發(fā)布時(shí)間：2021-08-21 00:22

　　腸炎沙門氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是一種常見的人畜共患病原菌,不僅能夠引起畜禽的腸胃炎疾病或致死,也對(duì)人類的健康造成嚴(yán)重威脅,給養(yǎng)禽業(yè)和社會(huì)造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失和危害。家禽對(duì)腸炎沙門氏菌感染抗性受基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,第二代測(cè)序技術(shù)的高通量、快速、低成本特點(diǎn)加快了轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究進(jìn)展。本研究擬通過高通量測(cè)序技術(shù)分析腸炎沙門氏菌感染濟(jì)寧百日雞后不同時(shí)間盲腸組織的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。利用腸炎沙門氏菌感染2日齡沙門氏菌陰性濟(jì)寧百日雞,感染后第1、3、7、14天采集試驗(yàn)組和對(duì)照組盲腸組織樣品,提取RNA,利用第二代測(cè)序技術(shù)進(jìn)行測(cè)序,通過生物信息學(xué)分析鑒定不同時(shí)間點(diǎn)轉(zhuǎn)錄組變化、信號(hào)通路和功能。結(jié)果顯示:（1）對(duì)測(cè)序原始數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾,24個(gè)樣品中獲得189.7Gb數(shù)據(jù),平均每個(gè)樣品為7.9Gb。對(duì)試驗(yàn)組與對(duì)照組進(jìn)行差異表達(dá)基因的分析,感染后第1天（1dpi）共529個(gè)基因的表達(dá)顯著差異（P<0.05、|log2 fold change|>1）,其中上調(diào)基因258個(gè),下調(diào)基因271個(gè);3dpi時(shí)顯著差異表達(dá)基因數(shù)目最多,共1477個(gè),其中上調(diào)基因782個(gè),下調(diào)基因695個(gè);... 

【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：77 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因的數(shù)量和關(guān)系

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文27圖2四個(gè)時(shí)間點(diǎn)差異表達(dá)基因KEGG富集結(jié)果Figure.2EnrichedKEGGpathwaysofdifferentiallyexpressedgenesatfourtimepoints

腸炎沙門氏菌感染后不同時(shí)間點(diǎn)雞盲腸組織轉(zhuǎn)錄組分析283.4.2GO富集分析將每個(gè)時(shí)間點(diǎn)顯著上調(diào)和顯著下調(diào)的差異基因分開，之后分別進(jìn)行GO分析，有助于了解機(jī)體在該時(shí)間點(diǎn)的具體表達(dá)情況，也有助于動(dòng)態(tài)比較不同時(shí)間的轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)變化。在1dpi時(shí)上調(diào)的差異表達(dá)基因顯著富集于陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)（aniontransport）、有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)（organicaniontransport）、離子轉(zhuǎn)運(yùn)（iontransport）、轉(zhuǎn)運(yùn)體（symporter）、活性離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)活性（activeiontransmembranetransporteractivity）、羧酸跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)活性（carboxylicacidtransmembranetransporteractivity）等terms（圖3）。圖31dpi上調(diào)基因顯著富集的GOtermFigure.3TheenrichedGOtermofup-regulategenesat1dpi1dpi的下調(diào)基因顯著富集于多細(xì)胞組織過程（multicellularorganismalprocess）、離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)（iontransmembranetransport）、細(xì)胞投射（cellprojection）、肌節(jié)（sarcomera）等。還有7個(gè)通道活性相關(guān)term如離子通道活性（ionchannelactivity）、陽(yáng)離子通道活性（cationchannelactivity）、門通道活性（gatechannelactivity）等（圖4）。


本文編號(hào)：3354502