鴨疫里默氏桿菌（Riemerella anatipestife,RA）是一種可引起鴨、鵝、雞、火雞等禽類急性或慢性敗血癥的黃桿菌科革蘭氏陰性菌。該菌對(duì)水禽的感染在世界范圍內(nèi)均有報(bào)道,并由于其可造成家禽較高死亡率、低飼料轉(zhuǎn)化率從而給家鴨養(yǎng)殖業(yè)造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失,由于RA血清型眾多,彼此之間無交叉保護(hù),因此,現(xiàn)階段抗生素仍是防控RA的主要手段。利福平是對(duì)細(xì)菌性病原體最有效的廣譜抗生素之一,目前主要用于治療結(jié)核、麻風(fēng)、結(jié)核性腦膜炎等疾病,此外也被用于許多獸醫(yī)臨床藥物組方中。本研究從患病家鴨組織器官中分離純化出一株鴨疫里默氏桿菌（命名為RA-WH9）,K-B藥敏紙片法結(jié)果表明,該分離株對(duì)頭孢唑肟、氯霉素、氟苯尼考、多西環(huán)素、紅霉素和林可霉素敏感,對(duì)恩諾沙星、大觀霉素和四環(huán)素中度敏感,對(duì)鏈霉素、多粘菌素B、氨芐西林、新霉素、青霉素、諾氟沙星以及利福平耐藥,微量肉湯稀釋法結(jié)果顯示,該分離株對(duì)利福平最小抑菌濃度（Minimal inhibitory concentration,MIC）為50μg/mL。利用細(xì)菌基因組三代測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)平臺(tái),我們構(gòu)建并分析了RA-WH9基因組完成圖,分析結(jié)果表明... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：80 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

利福平化學(xué)結(jié)構(gòu)式(Sadeghietal.,2006)

?鷗春銜锏男緯苫?久揮杏跋歟??緣諞桓觶ㄓ珊塑杖?姿崞舳??際保?⒌詼?個(gè)（由核苷二磷酸或單磷酸啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄時(shí)）磷酸二酯鍵的合成可以正常進(jìn)行(HINKLEetal.,1972)，隨后利福平通過范德華力以及氫鍵作用，在轉(zhuǎn)錄起始階段完全阻斷第二個(gè)（由核苷三磷酸啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄時(shí)）或第三個(gè)（由核苷二磷酸或單磷酸啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄時(shí)）磷酸二酯鍵的合成，該二核苷酸或三核苷酸轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物釋放，致使病原菌無法轉(zhuǎn)錄出完整RNA而死亡。由于利福平不會(huì)干擾底物結(jié)合、催化活性及RNAP內(nèi)在易位機(jī)制，故其不能阻斷長鏈轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的合成，即不能阻止轉(zhuǎn)錄延伸的過程（圖1-2）。圖1-2利福平抑制RNAP的機(jī)制(CAMPBELLetal.,2001)（a）利福平與水生棲熱菌的RNAP近端氨基酸結(jié)合示意圖；（b）三元延伸復(fù)合物的模型，該模型顯示RNAP活性位點(diǎn)Mg2+（粉紅色球體）和9bpRNA/DNA（從+1bp至-8bp）的作用過程。進(jìn)入的核苷酸底物在+1位的顏色為綠色，在利福平存在下可以容納的-1位和-2位的顏色為黃色，上游（-3位至-8位）的RNA在利福平存在時(shí)不能被轉(zhuǎn)錄，呈粉紅色。DNA的模板鏈?zhǔn)腔疑�。同時(shí)顯示了利福平的CPK(氮原子：藍(lán)色；碳原子：橙色；氧原子：紅色)。利福平有部分透明，表明RNA核苷酸在-3位到-5位之間存在空間位阻Fig.1-2MechanismofRNAPinhibitionbyrifampicin(CAMPBELLetal.,2001)(a)SchematicdiagramofrifampicinbindingtoRNAPproximalaminoacidsofThermusaquaticus;(b)ThemodeloftheternaryextensioncomplexshowstheRNAPactivesiteMg2+(pinksphere)hybridizedwith9bpRNA/DNA(from+1bpto-8bp).Theincomingnucleotidesubstrateisgreenatthe+1site.InthepresenceofRifampicin,the-1siteand-2sitethatcanbeaccommodatedareyellow.TheRNAfurtherupstream(-3bpto-8bp),whichcannotbetranscribedinthepresenceof

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士論文第二章RA-WH9的分離鑒定及染色體分析13圖2-1SOAPdenovo組裝流程圖(黃勇,2013)Fig.2-1SOAPdenovoassemblyflowchart(黃勇,2013)2.3.10基因預(yù)測(cè)與注釋利用Glimmer、GeneMarkS、Prodigal軟件對(duì)開放閱讀框（Openreadingframe，ORF）進(jìn)行預(yù)測(cè)，使用GeneMarkS預(yù)測(cè)質(zhì)�；蚪M。利用tRNAscan-SEv2.0軟件對(duì)基因組中包含的tRNA進(jìn)行預(yù)測(cè)，利用Barrnap軟件對(duì)基因組中包含的rRNA的種類、位置、序列信息進(jìn)行預(yù)測(cè)，利用Tandemrepeatsfinder軟件對(duì)串聯(lián)重復(fù)序列位置、重復(fù)次數(shù)、核酸組成等信息進(jìn)行預(yù)測(cè)，通過檢索NCBI非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫（Non-redundantproteindatabase，NR）、歐洲生物信息學(xué)研究所（Europeanbioinformaticsinstitute，EBI）非冗余基因數(shù)據(jù)庫Swiss-Prot和Pfam數(shù)據(jù)庫，對(duì)ORF進(jìn)行功能注釋。利用COG數(shù)據(jù)庫對(duì)蛋白質(zhì)的同源基團(tuán)進(jìn)行功能分類，利用GO數(shù)據(jù)庫（Geneontology）進(jìn)行基因聚類分析，利用KEGG數(shù)據(jù)庫（Kyotoencyclopediaofgenesandgenomes）構(gòu)建代謝途徑，利用CAZy數(shù)據(jù)庫預(yù)測(cè)碳水化合物活性酶（Carbohydrate-activeenzymes，CAZyme），利用VFDB數(shù)據(jù)庫（Virulencefactordatabase）預(yù)測(cè)毒力基因，利用CARD數(shù)據(jù)庫（Comprehensiveantibioticresistancedatabase）預(yù)測(cè)耐藥基因，利用IslandViewer預(yù)測(cè)基因島（Geneilands，GIs）。使用CGView軟件繪制基因組圖譜，并用Mega7.0軟件構(gòu)建進(jìn)化樹。


本文編號(hào)：3073698