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貴州地方黃牛IGF-1基因多態(tài)性及生物信息學(xué)分析

發(fā)布時間:2021-06-09 17:23
  為分析黃牛IGF-1基因多態(tài)性,篩選出對貴州本地黃牛生長性狀有顯著影響的SNPs位點,本研究以貴州關(guān)嶺牛、思南牛、威寧牛和黎平牛為試驗對象,構(gòu)建DNA混池,PCR擴(kuò)增IGF-1基因所有外顯子及部分內(nèi)含子,采用直接測序法檢測IGF-1基因多態(tài)性,利用生物信息學(xué)軟件對IGF-1基因進(jìn)行分析。結(jié)果表明:在貴州4個地方牛群體種中,共篩選出3個SNPS,分別為Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A屬于同義突變。其中2個SNPS (Intron2-A5123G, Intron3-C56464A)為4個牛種所共有,而Exon3-G56419A突變僅存在黎平牛中。生物信息學(xué)分析表明,牛IGF-1編碼蛋白為分泌蛋白,含有信號肽序列,相對分子質(zhì)量為16 937.68,理論等電點為9.36,且突變前后IGF-1基因m RNA二級結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,自由能升高,穩(wěn)定性降低。研究結(jié)果顯示,4個牛種IGF-1基因具有較高的遺傳多樣性,可為貴州地方牛種的保種選育提供參考。 

【文章來源】:基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】:7 頁

【部分圖文】:

貴州地方黃牛IGF-1基因多態(tài)性及生物信息學(xué)分析


廣西三黃雞mt DNA網(wǎng)絡(luò)中介圖譜

血液,基因組DNA,測序,基因


IGF-1基因第1、第2、第3和第4外顯子及部分內(nèi)含子經(jīng)PCR擴(kuò)增后分別獲得目的片段長度為777 bp、432 bp、463 bp、245 bp(圖2),每個目的片段明亮且無雜帶,無明顯拖尾,特異性較好,故可用作下一步測序。1.3 IGF-1基因PCR產(chǎn)物測序

序列,位點,基因,測序


利用ExPASy服務(wù)器(http://us.expasy.org/tools protparam.html)對牛IGF-1蛋白的理化性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測分析(表2)。結(jié)果顯示:牛IGF-1蛋白由153個氨基酸組成,相對分子質(zhì)量為16 937.68 Da,理論等電點為9.36,其中Asp(D)、Ala(A)、Arg(R)、Leu(L)、Lys(K)和Ser(S)這6種氨基酸的數(shù)量相對其它氨基酸所占比例較高,各數(shù)量均超過10,而Asn(N)、His(H)、Ile(I)相對數(shù)量較低,數(shù)量均為5以下,Trp(W)不在牛IGF-1蛋白序列中。圖4 IGF-1基因Exon3-G56419A位點突變前后m RNA二級結(jié)構(gòu)的變化

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號:3221002

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