豬流行性腹瀉病毒遺傳變異與進(jìn)化分析
發(fā)布時(shí)間：2021-04-12 23:54
豬流行性腹瀉（Porcine Epidemic Diarrhea,PED）是由豬流行性腹瀉病毒（Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV）感染豬只所引起的以嘔吐、急性水樣腹瀉、脫水和體重減輕為臨床特征的高度接觸性腸道傳染病。自2010年底我國(guó)南方首先暴發(fā)新的PED疫情以來(lái),PEDV迅速席卷了我國(guó)各省市地區(qū),給我國(guó)養(yǎng)豬行業(yè)造成了巨大的經(jīng)濟(jì)損失。為了能夠更加深入地了解我國(guó)現(xiàn)階段PEDV的流行趨勢(shì)、遺傳變異及其分子演化歷程,本研究對(duì)2016年底至2018年底所采集的疑似腹瀉病料進(jìn)行了檢測(cè)和分析,并對(duì)部分毒株S基因和全基因組進(jìn)行測(cè)序用以后續(xù)的遺傳變異分析與分子演化研究。具體結(jié)果如下:1.現(xiàn)階段我國(guó)PEDV流行情況本研究中,我們自2016年底至2018年底從湖北、山東、河南、湖南、浙江、廣東等18省不同地區(qū)不同豬場(chǎng)采集腸組織、糞便病料共計(jì)898份,其中腸組織病料636份、糞便病料262份。經(jīng)檢測(cè),PEDV腸組織病料陽(yáng)性232份,陽(yáng)性檢測(cè)率為36.48%;糞便病料陽(yáng)性81份,陽(yáng)性檢測(cè)率為30.92%;檢測(cè)PEDV總陽(yáng)性率為34.86%。選擇不同發(fā)病豬場(chǎng)的部分強(qiáng)陽(yáng)性樣...
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：84 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
PEDV基因組（Lee2015）
圖 1-2 PEDV S 基因結(jié)構(gòu)Fig.1-2 The structure of PEDV Spike gene冠狀病毒能夠感染多種哺乳動(dòng)物，包括人、駱駝以及鳥(niǎo)類等（Fehr and Perlm015），但僅限于感染特定的宿主。冠狀病毒對(duì)呼吸道和腸道上皮細(xì)胞有組織嗜Woo et al 2012, Reguera et al 2014），PEDV 也具有特定的組織趨向性，能在豬小毛上皮細(xì)胞或腸細(xì)胞中有效復(fù)制（Lee 2015）。PEDV S 蛋白主要負(fù)責(zé)病毒粒子附著于宿主細(xì)胞表面、與宿主細(xì)胞受體結(jié)合導(dǎo)膜融合、促使病毒基因組進(jìn)入宿主細(xì)胞。S 蛋白是一種前體蛋白，其分子質(zhì) 180-200kDa，能被宿主蛋白酶切割成兩個(gè)亞基：S1 亞基（20-729aa）和 S2 亞730-1386aa）。S1 蛋白介導(dǎo)病毒粒子與細(xì)胞表面受體結(jié)合，而 S2 蛋白介導(dǎo)病毒與宿主細(xì)胞融合（Li 2012）。PEDV S1 亞基是一個(gè)模塊化結(jié)構(gòu)，具有四個(gè)離散結(jié)構(gòu)域，其中包括一個(gè)具有液酸結(jié)合活性的 N-末端結(jié)構(gòu)域（N-terminal domain，NTD）（20-324aa）和一個(gè)蛋白質(zhì)受體相互作用的 C-末端結(jié)構(gòu)域（C-terminal domain，CTD）（253-638aa）（
華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019 屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文挑選部分強(qiáng)陽(yáng)性病料進(jìn)行 PEDV S 基因測(cè)序，對(duì)所挑選的強(qiáng)陽(yáng)性病料進(jìn)一步檢測(cè) PDCoV、TGEV、GARV 三種常見(jiàn)腸道病毒（圖 4-1），排除其它病毒干擾，確保能擴(kuò)增得到 PEDV 特異性 S 基因片段。