發(fā)布時(shí)間：2021-03-10 23:32

　　旨在解析牛體內(nèi)囊胚的全轉(zhuǎn)錄組模式。本研究選擇3頭15月齡以上、健康狀況良好的泌乳奶牛,采用超排獲得體內(nèi)囊胚,采用單細(xì)胞全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)檢測(cè)囊胚mRNA、lncRNA、circRNA轉(zhuǎn)錄模式,并采用生物信息學(xué)工具對(duì)其進(jìn)行分析。試驗(yàn)獲得牛體內(nèi)囊胚約19 975個(gè)mRNAs、12 715個(gè)novel lncRNAs及887個(gè)circRNAs。mRNA有12種可變剪切方法,以轉(zhuǎn)錄起始區(qū)域可變剪切（TSS）為主。采用基因本體（GO）和相關(guān)信號(hào)通路（KEGG）對(duì)其分析發(fā)現(xiàn),生物功能主要富集在新陳代謝、細(xì)胞膜和蛋白結(jié)合、細(xì)胞通訊、細(xì)胞組織成分、生長(zhǎng)發(fā)育等功能,Pathway主要富集在細(xì)胞周期、膜運(yùn)輸、染色體組織調(diào)控等通路;circRNA有6種類型,其中CLASSIC類型circRNA數(shù)量最多,這種剪切方式會(huì)形成成環(huán)的外顯子circRNA（EcircRNA）。本研究闡明了牛體內(nèi)囊胚的全轉(zhuǎn)錄組模式,為全面了解牛體內(nèi)囊胚提供了新的思路。 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(06)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：10 頁(yè)

【部分圖文】：

GO富集條形圖

KEGG富集條形圖

表6 lncRNAs數(shù)據(jù)過濾和數(shù)據(jù)比對(duì)統(tǒng)計(jì)結(jié)果Table 6 Statistical results of Clean Reads and Mapped Reads in lncRNAs 指標(biāo) Index 樣品名稱Sample Invivo_1 Invivo_2 Invivo_3 原始下機(jī)序列數(shù)目Raw Reads 169 839 230 151 988 330 168 685 346 過濾后序列數(shù)目Clean eads 148 875 636 121 860 036 161 033 370 百分比/% Clean Reads rate 87.66 80.18 95.46 過濾后Q30/% Clean Q30 94.25 93.92 94.37 比對(duì)到參考基因組上的比率/% Mapped Reads 95.84 95.90 95.71 未知 lncRNA Novel lncRNA 10 856 10 559 10 3152.3.2 circRNAs的類型


本文編號(hào)：3075465