豬博卡病毒的全基因組序列分析及檢測方法建立
發(fā)布時(shí)間:2021-04-28 06:21
豬博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)屬于細(xì)小病毒科、細(xì)小病毒亞科、博卡病毒屬。該病毒是引起豬群腹瀉、呼吸系統(tǒng)疾病以及斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征(PMWS)的重要病原。該病毒自2009年被檢出以后,已相繼在世界各國報(bào)道。近年來,PBoV在我國的感染率日益升高,且常與其他病原混合感染,增加了疫病防控的難度。PBoV分不同的基因型,并且各基因型毒株在豬群中流行情況不一,給養(yǎng)豬業(yè)造成了一定的經(jīng)濟(jì)損失。因此,了解PBoV河北地區(qū)流行毒株的基因組結(jié)構(gòu)、基因型特征,并建立相應(yīng)的檢測方法對疾病的流行病學(xué)調(diào)查、準(zhǔn)確診斷、預(yù)防及動(dòng)態(tài)監(jiān)控具有重大意義。本研究從河北省一嚴(yán)重腹瀉病發(fā)病豬場檢測到PBoV,將其命名為PBoV/CH/HB/HD/2017株,并對該病毒展開了一系列研究:(1)為了解PBoV/CH/HB/HD/2017株的基因組結(jié)構(gòu)及特點(diǎn),本研究對該毒株進(jìn)行了全基因組序列擴(kuò)增,并分別進(jìn)行了同源性分析及進(jìn)化樹分析。研究結(jié)果表明,PBoV/CH/HB/HD/2017株與25條參考株之間的核苷酸同源性為40.5%–99.4%,并且與中國毒株Bocavirus pig/SX/China/2...
【文章來源】:河北農(nóng)業(yè)大學(xué)河北省
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
1 引言
1.1 豬博卡病毒概述
1.1.1 豬博卡病毒形態(tài)特性及基因組結(jié)構(gòu)
1.1.2 豬博卡病毒的分型研究
1.1.3 豬博卡病毒在國內(nèi)外的流行病學(xué)研究
1.1.4 豬博卡病毒的培養(yǎng)特性
1.1.5 豬博卡病毒發(fā)病特點(diǎn)及致病機(jī)制分析
1.2 豬博卡病毒實(shí)驗(yàn)室診斷技術(shù)
1.2.1 普通PCR診斷技術(shù)
1.2.2 熒光定量PCR診斷技術(shù)
1.2.3 間接免疫熒光診斷技術(shù)
1.2.4 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增診斷技術(shù)
1.2.5 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)診斷技術(shù)
1.2.6 其他診斷技術(shù)
1.3 研究的目的及意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 陽性材料、血清樣本及組織樣本
2.1.2 試驗(yàn)所用試劑
2.1.3 試驗(yàn)所用溶液
2.1.4 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 豬博卡病毒全基因組序列擴(kuò)增及分析
2.2.2 豬博卡病毒NP1 重組表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建
2.2.3 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)、純化及鑒定
2.2.4 基于pET-NP1 重組蛋白的豬博卡病毒間接ELISA診斷方法建立
2.2.5 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
2.2.6 豬博卡病毒和豬圓環(huán)2 型病毒雙重?zé)晒舛縋CR檢測方法的建立
3 結(jié)果
3.1 豬博卡病毒全基因序列擴(kuò)增及分析
3.1.1 豬博卡病毒PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.1.2 豬博卡病毒全基因組序列的拼接及結(jié)構(gòu)分析
3.1.3 豬博卡病毒全基因組序列分析
3.2 豬博卡病毒NP1 重組表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建結(jié)果
3.2.1 豬博卡病毒NP1 表達(dá)基因的PCR擴(kuò)增
3.2.2 重組表達(dá)質(zhì)粒的酶切鑒定鑒定結(jié)果
3.3 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)、純化及鑒定結(jié)果
3.3.1 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)結(jié)果
3.3.2 重組pET-NP1 蛋白純化結(jié)果
3.3.3 重組pET-NP1 蛋白Western-blotting鑒定
3.4 豬博卡病毒重組pET-NP1 蛋白間接ELISA診斷方法建立
3.4.1 間接ELISA最佳抗原包被濃度及最優(yōu)血清稀釋倍數(shù)
3.4.2 最優(yōu)封閉液的確定
3.4.3 最適包被條件的確定
3.4.4 最佳酶標(biāo)抗體濃度的確定
3.4.5 ELISA臨界值的確定
