免疫學(xué)分冊). 2005(06)

碩士論文
[1]雌雄雞胚性腺RNA測序分析[D]. 何川.上海交通大學(xué) 2011



本文編號：3397164