ETS轉(zhuǎn)錄因子家族在動(dòng)物中廣泛存在,參與細(xì)胞分化調(diào)控、細(xì)胞周期控制、細(xì)胞調(diào)亡等多個(gè)生物學(xué)過(guò)程。文章采用生物信息學(xué)方法系統(tǒng)分析豬ETS家族成員進(jìn)化關(guān)系和調(diào)控圖譜,結(jié)合RNA-Seq數(shù)據(jù)分析其組織表達(dá)規(guī)律。研究利用Pfam鑒定ETS保守結(jié)構(gòu)域序列檢索豬（Sus scrofa）蛋白序列,最終在豬基因組上鑒定得到23個(gè)ETS家族基因。分析ETS家族基因、蛋白一級(jí)結(jié)構(gòu)和高級(jí)結(jié)構(gòu)及亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)�；谧畲笏迫环�,構(gòu)建ETS家族系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)發(fā)現(xiàn),可分為11個(gè)子家族,子家族成員保守結(jié)構(gòu)域、基因結(jié)構(gòu)、理化性質(zhì)相似。通過(guò)生信分析構(gòu)建由ETS家族、靶基因和miRNA構(gòu)成的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),篩選出40個(gè)"ETS家族基因-miRNA-靶基因"前饋回路。轉(zhuǎn)錄表達(dá)譜提示ETS家族基因在成年公豬和母豬28種不同類型組織中均有表達(dá),且ETS1基因在免疫組織（淋巴、脾臟）和外周血單核細(xì)胞中高表達(dá),SPIC基因在免疫組織（淋巴、脾臟）高表達(dá)。研究結(jié)果為揭示ETS家族成員生物學(xué)功能奠定基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,51(05)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：12 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 ETS基因家族鑒定及特征分析
    1.2 ETS家族基因結(jié)構(gòu)與亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)分析
    1.3 系統(tǒng)進(jìn)化分析
    1.4 ETS家族參與“轉(zhuǎn)錄因子-miRNA-靶基因”前饋回路預(yù)測(cè)
    1.5 ETS家族成員在豬不同組織中表達(dá)特征分析
    1.6 功能富集分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 ETS基因家族鑒定及特征分析
    2.2 ETS基因家族蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)分析
    2.3 ETS基因家族系統(tǒng)進(jìn)化分析
    2.4 ETS家族參與基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
    2.5 ETS基因家族成員在豬不同組織中表達(dá)特征分析
    2.6 ETS基因家族功能富集注釋分析
3 討論與結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]番茄YABBY基因家族的生物信息學(xué)分析[J]. 陳秀玲,劉思源,孫婷,劉智琛,陶金寶,趙迎新,王傲雪.  東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2017(10)
[2]大豆MIR156基因家族起源與進(jìn)化模式研究[J]. 朱榮勝,金會(huì)會(huì),王志豪,陳慶山.  東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2016(02)
[3]番茄PPR基因家族的鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 丁安明,李凌,屈旭,孫亭亭,陳雅瓊,宗鵬,李尊強(qiáng),龔達(dá)平,孫玉合.  遺傳. 2014(01)



本文編號(hào)：3190055