PEDV S 基因全長(zhǎng)序列被分為 S1-3 的 3 個(gè)片段擴(kuò)增測(cè)序拼接，S1 片段長(zhǎng)度為 1229bp，S2 片段長(zhǎng)度為 2134bp，S3 片段長(zhǎng)度為1457bp。將各片段與線性化載體 pBlueScript SK（+）連接，經(jīng)菌落 PCR 鑒定是否正確，取鑒定正確的菌落搖菌培養(yǎng)，提取質(zhì)粒后送測(cè)序。將測(cè)序所得到的堿基序列進(jìn)行 Blast 同源性分析，確保其為 PEDV S 基因片段。用 SeqMan 軟件將 S 基因三段堿基序列進(jìn)行拼接，去除重疊區(qū)域堿基，最終獲得 76 份 S 基因全長(zhǎng)序列（詳細(xì)信息可見(jiàn)附表三）。
本文編號(hào)：3134212
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
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【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
PEDV基因組（Lee2015）
圖 1-2 PEDV S 基因結(jié)構(gòu)Fig.1-2 The structure of PEDV Spike gene冠狀病毒能夠感染多種哺乳動(dòng)物，包括人、駱駝以及鳥(niǎo)類等（Fehr and Perlm015），但僅限于感染特定的宿主。冠狀病毒對(duì)呼吸道和腸道上皮細(xì)胞有組織嗜Woo et al 2012, Reguera et al 2014），PEDV 也具有特定的組織趨向性，能在豬小毛上皮細(xì)胞或腸細(xì)胞中有效復(fù)制（Lee 2015）。PEDV S 蛋白主要負(fù)責(zé)病毒粒子附著于宿主細(xì)胞表面、與宿主細(xì)胞受體結(jié)合導(dǎo)膜融合、促使病毒基因組進(jìn)入宿主細(xì)胞。S 蛋白是一種前體蛋白，其分子質(zhì) 180-200kDa，能被宿主蛋白酶切割成兩個(gè)亞基：S1 亞基（20-729aa）和 S2 亞730-1386aa）。S1 蛋白介導(dǎo)病毒粒子與細(xì)胞表面受體結(jié)合，而 S2 蛋白介導(dǎo)病毒與宿主細(xì)胞融合（Li 2012）。PEDV S1 亞基是一個(gè)模塊化結(jié)構(gòu)，具有四個(gè)離散結(jié)構(gòu)域，其中包括一個(gè)具有液酸結(jié)合活性的 N-末端結(jié)構(gòu)域（N-terminal domain，NTD）（20-324aa）和一個(gè)蛋白質(zhì)受體相互作用的 C-末端結(jié)構(gòu)域（C-terminal domain，CTD）（253-638aa）（
華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019 屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文挑選部分強(qiáng)陽(yáng)性病料進(jìn)行 PEDV S 基因測(cè)序，對(duì)所挑選的強(qiáng)陽(yáng)性病料進(jìn)一步檢測(cè) PDCoV、TGEV、GARV 三種常見(jiàn)腸道病毒（圖 4-1），排除其它病毒干擾，確保能擴(kuò)增得到 PEDV 特異性 S 基因片段。PEDV S 基因全長(zhǎng)序列被分為 S1-3 的 3 個(gè)片段擴(kuò)增測(cè)序拼接，S1 片段長(zhǎng)度為 1229bp，S2 片段長(zhǎng)度為 2134bp，S3 片段長(zhǎng)度為1457bp。將各片段與線性化載體 pBlueScript SK（+）連接，經(jīng)菌落 PCR 鑒定是否正確，取鑒定正確的菌落搖菌培養(yǎng)，提取質(zhì)粒后送測(cè)序。將測(cè)序所得到的堿基序列進(jìn)行 Blast 同源性分析，確保其為 PEDV S 基因片段。用 SeqMan 軟件將 S 基因三段堿基序列進(jìn)行拼接，去除重疊區(qū)域堿基，最終獲得 76 份 S 基因全長(zhǎng)序列（詳細(xì)信息可見(jiàn)附表三）。
本文編號(hào)：3134212
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