羊源性D型產(chǎn)氣莢膜梭菌的分離及PCR鑒定
發(fā)布時(shí)間:2021-03-10 00:39
對(duì)青海省互助縣送檢的2份病死羊組織,經(jīng)細(xì)菌學(xué)厭氧分離培養(yǎng),參考已發(fā)表的產(chǎn)氣莢膜梭菌16S rRNA基因和毒素基因(α、β、ε、ι)合成引物,采用PCR和多重PCR擴(kuò)增目的基因條帶,并對(duì)分離株細(xì)菌的16S rRNA基因序列進(jìn)行了同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析。結(jié)果顯示:從其中1份病死羊組織中分離獲得1株β溶血型革蘭陽(yáng)性桿菌,經(jīng)PCR和多重PCR擴(kuò)增可得16S rRNA基因和α、ε毒素基因的目的條帶;分離株細(xì)菌的16S rRNA基因序列與GenBank上已登錄(登錄號(hào):NR113204.1、NR121697.2)的產(chǎn)氣莢膜梭菌的相應(yīng)序列具有高度同源性(≥99.0%),同KU714939.1的遺傳關(guān)系最為親密,因此經(jīng)分子生物學(xué)方法鑒定分離株細(xì)菌為D型產(chǎn)氣莢膜梭菌。
【文章來(lái)源】:中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2020,56(03)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
圖3 分離株細(xì)菌牛乳“爆裂發(fā)酵”現(xiàn)象
分離株細(xì)菌和參考菌株D型產(chǎn)氣莢膜梭菌、E型產(chǎn)氣莢膜梭菌經(jīng)α、β、ε、ι毒素基因多重PCR擴(kuò)增,分離株細(xì)菌擴(kuò)增可得α毒素基因(900 bp)和ε毒素基因(396 bp)的目的基因條帶,擴(kuò)增結(jié)果如圖4所示。2.4 16S rRNA基因PCR擴(kuò)增和同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析
分離株細(xì)菌經(jīng)產(chǎn)氣莢膜梭菌16S rRNA基因PCR擴(kuò)增,可得481 bp的目的基因條帶,擴(kuò)增結(jié)果如圖5所示。對(duì)分離菌株細(xì)菌16S rRNA基因進(jìn)行測(cè)序,測(cè)序結(jié)果顯示:分離株細(xì)菌的16S rRNA基因序列在線Blast分析顯示,其16S rRNA基因序列與GenBank上已登錄的(登錄號(hào):NR113204.1、NR121697.2)產(chǎn)氣莢膜梭菌相應(yīng)序列具有高度同源性(≥99.0%)。根據(jù)16S rRNA基因序列與上述同源性較高的D型產(chǎn)氣莢膜梭菌GenBank (登錄號(hào):NR113204.1、NR121697.2)的相應(yīng)序列和相關(guān)D型產(chǎn)氣莢膜梭菌(登錄號(hào):LC386311.1、KU714939.1,來(lái)源見表2)建立系統(tǒng)進(jìn)化樹,如圖6所示,分離株細(xì)菌與參考菌株分屬2個(gè)大的分支,其中分離株與其同源性較高的NR113204.1、NR121697.2處于一個(gè)小的分支,且分離株細(xì)菌同伊朗疫苗毒株(KU714939.1)的遺傳關(guān)系較為親密。表2 4株D型產(chǎn)氣莢膜梭菌參考菌株的名稱及來(lái)源Table 2 The name and source of a reference strain of Clostridium perfringens GenBank登錄號(hào)GenBank accession number 菌株Bacterial strain 地區(qū) Location 來(lái)源Source NR113204.1 Clostridium perfringens strain JCM 1290 日本 Japan 微生物采集中心Microbial collection center NR121697.2 Clostridium perfringens strain ATCC 13124 美國(guó) America 人 Human being LC386311.1 Clostridium perfringens D strain Tokyo_Cp_TypeD 日本 Japan 山羊 Goat KU714939.1 Clostridium perfringens D strain CN409 伊朗 Iran 疫苗毒株 Vaccine strains
本文編號(hào):3073749
【文章來(lái)源】:中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2020,56(03)北大核心
【文章頁(yè)數(shù)】:5 頁(yè)
【部分圖文】:
圖3 分離株細(xì)菌牛乳“爆裂發(fā)酵”現(xiàn)象
分離株細(xì)菌和參考菌株D型產(chǎn)氣莢膜梭菌、E型產(chǎn)氣莢膜梭菌經(jīng)α、β、ε、ι毒素基因多重PCR擴(kuò)增,分離株細(xì)菌擴(kuò)增可得α毒素基因(900 bp)和ε毒素基因(396 bp)的目的基因條帶,擴(kuò)增結(jié)果如圖4所示。2.4 16S rRNA基因PCR擴(kuò)增和同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析
分離株細(xì)菌經(jīng)產(chǎn)氣莢膜梭菌16S rRNA基因PCR擴(kuò)增,可得481 bp的目的基因條帶,擴(kuò)增結(jié)果如圖5所示。對(duì)分離菌株細(xì)菌16S rRNA基因進(jìn)行測(cè)序,測(cè)序結(jié)果顯示:分離株細(xì)菌的16S rRNA基因序列在線Blast分析顯示,其16S rRNA基因序列與GenBank上已登錄的(登錄號(hào):NR113204.1、NR121697.2)產(chǎn)氣莢膜梭菌相應(yīng)序列具有高度同源性(≥99.0%)。根據(jù)16S rRNA基因序列與上述同源性較高的D型產(chǎn)氣莢膜梭菌GenBank (登錄號(hào):NR113204.1、NR121697.2)的相應(yīng)序列和相關(guān)D型產(chǎn)氣莢膜梭菌(登錄號(hào):LC386311.1、KU714939.1,來(lái)源見表2)建立系統(tǒng)進(jìn)化樹,如圖6所示,分離株細(xì)菌與參考菌株分屬2個(gè)大的分支,其中分離株與其同源性較高的NR113204.1、NR121697.2處于一個(gè)小的分支,且分離株細(xì)菌同伊朗疫苗毒株(KU714939.1)的遺傳關(guān)系較為親密。表2 4株D型產(chǎn)氣莢膜梭菌參考菌株的名稱及來(lái)源Table 2 The name and source of a reference strain of Clostridium perfringens GenBank登錄號(hào)GenBank accession number 菌株Bacterial strain 地區(qū) Location 來(lái)源Source NR113204.1 Clostridium perfringens strain JCM 1290 日本 Japan 微生物采集中心Microbial collection center NR121697.2 Clostridium perfringens strain ATCC 13124 美國(guó) America 人 Human being LC386311.1 Clostridium perfringens D strain Tokyo_Cp_TypeD 日本 Japan 山羊 Goat KU714939.1 Clostridium perfringens D strain CN409 伊朗 Iran 疫苗毒株 Vaccine strains
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