3.4.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.4.7 特異性試驗(yàn)
3.4.8 臨床樣品的檢測
3.5 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
3.5.1 PBoV和 PEDV質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的制備
3.5.2 反應(yīng)體系和反應(yīng)條件的優(yōu)化
3.5.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
3.5.4 特異性試驗(yàn)
3.5.5 敏感性試驗(yàn)
3.5.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.5.7 臨床樣品檢測
3.6 豬博卡病毒和豬圓環(huán)病毒2 型雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
3.5.1 PBoV和 PCV2 質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的制備
3.5.2 反應(yīng)體系和反應(yīng)條件的優(yōu)化
3.5.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
3.5.4 特異性試驗(yàn)
3.5.5 敏感性試驗(yàn)
3.5.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.5.7 臨床樣品檢測
4 討論
4.1 豬博卡病毒全基因組序列擴(kuò)增
4.2 豬博卡病毒重組pET-NP1 蛋白間接ELISA診斷方法建立
4.3 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒熒光定量PCR檢測方法的建立
4.4 豬博卡病毒和豬圓環(huán)病毒2 型熒光定量PCR檢測方法的建立
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
作者簡介
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豬流行性腹瀉病毒和豬博卡病毒3/4/5型雙重PCR檢測方法的建立[J]. 韓昊瑩,張鴻鑫,徐朋麗,喬涵,張宇,楊興武,陳紅英. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(03)
[2]豬博卡病毒病原學(xué)和檢測方法研究進(jìn)展[J]. 汪洋,李玲,李真,李峰. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2017(04)
[3]豬博卡病毒PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用[J]. 周宇,李春萍,朱事康,宋斯偉,徐鵬,陳燕忠,欒維民. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(09)
[4]豬博卡病毒1型/2型PCR檢測方法的建立[J]. 付朋飛,李夢奇,喬涵,楊興武,張宇,徐朋麗,韓昊瑩,張鴻鑫,陳紅英. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(07)
[5]豬博卡病毒3/4/5型PCR檢測方法的建立及應(yīng)用[J]. 付朋飛,楊興武,喬涵,潘鑫龍,郭曉慶,張宇,郭珍珍,陳紅英. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(06)
[6]四川規(guī);i場腹瀉仔豬病毒性腹瀉病原的分子檢測[J]. 蔡雨函,周遠(yuǎn)成,艾能,李碧,潘夢. 豬業(yè)科學(xué). 2016(02)
[7]豬博卡病毒病原學(xué)及其檢測技術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 李達(dá),韋國渠,湯德元,李春燕,曾智勇,郝飛,劉建,王洪光. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(11)
[8]豬博卡病毒NP1基因特異性的PCR方法建立及應(yīng)用[J]. 葉星宇,聶奎,聶福平. 西南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(05)
[9]豬博卡病毒NP1基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[J]. 鄭英帥,左奕,柴瑞影,戚妍,李雅楠,袁萬哲,孫繼國. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(03)
[10]豬博卡病毒5型SYBR GreenⅠ實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測方法的建立[J]. 陳鵬強(qiáng),胡崇偉,陳秋勇,林群群,修金生. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2015(02)
博士論文
[1]豬博卡病毒類病毒顆粒的表達(dá)以及在流行病學(xué)方面的應(yīng)用[D]. 張文靜.山東大學(xué) 2016
碩士論文
