貴州地方黃牛IGF-1基因多態(tài)性及生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間：2021-06-09 17:23
為分析黃牛IGF-1基因多態(tài)性,篩選出對貴州本地黃牛生長性狀有顯著影響的SNPs位點,本研究以貴州關(guān)嶺牛、思南牛、威寧牛和黎平牛為試驗對象,構(gòu)建DNA混池,PCR擴(kuò)增IGF-1基因所有外顯子及部分內(nèi)含子,采用直接測序法檢測IGF-1基因多態(tài)性,利用生物信息學(xué)軟件對IGF-1基因進(jìn)行分析。結(jié)果表明:在貴州4個地方牛群體種中,共篩選出3個SNPS,分別為Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A屬于同義突變。其中2個SNPS （Intron2-A5123G, Intron3-C56464A）為4個牛種所共有,而Exon3-G56419A突變僅存在黎平牛中。生物信息學(xué)分析表明,牛IGF-1編碼蛋白為分泌蛋白,含有信號肽序列,相對分子質(zhì)量為16 937.68,理論等電點為9.36,且突變前后IGF-1基因m RNA二級結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,自由能升高,穩(wěn)定性降低。研究結(jié)果顯示,4個牛種IGF-1基因具有較高的遺傳多樣性,可為貴州地方牛種的保種選育提供參考。
【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：7 頁
【部分圖文】：
廣西三黃雞mt DNA網(wǎng)絡(luò)中介圖譜
IGF-1基因第1、第2、第3和第4外顯子及部分內(nèi)含子經(jīng)PCR擴(kuò)增后分別獲得目的片段長度為777 bp、432 bp、463 bp、245 bp(圖2)，每個目的片段明亮且無雜帶，無明顯拖尾，特異性較好，故可用作下一步測序。1.3 IGF-1基因PCR產(chǎn)物測序
利用ExPASy服務(wù)器(http://us.expasy.org/tools protparam.html)對牛IGF-1蛋白的理化性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測分析(表2)。結(jié)果顯示：牛IGF-1蛋白由153個氨基酸組成，相對分子質(zhì)量為16 937.68 Da，理論等電點為9.36，其中Asp(D)、Ala(A)、Arg(R)、Leu(L)、Lys(K)和Ser(S)這6種氨基酸的數(shù)量相對其它氨基酸所占比例較高，各數(shù)量均超過10，而Asn(N)、His(H)、Ile(I)相對數(shù)量較低，數(shù)量均為5以下，Trp(W)不在牛IGF-1蛋白序列中。圖4 IGF-1基因Exon3-G56419A位點突變前后m RNA二級結(jié)構(gòu)的變化
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]關(guān)嶺牛的開發(fā)利用現(xiàn)狀與產(chǎn)業(yè)化發(fā)展的對策與建議[J]. 黃永震,文逸凡,馮明祥,鄒勇,張桂民,逯倩倩,徐嘉威,陳宏,雷初朝. 中國牛業(yè)科學(xué). 2017(06)
[2]DNA條形碼技術(shù)鑒定中國地方雞品種的重新評估[J]. 黃勛和,陳潔波,何丹林,張細(xì)權(quán),鐘福生. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(13)
[3]廣西烏雞線粒體DNA D-loop區(qū)序列遺傳多樣性分析[J]. 廖玉英,莫國東,黃英飛,黃麗,覃仕善,秦麗梅,文信旺,吳亮,韋鳳英. 中國家禽. 2015(13)
[4]廣西東蘭烏雞的遺傳多樣性分析[J]. 莫國東,黃英飛,廖玉英,韋鳳英. 南方農(nóng)業(yè)學(xué)報. 2015(04)
[5]黎平黃牛遺傳資源的特點及開發(fā)利用[J]. 劉鏡,何光中,楊紅文,焦仁剛. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2013(11)
[6]中國地方雞種DNA分子水平遺傳多樣性的研究進(jìn)展[J]. 黎小青,李春風(fēng),初曉輝,徐志強(qiáng),陳小波,賈俊靜. 中國畜牧獸醫(yī). 2012(03)
[7]胰島素樣生長因子IGF-1的研究進(jìn)展[J]. 邢海權(quán),閆夢菲. 畜禽業(yè). 2011(08)
[8]廣西三黃雞群體遺傳多樣性研究[J]. 竇新紅,韋鳳英,黃雄,李慧芳,陳智武,束婧婷,全海,陳寬維. 中國家禽. 2011(15)
[9]內(nèi)含子及其在基因表達(dá)中的作用[J]. 欒薇. 云南農(nóng)業(yè)科技. 2008(S3)
[10]IGF-1對大鼠坐骨神經(jīng)再生早期的影響[J]. 李光振,朱剛,陳菁,馮華,王憲榮. 第三軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報. 2008(11)
博士論文
[1]五個不同地區(qū)牦牛部分生產(chǎn)性能候選基因多態(tài)性的研究[D]. 潘和平.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[2]牛生長發(fā)育性狀候選基因的分子標(biāo)記研究[D]. 高雪.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2004
碩士論文
[1]中國特有小型豬IGFs基因的SNP分析及其在相關(guān)組織中表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 郎松.吉林大學(xué) 2011
本文編號：3221002
【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：7 頁
【部分圖文】：
廣西三黃雞mt DNA網(wǎng)絡(luò)中介圖譜
IGF-1基因第1、第2、第3和第4外顯子及部分內(nèi)含子經(jīng)PCR擴(kuò)增后分別獲得目的片段長度為777 bp、432 bp、463 bp、245 bp(圖2)，每個目的片段明亮且無雜帶，無明顯拖尾，特異性較好，故可用作下一步測序。1.3 IGF-1基因PCR產(chǎn)物測序
利用ExPASy服務(wù)器(http://us.expasy.org/tools protparam.html)對牛IGF-1蛋白的理化性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測分析(表2)。結(jié)果顯示：牛IGF-1蛋白由153個氨基酸組成，相對分子質(zhì)量為16 937.68 Da，理論等電點為9.36，其中Asp(D)、Ala(A)、Arg(R)、Leu(L)、Lys(K)和Ser(S)這6種氨基酸的數(shù)量相對其它氨基酸所占比例較高，各數(shù)量均超過10，而Asn(N)、His(H)、Ile(I)相對數(shù)量較低，數(shù)量均為5以下，Trp(W)不在牛IGF-1蛋白序列中。圖4 IGF-1基因Exon3-G56419A位點突變前后m RNA二級結(jié)構(gòu)的變化
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期刊論文
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[8]廣西三黃雞群體遺傳多樣性研究[J]. 竇新紅,韋鳳英,黃雄,李慧芳,陳智武,束婧婷,全海,陳寬維. 中國家禽. 2011(15)
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博士論文
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[2]牛生長發(fā)育性狀候選基因的分子標(biāo)記研究[D]. 高雪.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2004
碩士論文
[1]中國特有小型豬IGFs基因的SNP分析及其在相關(guān)組織中表達(dá)規(guī)律的研究[D]. 郎松.吉林大學(xué) 2011
本文編號：3221002
本文鏈接：http://sikaile.net/yixuelunwen/dongwuyixue/3221002.html
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