旨在基因組水平上揭示地方雞種的遺傳進(jìn)化,發(fā)掘重要種質(zhì)特性基因。本研究利用簡(jiǎn)化基因組RAD-seq測(cè)序鑒定19個(gè)地方雞種（每個(gè)品種按照家系選取30個(gè)個(gè)體,10公、20母）基因組SNP標(biāo)記,計(jì)算觀察雜合度（Ho）、核苷酸多樣度（Pi）、近交系數(shù)（Fis）、遺傳分化系數(shù)（Fst）和基因流（Nm）等遺傳統(tǒng)計(jì)量指標(biāo),分析地方雞種的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),并通過(guò)選擇信號(hào)檢測(cè)鑒定基因組受選擇基因。結(jié)果表明,在19個(gè)地方雞種中鑒定出400 562個(gè)SNPs標(biāo)記。瓢雞（PJ）和文昌雞（WC）的遺傳多樣性最為豐富,觀察雜合度（Ho）分別為0.246 8、0.243 0,核苷酸多樣度（Pi）分別為0.278 1、0.265 5;河南斗雞（DJ）的遺傳多樣性相對(duì)匱乏,Ho為0.156 0,Pi為0.175 2;東鄉(xiāng)綠殼蛋雞（DX）和邊雞（BJ）的近交系數(shù)最高（Fis>0.160 0）。瓢雞與文昌雞、惠陽(yáng)胡須雞（HX）、藏雞（ZZ）、大圍山微型雞（WX）,惠陽(yáng)胡須雞與文昌雞,藏雞與茶花雞（CH）間的遺傳分化最低（Fst<0.100 0）,對(duì)應(yīng)的基因流最高（Nm>0.240 0）。河南斗雞與其它品... 

【文章來(lái)源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(04)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：9 頁(yè)

【部分圖文】：

不同染色體上SNPs數(shù)量

LD隨距離增長(zhǎng)的衰減圖

19個(gè)地方雞種遺傳聚類圖(兩個(gè)引入品種作外群)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于線粒體DNA控制區(qū)（mtDNA D-loop）序列分析瓢雞的遺傳多樣性[J]. 貢潘偏抽,劉麗仙,李大林,袁躍云,孫利民,楊潤(rùn),劉文瑜,劉偉,苗永旺.  云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2011(02)
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本文編號(hào)：3065835