[1]豬丁型冠狀病毒檢測方法的建立及初步應(yīng)用[D]. 羅尚星.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]豬丁型冠狀病毒HB-BD株分離鑒定及生物學(xué)特性研究[D]. 劉寶京.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[3]豬博卡病毒間接ELISA方法的建立及與PCV2共感染對細(xì)胞的影響[D]. 張晶.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]豬博卡病毒VP2蛋白的原核表達(dá)與間接ELISA檢測方法的建立及應(yīng)用[D]. 蔡高峰.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[5]豬博卡病毒間接ELISA診斷方法的建立[D]. 鄭英帥.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
本文編號(hào):3164974
【文章來源】:河北農(nóng)業(yè)大學(xué)河北省
【文章頁數(shù)】:63 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
abstract
1 引言
1.1 豬博卡病毒概述
1.1.1 豬博卡病毒形態(tài)特性及基因組結(jié)構(gòu)
1.1.2 豬博卡病毒的分型研究
1.1.3 豬博卡病毒在國內(nèi)外的流行病學(xué)研究
1.1.4 豬博卡病毒的培養(yǎng)特性
1.1.5 豬博卡病毒發(fā)病特點(diǎn)及致病機(jī)制分析
1.2 豬博卡病毒實(shí)驗(yàn)室診斷技術(shù)
1.2.1 普通PCR診斷技術(shù)
1.2.2 熒光定量PCR診斷技術(shù)
1.2.3 間接免疫熒光診斷技術(shù)
1.2.4 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增診斷技術(shù)
1.2.5 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)診斷技術(shù)
1.2.6 其他診斷技術(shù)
1.3 研究的目的及意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 陽性材料、血清樣本及組織樣本
2.1.2 試驗(yàn)所用試劑
2.1.3 試驗(yàn)所用溶液
2.1.4 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 豬博卡病毒全基因組序列擴(kuò)增及分析
2.2.2 豬博卡病毒NP1 重組表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建
2.2.3 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)、純化及鑒定
2.2.4 基于pET-NP1 重組蛋白的豬博卡病毒間接ELISA診斷方法建立
2.2.5 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
2.2.6 豬博卡病毒和豬圓環(huán)2 型病毒雙重?zé)晒舛縋CR檢測方法的建立
3 結(jié)果
3.1 豬博卡病毒全基因序列擴(kuò)增及分析
3.1.1 豬博卡病毒PCR擴(kuò)增結(jié)果
3.1.2 豬博卡病毒全基因組序列的拼接及結(jié)構(gòu)分析
3.1.3 豬博卡病毒全基因組序列分析
3.2 豬博卡病毒NP1 重組表達(dá)質(zhì)粒構(gòu)建結(jié)果
3.2.1 豬博卡病毒NP1 表達(dá)基因的PCR擴(kuò)增
3.2.2 重組表達(dá)質(zhì)粒的酶切鑒定鑒定結(jié)果
3.3 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)、純化及鑒定結(jié)果
3.3.1 重組表達(dá)質(zhì)粒pET-NP1 的蛋白表達(dá)結(jié)果
3.3.2 重組pET-NP1 蛋白純化結(jié)果
3.3.3 重組pET-NP1 蛋白Western-blotting鑒定
3.4 豬博卡病毒重組pET-NP1 蛋白間接ELISA診斷方法建立
3.4.1 間接ELISA最佳抗原包被濃度及最優(yōu)血清稀釋倍數(shù)
3.4.2 最優(yōu)封閉液的確定
3.4.3 最適包被條件的確定
3.4.4 最佳酶標(biāo)抗體濃度的確定
3.4.5 ELISA臨界值的確定
3.4.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.4.7 特異性試驗(yàn)
3.4.8 臨床樣品的檢測
3.5 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
3.5.1 PBoV和 PEDV質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的制備
3.5.2 反應(yīng)體系和反應(yīng)條件的優(yōu)化
3.5.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
3.5.4 特異性試驗(yàn)
3.5.5 敏感性試驗(yàn)
