本研究通過RNA-seq技術(shù)對3個長白山野雜豬與3個東北民豬背最長肌樣本進(jìn)行了mRNA測序和差異分析,從而為篩選長白山野雜豬肉質(zhì)性狀功能基因奠定基礎(chǔ)。結(jié)果顯示:在長白山野雜豬與東北民豬中均有100%以上的序列能完全比對到豬的基因組上,而所轉(zhuǎn)錄的基因占總基因的比例在3頭長白山野雜豬中平均為59.67%,3頭東北民豬為58.73%,而在不同個體間SNP位點數(shù)為14 299～19 671;在2個品種豬背最長肌中共表達(dá)基因有15 842個,僅在長白山野雜豬中表達(dá)的基因有619個,僅在東北民豬中表達(dá)的基因有710個;在2個品種豬背最長肌中共獲得顯著差異表達(dá)的基因153個,其中在長白山野雜豬中上調(diào)表達(dá)的基因有55個,下調(diào)表達(dá)的基因有98個;GO分析顯示,153個差異表達(dá)基因被注釋到33條GO條目中,其中11條被注釋到生物學(xué)過程中,11條被注釋到細(xì)胞組分,11條被注釋到分子功能;KEGG分析顯示,這些差異表達(dá)基因被富集到130條通路中,其中主要與脂肪代謝相關(guān)的信號通路有關(guān)。結(jié)果表明,長白山野雜豬與東北民豬背最長肌中mRNA表達(dá)存在差異,這些差異表達(dá)基因?qū)⑹菍硌芯?個品種豬間肉質(zhì)差異的主要靶標(biāo)之一。 

【文章來源】：中國畜牧雜志. 2020,56(09)北大核心

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 實驗材料
        1.1.1 實驗動物
        1.1.2 采樣
        1.1.3 試劑
    1.2 背最長肌總RNA的提取
    1.3 mRNA的高通量測序
        1.3.1 cDNA文庫的構(gòu)建
        1.3.2 cDNA文庫的RNA-seq測序與質(zhì)量控制
        1.3.3 測序序列比對分析與表達(dá)水平確定
        1.3.4 差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本的鑒定
        1.3.5 GO和KEGG富集分析
    1.4 數(shù)據(jù)分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 原始序列數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
    2.2 測序序列比對
    2.3 轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平分析
    2.4 差異表達(dá)基因分析
    2.5 差異表達(dá)基因的GO分析
    2.6 差異基因的KEGG分析
3 討論
4 結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3174052