腸炎沙門氏菌（Salmonella enteritidis,SE）是一種常見的人畜共患病原菌,不僅能夠引起畜禽的腸胃炎疾病或致死,也對人類的健康造成嚴(yán)重威脅,給養(yǎng)禽業(yè)和社會造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟損失和危害。家禽對腸炎沙門氏菌感染抗性受基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,第二代測序技術(shù)的高通量、快速、低成本特點加快了轉(zhuǎn)錄調(diào)控的研究進展。本研究擬通過高通量測序技術(shù)分析腸炎沙門氏菌感染濟寧百日雞后不同時間盲腸組織的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。利用腸炎沙門氏菌感染2日齡沙門氏菌陰性濟寧百日雞,感染后第1、3、7、14天采集試驗組和對照組盲腸組織樣品,提取RNA,利用第二代測序技術(shù)進行測序,通過生物信息學(xué)分析鑒定不同時間點轉(zhuǎn)錄組變化、信號通路和功能。結(jié)果顯示:（1）對測序原始數(shù)據(jù)進行過濾,24個樣品中獲得189.7Gb數(shù)據(jù),平均每個樣品為7.9Gb。對試驗組與對照組進行差異表達基因的分析,感染后第1天（1dpi）共529個基因的表達顯著差異（P<0.05、|log2 fold change|>1）,其中上調(diào)基因258個,下調(diào)基因271個;3dpi時顯著差異表達基因數(shù)目最多,共1477個,其中上調(diào)基因782個,下調(diào)基因695個;... 

【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

差異表達基因的數(shù)量和關(guān)系

山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文27圖2四個時間點差異表達基因KEGG富集結(jié)果Figure.2EnrichedKEGGpathwaysofdifferentiallyexpressedgenesatfourtimepoints

腸炎沙門氏菌感染后不同時間點雞盲腸組織轉(zhuǎn)錄組分析283.4.2GO富集分析將每個時間點顯著上調(diào)和顯著下調(diào)的差異基因分開，之后分別進行GO分析，有助于了解機體在該時間點的具體表達情況，也有助于動態(tài)比較不同時間的轉(zhuǎn)錄組的表達變化。在1dpi時上調(diào)的差異表達基因顯著富集于陰離子轉(zhuǎn)運（aniontransport）、有機陰離子轉(zhuǎn)運（organicaniontransport）、離子轉(zhuǎn)運（iontransport）、轉(zhuǎn)運體（symporter）、活性離子跨膜轉(zhuǎn)運活性（activeiontransmembranetransporteractivity）、羧酸跨膜轉(zhuǎn)運活性（carboxylicacidtransmembranetransporteractivity）等terms（圖3）。圖31dpi上調(diào)基因顯著富集的GOtermFigure.3TheenrichedGOtermofup-regulategenesat1dpi1dpi的下調(diào)基因顯著富集于多細胞組織過程（multicellularorganismalprocess）、離子跨膜轉(zhuǎn)運（iontransmembranetransport）、細胞投射（cellprojection）、肌節(jié)（sarcomera）等。還有7個通道活性相關(guān)term如離子通道活性（ionchannelactivity）、陽離子通道活性（cationchannelactivity）、門通道活性（gatechannelactivity）等（圖4）。


本文編號：3354502