家豬的馴化歷史悠久,是人類文明的重要組成部分。研究其馴化歷史和分子演化需要綜合利用分子生物學(xué)和種群遺傳學(xué)手段來分析現(xiàn)代和古代豬DNA。線粒體DNA作為經(jīng)典的群體遺傳學(xué)研究工具,對于揭示家豬的馴化起源具有重要意義。然而,公共數(shù)據(jù)庫上現(xiàn)有的豬線粒體序列存在序列短、全序列少、野豬樣品稀缺等問題,妨礙了我們對豬馴化前后母系遺傳結(jié)構(gòu)、多樣性以及分子演化速率的深入了解。此外,由于目前豬古DNA提取、高通量測序和應(yīng)用依然處于初級摸索階段,阻礙了我們對早期馴化歷史的探尋。本研究結(jié)合PCR擴增測序、二代高通量測序及芯片捕獲測序等方法,對東西方豬的遺傳結(jié)構(gòu)、核苷酸多態(tài)性和選擇效率進行了有效評估,得到的結(jié)果如下:（1）與傳統(tǒng)的PCR擴增和測序拼接的方式來獲得全線粒體序列相比,利用二代高通量測序數(shù)據(jù)從頭組裝線粒體基因組更為省時省力,便于高效挖掘野豬和家豬的母系遺傳信息。（2）系統(tǒng)發(fā)育分析顯示,歐亞家豬和野豬存在明顯的母系遺傳結(jié)構(gòu)分化,相對于歐洲豬,亞洲豬的馴化歷史更加復(fù)雜。同時,我們也檢測到了一小部分個體存在母系滲入的現(xiàn)象（約5%）,后續(xù)研究中需要警惕這類個體對分析結(jié)果產(chǎn)生的影響。（3）歐亞家豬在馴化后的線粒... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１本研宂的技術(shù)路線??Ｆｉｇ．２－１?Ｔｈｅ?ｓｃｈｅｍｅ?ｏｆ?ｔｈｉｓ?ｓｔｕｄｙ??

尾兩端約５０ｂｐ測序峰圖雜亂外，其余部分的測序峰圖高而單一，結(jié)果真實可信）。??我們將每個個體的正反向測序結(jié)果（７０條序列）導(dǎo)入ＧｅｎｅｉｏｕｓＲＩＯ軟件中與豬??線粒體參考基因組序列比對進行全線粒體拼接。如圖３－１中所示，測序不一致的位??點根據(jù)峰值和出現(xiàn)次數(shù)手動校準以獲得一致的線粒體序列并注釋，其長度與參考基??因組長度一致

線粒體具有能量代謝的重要功能，線粒體基因組上可能會累積不同水平的功能??突變（適應(yīng)性或者有害的），我們先用ＤｎａＳＰ計算了四個群體每個編碼基因上同義??突變和非同義突變的數(shù)目，統(tǒng)計結(jié)果如圖３－５所示，藍色代表同義突變，紅色代表??非同義突變，數(shù)值代表突變數(shù)量。從圖３－５中可以看出，野豬（ＡＷ、ＥＷ）比家豬??（ＡＤ、ＥＤ）擁有更多的突變（同義突變和非同義突變），野豬（ＡＷ、ＥＷ）與家豬??（ＡＤ、ＥＤ）在ＮＤ２、ＣＯＸ１、ＮＤ４、ＮＤ５以及ＣＹＴＢ等編碼基因上的突變數(shù)量具??有明顯差異，這些基因可能具有更加重要的功能。對圖３－５中的非同義突變和非同??義突變數(shù)目進行計算發(fā)現(xiàn)，野豬（ＡＷ、ＥＷ）的同義遺傳多樣性（ｉｔ?ｓ）是家豬（ＡＤ、??２１??

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3220959