旨在解析牛體內(nèi)囊胚的全轉錄組模式。本研究選擇3頭15月齡以上、健康狀況良好的泌乳奶牛,采用超排獲得體內(nèi)囊胚,采用單細胞全轉錄組測序技術檢測囊胚mRNA、lncRNA、circRNA轉錄模式,并采用生物信息學工具對其進行分析。試驗獲得牛體內(nèi)囊胚約19 975個mRNAs、12 715個novel lncRNAs及887個circRNAs。mRNA有12種可變剪切方法,以轉錄起始區(qū)域可變剪切（TSS）為主。采用基因本體（GO）和相關信號通路（KEGG）對其分析發(fā)現(xiàn),生物功能主要富集在新陳代謝、細胞膜和蛋白結合、細胞通訊、細胞組織成分、生長發(fā)育等功能,Pathway主要富集在細胞周期、膜運輸、染色體組織調控等通路;circRNA有6種類型,其中CLASSIC類型circRNA數(shù)量最多,這種剪切方式會形成成環(huán)的外顯子circRNA（EcircRNA）。本研究闡明了牛體內(nèi)囊胚的全轉錄組模式,為全面了解牛體內(nèi)囊胚提供了新的思路。 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學報. 2020,51(06)北大核心

【文章頁數(shù)】：10 頁

【部分圖文】：

GO富集條形圖

KEGG富集條形圖

表6 lncRNAs數(shù)據(jù)過濾和數(shù)據(jù)比對統(tǒng)計結果Table 6 Statistical results of Clean Reads and Mapped Reads in lncRNAs 指標 Index 樣品名稱Sample Invivo_1 Invivo_2 Invivo_3 原始下機序列數(shù)目Raw Reads 169 839 230 151 988 330 168 685 346 過濾后序列數(shù)目Clean eads 148 875 636 121 860 036 161 033 370 百分比/% Clean Reads rate 87.66 80.18 95.46 過濾后Q30/% Clean Q30 94.25 93.92 94.37 比對到參考基因組上的比率/% Mapped Reads 95.84 95.90 95.71 未知 lncRNA Novel lncRNA 10 856 10 559 10 3152.3.2 circRNAs的類型


本文編號：3075465