腸炎沙門氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是常見的人畜共患病原菌,能夠侵染家禽消化道,引起消化系統(tǒng)急性炎癥甚至發(fā)病致死,亦可引起人類感染,造成人食物中毒,嚴重影響家禽業(yè)的健康發(fā)展,同時對人類健康帶來嚴重威脅。提高雞對腸炎沙門氏菌感染的遺傳抗性,是提高家禽健康養(yǎng)殖水平、降低食源性病原菌對公共衛(wèi)生的危害的有效途徑。轉(zhuǎn)錄調(diào)控是雞對腸炎沙門氏菌感染的重要調(diào)控方式。測序技術的發(fā)展使得我們能夠從組學水平研究雞對腸炎沙門氏菌感染的調(diào)控機制。目前已有多個關于雞對腸炎沙門氏菌感染的轉(zhuǎn)錄組調(diào)控的報告,然而從轉(zhuǎn)錄到蛋白表達是一個復雜的過程,對于雞感染沙門氏菌引起的轉(zhuǎn)錄水平和蛋白組水平變化的差異了解甚少。本研究采用轉(zhuǎn)錄組測序和iTRAQ蛋白定量分析技術揭示濟寧百日雞在轉(zhuǎn)錄和蛋白水平對腸炎沙門菌感染的表達調(diào)控機制。結(jié)果顯示:（1）轉(zhuǎn)錄組測序共獲得49.27G原始數(shù)據(jù)。與參考基因組比對后,共得到16190個基因,篩選到365個顯著差異表達基因（Fold Change>2,P<0.05）,其中上調(diào)基因200個,下調(diào)基因165個。差異表達基因共顯著富集到28個生物過程（P<0... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學山東省

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

iTRAQ工作流程

山東農(nóng)業(yè)大學碩士學位論文2.2 差異表達基因的鑒定我們將鑒定到的基因根據(jù)其表達量進行 Log2 轉(zhuǎn)換，得到鑒定基因表達量分布圖。通過 RNA-seq 共鑒定到 16190 個基因，通過篩選，共得到顯著差異表達基因（Fold change ≥ 2，P＜ 0.05），其中包括上調(diào)基因 200 個，下調(diào)基因 165 個（圖

GO(Gene Ontology)是用來對基因的功能進行分類的國際標準分類體系。GO 主要包括主要三部分，即：分子功能(Molecular function)；生物過程(Biological process)；細胞組成(Cellular component)。本試驗6個樣品的差異基因GO注釋分類結(jié)果見圖4。在GO-BP中差異表達基因顯著富集的生物學過程主要有炎癥反應、免疫反應、炎癥反應調(diào)節(jié)、toll樣受體 6 信號通路、氧化損傷過程、谷胱甘肽代謝過程等免疫過程和部分代謝過程。GO-CC 中主要富集到的細胞組分是鈉通道復合物、外泌體、細胞外空間等組分；在GO-MF 中富集到的分子功能主要是 GTP 酶活性、受體活性等。其中生物過程中主要富集在免疫相關過程（圖 4）。圖 4 差異表達基因 GO 功能富集圖Figure.4 The enriched Gene Ontology (GO) terms of differentially expressed genes3.2.5 差異表達基因顯著功能富集KEGG 通路富集分析能準確的將單個基因富集在某個代謝途徑中的某一個確切的位置節(jié)點上。我們通過 DAVID 對差異表達基因進行 KEGG 通路富集分析。結(jié)果表明共富集到 6 條通路，主要富集在藥物代謝-細胞色素 P450、細胞因子-細胞因子受體互作及Jak-STAT 信號通路等通路上（圖 5）

【參考文獻】：
期刊論文
[1]禽副傷寒的診斷和防治[J]. 薛強.  畜牧獸醫(yī)科技信息. 2017(08)
[2]食源性沙門氏菌的研究進展[J]. 楊懷珍,牟亞,羅薇.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2016(07)
[3]禽沙門氏菌病防控策略及其疫苗研究概述[J]. 王真,成杰,沈思,宋俊遼,魯琳.  北京農(nóng)學院學報. 2015(02)
[4]敲除Meq基因的重組雞馬立克氏病毒與CVI988/Rispens疫苗株免疫保護效力的比較[J]. 段倫濤,蘇帥,王一新,李思菲,孫鵬,陳文青,崔治中.  微生物學報. 2014(11)
[5]轉(zhuǎn)錄組與RNA-Seq技術[J]. 張春蘭,秦孜娟,王桂芝,紀志賓,王建民.  生物技術通報. 2012(12)
[6]奶牛乳鐵蛋白基因PCR-RFLP與隱性乳房炎的相關性分析[J]. 趙長紅,何高明,王彥亮,張兆霞.  畜禽業(yè). 2008(12)
[7]基因芯片與高通量DNA測序技術前景分析[J]. 滕曉坤,肖華勝.  中國科學（C輯:生命科學）. 2008(10)
[8]歐洲家禽沙門氏菌病的流行現(xiàn)狀及其控制[J]. 本刊編輯部.  中國家禽. 2007(11)
[9]同位素標記相對和絕對定量技術研究進展[J]. 羅治文,朱樑,謝謂芬.  中國生物工程雜志. 2006(10)
[10]樹突狀細胞在沙門氏菌感染獲得性免疫中的作用[J]. 潘志明,黃金林.  國外醫(yī)學(免疫學分冊). 2005(06)

碩士論文
[1]雌雄雞胚性腺RNA測序分析[D]. 何川.上海交通大學 2011



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