3.5.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.5.7 臨床樣品檢測
3.6 豬博卡病毒和豬圓環(huán)病毒2 型雙重?zé)晒舛縋CR方法的建立
3.5.1 PBoV和 PCV2 質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的制備
3.5.2 反應(yīng)體系和反應(yīng)條件的優(yōu)化
3.5.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
3.5.4 特異性試驗(yàn)
3.5.5 敏感性試驗(yàn)
3.5.6 重復(fù)性試驗(yàn)
3.5.7 臨床樣品檢測
4 討論
4.1 豬博卡病毒全基因組序列擴(kuò)增
4.2 豬博卡病毒重組pET-NP1 蛋白間接ELISA診斷方法建立
4.3 豬博卡病毒和豬流行性腹瀉病毒熒光定量PCR檢測方法的建立
4.4 豬博卡病毒和豬圓環(huán)病毒2 型熒光定量PCR檢測方法的建立
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
作者簡介
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]豬流行性腹瀉病毒和豬博卡病毒3/4/5型雙重PCR檢測方法的建立[J]. 韓昊瑩,張鴻鑫,徐朋麗,喬涵,張宇,楊興武,陳紅英. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(03)
[2]豬博卡病毒病原學(xué)和檢測方法研究進(jìn)展[J]. 汪洋,李玲,李真,李峰. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2017(04)
[3]豬博卡病毒PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用[J]. 周宇,李春萍,朱事康,宋斯偉,徐鵬,陳燕忠,欒維民. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(09)
[4]豬博卡病毒1型/2型PCR檢測方法的建立[J]. 付朋飛,李夢奇,喬涵,楊興武,張宇,徐朋麗,韓昊瑩,張鴻鑫,陳紅英. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(07)
[5]豬博卡病毒3/4/5型PCR檢測方法的建立及應(yīng)用[J]. 付朋飛,楊興武,喬涵,潘鑫龍,郭曉慶,張宇,郭珍珍,陳紅英. 中國獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(06)
[6]四川規(guī);i場腹瀉仔豬病毒性腹瀉病原的分子檢測[J]. 蔡雨函,周遠(yuǎn)成,艾能,李碧,潘夢. 豬業(yè)科學(xué). 2016(02)
[7]豬博卡病毒病原學(xué)及其檢測技術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 李達(dá),韋國渠,湯德元,李春燕,曾智勇,郝飛,劉建,王洪光. 黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(11)
[8]豬博卡病毒NP1基因特異性的PCR方法建立及應(yīng)用[J]. 葉星宇,聶奎,聶福平. 西南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2015(05)
[9]豬博卡病毒NP1基因的克隆及其生物信息學(xué)分析[J]. 鄭英帥,左奕,柴瑞影,戚妍,李雅楠,袁萬哲,孫繼國. 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2015(03)
[10]豬博卡病毒5型SYBR GreenⅠ實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測方法的建立[J]. 陳鵬強(qiáng),胡崇偉,陳秋勇,林群群,修金生. 中國獸醫(yī)科學(xué). 2015(02)
博士論文
[1]豬博卡病毒類病毒顆粒的表達(dá)以及在流行病學(xué)方面的應(yīng)用[D]. 張文靜.山東大學(xué) 2016
碩士論文
[1]豬丁型冠狀病毒檢測方法的建立及初步應(yīng)用[D]. 羅尚星.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]豬丁型冠狀病毒HB-BD株分離鑒定及生物學(xué)特性研究[D]. 劉寶京.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[3]豬博卡病毒間接ELISA方法的建立及與PCV2共感染對細(xì)胞的影響[D]. 張晶.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]豬博卡病毒VP2蛋白的原核表達(dá)與間接ELISA檢測方法的建立及應(yīng)用[D]. 蔡高峰.江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[5]豬博卡病毒間接ELISA診斷方法的建立[D]. 鄭英帥.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
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