發(fā)布時間：2021-05-08 08:58

　　新城疫（Newcastle disease）是由新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）引起的一種嚴重危害養(yǎng)禽業(yè)的病毒性傳染病,臨床癥狀以高熱、呼吸困難、下痢、神經(jīng)紊亂、黏膜及漿膜出血等為特征,死亡率高,傳染性強。該病自1926年發(fā)現(xiàn)以來,已經(jīng)在全球范圍內(nèi)暴發(fā)4次大流行,給養(yǎng)禽業(yè)帶來了巨大的經(jīng)濟損失。由于NDV存在基因型多、變異快及免疫易失敗等原因,使得傳統(tǒng)疫苗保護力不足,不能有效地控制NDV的感染,因此迫切需要探索新的防治策略。microRNA（miRNA）及基因轉(zhuǎn)錄在病毒感染宿主的過程中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用,研究NDV感染后miRNAs和mRNAs表達譜,有利于闡明NDV感染與宿主之間的相互作用,為尋找新的防控靶點和方法提供新的思路和策略。本課題主要研究內(nèi)容和結(jié)果如下:1.雞胚感染NDV后內(nèi)臟組織miRNAs表達譜測序及分析通過small RNA測序技術(shù)獲得NDV強毒株（F48E9）和弱毒株（La Sota）感染的雞胚內(nèi)臟組織miRNAs表達譜。對差異表達的miRNAs進行篩選,發(fā)現(xiàn)F48E9感染引起了33個miRNAs上調(diào),31個miRNAs下調(diào);La... 

