發(fā)布時間：2021-05-16 16:52

　　ETS轉錄因子家族在動物中廣泛存在,參與細胞分化調(diào)控、細胞周期控制、細胞調(diào)亡等多個生物學過程。文章采用生物信息學方法系統(tǒng)分析豬ETS家族成員進化關系和調(diào)控圖譜,結合RNA-Seq數(shù)據(jù)分析其組織表達規(guī)律。研究利用Pfam鑒定ETS保守結構域序列檢索豬（Sus scrofa）蛋白序列,最終在豬基因組上鑒定得到23個ETS家族基因。分析ETS家族基因、蛋白一級結構和高級結構及亞細胞定位預測�；谧畲笏迫环�,構建ETS家族系統(tǒng)發(fā)育樹發(fā)現(xiàn),可分為11個子家族,子家族成員保守結構域、基因結構、理化性質(zhì)相似。通過生信分析構建由ETS家族、靶基因和miRNA構成的基因調(diào)控網(wǎng)絡,篩選出40個"ETS家族基因-miRNA-靶基因"前饋回路。轉錄表達譜提示ETS家族基因在成年公豬和母豬28種不同類型組織中均有表達,且ETS1基因在免疫組織（淋巴、脾臟）和外周血單核細胞中高表達,SPIC基因在免疫組織（淋巴、脾臟）高表達。研究結果為揭示ETS家族成員生物學功能奠定基礎。 

【文章來源】：東北農(nóng)業(yè)大學學報. 2020,51(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：12 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 ETS基因家族鑒定及特征分析
    1.2 ETS家族基因結構與亞細胞定位預測分析
    1.3 系統(tǒng)進化分析
    1.4 ETS家族參與“轉錄因子-miRNA-靶基因”前饋回路預測
    1.5 ETS家族成員在豬不同組織中表達特征分析
    1.6 功能富集分析
2 結果與分析
    2.1 ETS基因家族鑒定及特征分析
    2.2 ETS基因家族蛋白質(zhì)結構與亞細胞定位預測分析
    2.3 ETS基因家族系統(tǒng)進化分析
    2.4 ETS家族參與基因調(diào)控網(wǎng)絡分析
    2.5 ETS基因家族成員在豬不同組織中表達特征分析
    2.6 ETS基因家族功能富集注釋分析
3 討論與結論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]番茄YABBY基因家族的生物信息學分析[J]. 陳秀玲,劉思源,孫婷,劉智琛,陶金寶,趙迎新,王傲雪.  東北農(nóng)業(yè)大學學報. 2017(10)
[2]大豆MIR156基因家族起源與進化模式研究[J]. 朱榮勝,金會會,王志豪,陳慶山.  東北農(nóng)業(yè)大學學報. 2016(02)
[3]番茄PPR基因家族的鑒定與生物信息學分析[J]. 丁安明,李凌,屈旭,孫亭亭,陳雅瓊,宗鵬,李尊強,龔達平,孫玉合.  遺傳. 2014(01)



本文編號：3190055