轉(zhuǎn)IGF-1基因超細毛羊與非轉(zhuǎn)基因羊腸道糞便菌群多樣性及組成差異分析
發(fā)布時間：2021-04-02 05:49
旨在探究超細毛羊轉(zhuǎn)入IGF-1基因后是否會引起超細毛羊腸道微生物菌群群落改變而導(dǎo)致轉(zhuǎn)基因羊生物安全存在隱患的問題。本研究在同一羊場隨機選取臨床健康羊3組,其中轉(zhuǎn)IGF-1基因陽性組（GP組）41只（24母（GDF）,17公（GPM））,轉(zhuǎn)基因陰性羊（GN組）43只（25母（GNF）,18公（GNM））,非轉(zhuǎn)基因超細毛羊（NG組）29只（18母（NGF）,11公（NGM））。取直腸糞樣,應(yīng)用IIlumina HiSeq高通量測序技術(shù)測定糞便樣本中細菌的16S rRNA V3-V4區(qū)序列,分析轉(zhuǎn)基因超細毛羊與非轉(zhuǎn)基因羊間腸道糞樣細菌群落組成。結(jié)果表明,共計得到17個門,32個綱,56個目,94個科,228個屬及185個種;LEfSe分析顯示,GPF組有10個生物標記物;GPM組有5個,均是反芻動物腸道菌群的常見定植菌;NGF組的生物標記物為擬桿菌BS11科;NGM組為厚壁菌門。均為反芻動物腸道菌群的主要優(yōu)勢菌。3組腸道菌群的共享菌分析顯示,在門綱目科屬種6個分類水平擁有共享菌比例高達91%～94%。本研究證實,轉(zhuǎn)入IGF-1基因并未改變超細毛羊腸道菌群的整體結(jié)構(gòu)分布,轉(zhuǎn)基因羊具有生物安全及...
【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(10)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：16 頁
【部分圖文】：
GP和NG組腸道菌群LEfSe分析進化分枝圖
所有樣本均一化處理后3組樣本的Venn圖顯示(圖2),3個組共有OTUs為2 455個,GP、GN和NG組獨有的OTUs分別有5、1、8個。3組共享OTUs數(shù)占全部OTUs總數(shù)的98.55%(2 455/2 491), 各組特有的OTUs數(shù)僅占OTUs總數(shù)的0.562%(14/2 491)。各組間糞樣中OTUs組成相似度極高,說明超細毛羊腸道微生態(tài)系統(tǒng)相對穩(wěn)定,受轉(zhuǎn)基因影響的個體差異很微弱。腸道菌群多樣性由高到底順序為NG組>GP組>GN組,但差異不顯著。表3 樣品測序有效數(shù)據(jù)統(tǒng)計Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 樣本分組Group 測序序列數(shù)PE_read 原始序列數(shù)Raw tag 高質(zhì)量序列標簽Clean tag 有效序列數(shù)Effective tag 平均測序讀長/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列數(shù)比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．堿基質(zhì)量值大于30（測序錯配率小于0.1%);Q20．堿基質(zhì)量值大于20（測序錯配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)
表3 樣品測序有效數(shù)據(jù)統(tǒng)計Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 樣本分組Group 測序序列數(shù)PE_read 原始序列數(shù)Raw tag 高質(zhì)量序列標簽Clean tag 有效序列數(shù)Effective tag 平均測序讀長/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列數(shù)比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．堿基質(zhì)量值大于30（測序錯配率小于0.1%);Q20．堿基質(zhì)量值大于20（測序錯配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)2.3 各組樣品糞便菌群α多樣性和組間差異分析
本文編號：3114712
【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報. 2020,51(10)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】：16 頁
【部分圖文】：
GP和NG組腸道菌群LEfSe分析進化分枝圖
所有樣本均一化處理后3組樣本的Venn圖顯示(圖2),3個組共有OTUs為2 455個,GP、GN和NG組獨有的OTUs分別有5、1、8個。3組共享OTUs數(shù)占全部OTUs總數(shù)的98.55%(2 455/2 491), 各組特有的OTUs數(shù)僅占OTUs總數(shù)的0.562%(14/2 491)。各組間糞樣中OTUs組成相似度極高,說明超細毛羊腸道微生態(tài)系統(tǒng)相對穩(wěn)定,受轉(zhuǎn)基因影響的個體差異很微弱。腸道菌群多樣性由高到底順序為NG組>GP組>GN組,但差異不顯著。表3 樣品測序有效數(shù)據(jù)統(tǒng)計Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 樣本分組Group 測序序列數(shù)PE_read 原始序列數(shù)Raw tag 高質(zhì)量序列標簽Clean tag 有效序列數(shù)Effective tag 平均測序讀長/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列數(shù)比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．堿基質(zhì)量值大于30（測序錯配率小于0.1%);Q20．堿基質(zhì)量值大于20（測序錯配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)
表3 樣品測序有效數(shù)據(jù)統(tǒng)計Table 3 Statistics of effective data for sequencing of samples 樣本分組Group 測序序列數(shù)PE_read 原始序列數(shù)Raw tag 高質(zhì)量序列標簽Clean tag 有效序列數(shù)Effective tag 平均測序讀長/bpAverage length GC含量/%GC Q20/% Q30/% 有效序列數(shù)比率/% Effective GP(n=41) 79 222 76 831 72 591 71 846 415 52.55 97.10 94.55 90.689 5 GN(n=43) 78 537 76 169 71 973 71 160 415 52.67 97.12 94.58 90.607 0 NG(n=29) 79 059 76 757 72 587 71 739 415 52.60 97.13 94.609 90.738 6 P值 P-value 0.842 1 0.764 7 0.797 3 0.865 7 - - 0.935 2 0.961 6 0.926 8 Q30．堿基質(zhì)量值大于30（測序錯配率小于0.1%);Q20．堿基質(zhì)量值大于20（測序錯配率小于1%)Q30means base mass value is greater than 30(sequencing mismatch rate is less than 0.1%);Q20 means base mass value is greater than 20(sequencing mismatch rate is less than 1%)2.3 各組樣品糞便菌群α多樣性和組間差異分析
本文編號：3114712
本文鏈接：http://sikaile.net/yixuelunwen/dongwuyixue/3114712.html
最近更新
教材專著