【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：139 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 新城疫病毒的研究進展
        1.1.1 NDV的分類及病原學(xué)
        1.1.2 NDV的分子生物學(xué)特征
    1.2 高通量測序技術(shù)在NDV感染中的應(yīng)用
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測序
        1.2.2 microRNA
        1.2.3 高通量測序技術(shù)在NDV感染中的研究進展
    1.3 本研究的目的與意義
第二章 雞胚感染NDV后內(nèi)臟組織miRNAs表達譜測序及分析
    2.1 材料
        2.1.1 SPF雞胚、細胞與病毒
        2.1.2 主要試劑
        2.1.3 主要儀器及常用試劑配制
    2.2 方法
        2.2.1 NDV感染試驗及測序樣品準備
        2.2.2 小RNA測序
        2.2.3 數(shù)據(jù)處理及分析
        2.2.4 測序結(jié)果驗證
        2.2.5 質(zhì)粒構(gòu)建及細胞轉(zhuǎn)染
        2.2.6 NDV感染細胞及病毒滴度測定
        2.2.7 Westernblot
        2.2.8 雙熒光素酶報告基因檢測
        2.2.9 Real-timequantitativePCR檢測目的基因表達
        2.2.10 統(tǒng)計學(xué)分析
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 NDV的感染
        2.3.2 SmallRNA測序結(jié)果概述
        2.3.3 miRNAs差異分析及RT-qPCR結(jié)果驗證
        2.3.4 差異表達miRNAs靶基因的預(yù)測及生物信息學(xué)分析
        2.3.5 差異表達基因gga-miR-375對NDV復(fù)制的影響
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
第三章 雞胚感染NDV后內(nèi)臟組織轉(zhuǎn)錄組測序分析及抗病毒基因篩選
    3.1 材料
        3.1.1 SPF雞、雞胚、細胞與病毒
        3.1.2 主要試劑
        3.1.3 主要儀器及常用試劑配制
    3.2 方法
        3.2.1 NDV感染試驗及測序樣品準備
        3.2.2 轉(zhuǎn)錄組測序
        3.2.3 數(shù)據(jù)處理及分析
        3.2.4 測序結(jié)果驗證
        3.2.5 基因擴增、質(zhì)粒構(gòu)建及細胞轉(zhuǎn)染
        3.2.6 IFI35序列分析
        3.2.7 組織表達譜檢測
        3.2.8 NDV感染細胞及病毒滴度測定
        3.2.9 Westernblot
        3.2.10 間接免疫熒光
        3.2.11 統(tǒng)計學(xué)分析
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 NDV的感染與樣品收集
        3.3.2 轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果概述
        3.3.3 mRNAs差異分析及RT-qPCR結(jié)果驗證
        3.3.4 差異表達基因生物信息學(xué)分析
        3.3.5 宿主免疫應(yīng)答NDV感染相關(guān)差異表達基因篩選
        3.3.6 NDV逃逸宿主免疫反應(yīng)差異表達基因篩選
        3.3.7 差異表達基因IFI35對NDV復(fù)制的影響
    3.4 討論
    3.5 小結(jié)
第四章 miRNAs-mRNAs關(guān)聯(lián)分析及抗病毒基因篩選
    4.1 材料
        4.1.1 SPF雞胚、細胞與病毒
        4.1.2 主要試劑
        4.1.3 主要儀器及常用試劑的配制
    4.2 方法
        4.2.1 miRNAs-mRNAs關(guān)聯(lián)分析
        4.2.2 靶基因生物信息學(xué)分析
        4.2.3 質(zhì)粒構(gòu)建及細胞轉(zhuǎn)染
        4.2.4 NDV感染細胞及病毒滴度測定
        4.2.5 Westernblot
        4.2.6 雙熒光素酶報告基因檢測
        4.2.7 Real-timequantitativePCR檢測目的基因表達
        4.2.8 rAd-miR-203a感染雞胚實驗
        4.2.9 統(tǒng)計學(xué)分析
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 NDV感染共同差異表達miRNAs的篩選
        4.3.2 NDV感染共同差異表達mRNAs的篩選
        4.3.3 miRNAs-mRNAs關(guān)聯(lián)分析
        4.3.4 gga-miR-203a與TGM2相關(guān)性研究
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
第五章 病毒基因轉(zhuǎn)錄高通量測序研究
    5.1 材料
        5.1.1 SPF雞胚、細胞與病毒
        5.1.2 主要試劑
        5.1.3 主要儀器及常用試劑的配制
    5.2 方法
        5.2.1 轉(zhuǎn)錄組病毒P/V/W轉(zhuǎn)錄分析
        5.2.2 樣品收集及測序樣品準備
        5.2.3 高通量測序及序列分析
    5.3 結(jié)果
        5.3.1 轉(zhuǎn)錄組測序P/V/W頻率變化分析
        5.3.2 P基因編輯頻率研究
    5.4 討論
    5.5 小結(jié)
全文總結(jié)
本研究創(chuàng)新點
參考文獻
附錄1 主要儀器及常見試劑配方
附錄2 小RNA測序數(shù)據(jù)分析方法
附錄3 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)分析方法
附錄4 數(shù)據(jù)補充材料
主要縮略詞及中英文對照表
致謝
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
[1]基于新一代高通量測序的環(huán)境微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進展[J]. 蔡元鋒,賈仲君.  生物多樣性. 2013(04)
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[3]雞胚在生物醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用[J]. 王永,李力,李濤,段勇剛.  中國組織工程研究. 2012(11)
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[5]轉(zhuǎn)錄組平臺技術(shù)及其在代謝工程中的應(yīng)用[J]. 史碩博,陳濤,趙學(xué)明.  生物工程學(xué)報. 2010(09)
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[7]雞胚模型在生物研究中的應(yīng)用進展[J]. 王恒,殷慧群,章孝榮.  生命科學(xué). 2009(02)
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博士論文
[1]PHEV感染小鼠大腦皮質(zhì)mRNA和microRNA表達譜變化及其誘導(dǎo)細胞凋亡機制的研究[D]. 蘭云剛.吉林大學(xué) 2014
[2]不同宿主來源新城疫病毒全基因組特征及其V蛋白對DF-1細胞IFN-β生成的影響[D]. 陳勝利.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[3]新城疫病毒VG/GA毒株反向遺傳系統(tǒng)的建立及最佳外源基因表達位置的確定[D]. 趙偉.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2013
[4]基于高通量RNA測序的大鼠轉(zhuǎn)錄組注釋研究[D]. 趙琛.華東師范大學(xué) 2013

碩士論文
[1]基于RNA-Seq數(shù)據(jù)的基因預(yù)測和長非編碼DNA鑒定的分析方法[D]. 李麗萍.浙江大學(xué) 2014



本文編號：3175050