microRNA（miRNA），是一類內(nèi)源性的長約22nt的非編碼的單鏈RNA分子，廣泛存在于各種動物、植物和病毒中，主要通過與靶基因mRNA3’非翻譯區(qū)的堿基互補(bǔ)配對，而發(fā)揮沉默特定靶基因的作用。綿羊具有重要的生物價值和經(jīng)濟(jì)價值，而綿羊miRNA的研究嚴(yán)重滯后。Texel羊（特克賽爾羊）為典型的“雙肌”型綿羊，而烏珠穆沁羊（Ujumqin羊）為我國當(dāng)?shù)氐娜庵途d羊，這兩個在表型上的極端品種是研究肌肉和脂肪生長發(fā)育良好的動物模型。本研究采集了Texel羊70d、85d、100d、120d、135d胎兒的背最長肌組織，以及Ujumqin羊70d、85d、100d、120d、135d胎兒與出生0d、35d、70d羔羊的背最長肌組織，進(jìn)行Texel羊與Ujumqin羊小RNA文庫的Solexa深度測序，進(jìn)一步利用分析軟件ACGT101-miR v4.2并結(jié)合生物信息學(xué)方法，對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行了深入挖掘。主要結(jié)果如下：（1）2個小RNA文庫進(jìn)行高通量測序后，共獲得35,700,772條原始序列讀數(shù)（raw reads）。經(jīng)過各種質(zhì)量控制程序處理后，共得到34,964,457條高質(zhì)量序列讀數(shù)（即ma... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 引言
    1.2 microRNA 的發(fā)現(xiàn)歷程
    1.3 microRNA 的生物起源與加工成熟
        1.3.1 miRNA 前體的生物合成
        1.3.2 miRNA 成熟體的生物合成
        1.3.3 RNA 誘導(dǎo)沉默復(fù)合物（RISC）
        1.3.4 microRNA 的調(diào)控
    1.4 microRNA 的特征和鑒別
        1.4.1 microRNA 的特征
        1.4.2 microRNA 的鑒別
    1.5 microRNA 的作用機(jī)理
        1.5.1 microRNA 引導(dǎo)的 mRNA 剪切
        1.5.2 microRNA 引導(dǎo)的 mRNA 翻譯抑制
        1.5.3 microRNA 引導(dǎo)的可逆抑制作用
    1.6 microRNA 的生物學(xué)功能
        1.6.1 microRNA 對動物骨骼肌分化的作用
        1.6.2 microRNA 對動物四肢發(fā)育的作用
    1.7 microRNA 與其他非編碼 RNA
        1.7.1 siRNA
        1.7.2 piRNA
        1.7.3 lncRNA
        1.7.4 其他非編碼小分子 RNA
    1.8 研究目的和意義
第二章 綿羊 miRNA Solexa 測序
    2.1 試驗材料
        2.1.1 試驗動物
        2.1.2 試驗樣品
        2.1.3 主要儀器設(shè)備
        2.1.4 主要試劑
        2.1.5 主要溶液配制
    2.2 試驗方法
        2.2.1 提取總 RNA
        2.2.2 檢測總 RNA 質(zhì)量
        2.2.3 構(gòu)建 RNA 混池
        2.2.4 構(gòu)建 cDNA 測序文庫
        2.2.5 miRNA 高通量測序
        2.2.6 測序數(shù)據(jù)處理
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 總 RNA 質(zhì)量檢測
        2.3.2 Solexa 測序結(jié)果
    2.4 討論
        2.4.1 試驗動物
        2.4.2 miRNA 檢測方法
        2.4.3 miRNA Solexa 測序質(zhì)量
第三章 綿羊 miRNA 轉(zhuǎn)錄組的鑒定與特征分析
    3.1 試驗材料
        3.1.1 主要數(shù)據(jù)庫
        3.1.2 主要分析軟件
    3.2 試驗方法
        3.2.1 構(gòu)建數(shù)據(jù)庫
        3.2.2 miRNA 序列分類
        3.2.3 miRNA 前體預(yù)測
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 7 種類型的 miRNA
        3.3.2 綿羊已知的 miRNA
        3.3.3 isomiRNA
        3.3.4 綿羊候選的 miRNA
        3.3.5 綿羊 miRNA 的基因組定位
        3.3.6 X 染色體上的 miRNA
        3.3.7 2 個小 RNA 文庫測序結(jié)果的比較
    3.4 討論
        3.4.1 miRNA Solexa 測序
        3.4.2 綿羊 miRNA 轉(zhuǎn)錄組
        3.4.3 miRNA 的發(fā)現(xiàn)
第四章 綿羊 miRNA 的靶基因預(yù)測及 qPCR 驗證
    4.1 試驗材料
        4.1.1 主要數(shù)據(jù)庫及軟件
        4.1.2 主要儀器及試劑
    4.2 試驗方法
        4.2.1 試驗數(shù)據(jù)
        4.2.2 miRNA 靶基因預(yù)測
        4.2.3 實時熒光定量 PCR
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 miRNA 靶基因預(yù)測結(jié)果
        4.3.2 qPCR 試驗結(jié)果
    4.4 討論
        4.4.1 miRNA 的靶基因預(yù)測分析
        4.4.2 miRNA 的實時定量 PCR 檢測
第五章 結(jié)論
    1 主要結(jié)論
    2 研究展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
作者簡歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Diversity and evolution of MicroRNA gene clusters[J]. ZHANG YanFeng,ZHANG Rui & SU Bing State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution,Kunming Institute of Zoology,Chinese Academy of Sciences,Kunming 650223,China.  Science in China（Series C:Life Sciences）. 2009(03)



本文編號：3151657