本研究旨在建立一種靈敏性高、特異性強的檢測綿羊肺炎支原體的TaqMan實時熒光定量PCR方法,并對MO HHHT2017株進行全基因組測序,挖掘其中的生物學(xué)信息。根據(jù)GenBank上已發(fā)表的綿羊肺炎支原體HSP70基因序列設(shè)計引物和探針,構(gòu)建標準陽性質(zhì)粒,建立實時熒光定量PCR方法。試驗結(jié)果顯示,該方法標準曲線線性關(guān)系良好,標準曲線的相關(guān)系數(shù)R²=1.000,斜率Slope=-3.334,擴增效率E=99.5%;敏感性高,可以檢測出的最低樣品濃度為1×10¹ copies/μL,是普通PCR的100倍;特異性強,能有效區(qū)分巴氏桿菌、鏈球菌和牛支原體等8種病原;重復(fù)性好,組內(nèi)、組間的Ct值變異系數(shù)均小于2%。運用本試驗建立的實時熒光定量PCR方法可簡便、準確的鑒定綿羊肺炎支原體。該研究成果可為綿羊支原體肺炎的診斷和防控提供技術(shù)支撐。對MO HHHT2017株全基因組測序分析結(jié)果顯示,其基因組全長1019689 bp,GC含量29.068%;預(yù)測到基因807個,基因占比86.87%;對全基因組進行了CRISPR預(yù)測及COG、GO注釋等生物信息學(xué)分... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

PacBioSMRT測序原理

法對 30 份臨床樣品進行檢測，比較兩種方法的檢出率，以驗證其實用性。2.3 結(jié)果2.3.1 常規(guī) PCR 擴增結(jié)果將電泳后的瓊脂糖凝膠置于紫外凝膠成像系統(tǒng)中觀察，結(jié)果如圖 2 所示，電泳條帶出現(xiàn)位置與預(yù)期一致，目的片段大小約為 107 bp。2.3.2 重組質(zhì)粒 PCR 鑒定結(jié)果HSP70 重組質(zhì)粒的 PCR 產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳試驗后的結(jié)果如圖 3 所示，電泳條帶出現(xiàn)位置與預(yù)期一致，大小約為 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段與 pMD19-T 克隆載體連接成功。

法對 30 份臨床樣品進行檢測，比較兩種方法的檢出率，以驗證其實用性。2.3 結(jié)果2.3.1 常規(guī) PCR 擴增結(jié)果將電泳后的瓊脂糖凝膠置于紫外凝膠成像系統(tǒng)中觀察，結(jié)果如圖 2 所示，電泳條帶出現(xiàn)位置與預(yù)期一致，目的片段大小約為 107 bp。2.3.2 重組質(zhì)粒 PCR 鑒定結(jié)果HSP70 重組質(zhì)粒的 PCR 產(chǎn)物經(jīng)凝膠電泳試驗后的結(jié)果如圖 3 所示，電泳條帶出現(xiàn)位置與預(yù)期一致，大小約為 107 bp，表明 HSP70 的目的基因片段與 pMD19-T 克隆載體連接成功。

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]綿羊肺炎支原體的分離鑒定及全基因組序列的測定和分析[D]. 郝瑞霞.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[2]羊肺炎支原體內(nèi)蒙古分離株的同源性研究及雙重PCR檢測方法的建立[D]. 張明月.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
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本文編號：3094337