發(fā)布時(shí)間：2021-01-31 18:44

　　旨在篩選牛卵泡發(fā)育關(guān)鍵負(fù)調(diào)控因子可卡因-苯丙胺調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄肽（cocaine and amphetamine regulated transcript peptide,CART）的相互作用蛋白及其受體。本研究采集3頭健康母牛雙側(cè)卵巢,分離卵泡后刮取顆粒細(xì)胞（granulosa cells, GCs）混樣;采用跨膜蛋白Extraction試劑盒提取膜蛋白,運(yùn)用Protein G瓊脂糖磁珠與重組CART蛋白、Anti-CART抗體共孵育（n=3）;洗脫CART-蛋白復(fù)合物進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜（LC-MS/MS）分析;獲得的蛋白經(jīng)可信度過濾,利用生物信息學(xué)技術(shù)對(duì)其進(jìn)行功能聚類分析,通過CELLO V2.5軟件對(duì)蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位和跨膜區(qū)分析;獲得7次跨膜的G蛋白偶聯(lián)受體（G-protein-coupled receptors, GPCRs）,經(jīng)ProtScale軟件分析其胞內(nèi)外結(jié)構(gòu)區(qū)段特點(diǎn),符合神經(jīng)肽與受體結(jié)合結(jié)構(gòu)特點(diǎn)的GPCR作為CART的候選受體。抽提的膜蛋白經(jīng)免疫親和層析（n=3）后,分別鑒定出149、557和298個(gè)相互作用蛋白,經(jīng)篩選剔除重復(fù)蛋白,共鑒定出620個(gè)蛋白。多數(shù)據(jù)庫集功能富集分析表... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：11 頁

【部分圖文】：

GPCR跨膜區(qū)特征分析

獲得的620個(gè)蛋白經(jīng)GO、COG、KEGG和IPR通用功能數(shù)據(jù)庫進(jìn)行功能注釋(圖1),共有487個(gè)蛋白獲得GO注釋,283個(gè)蛋白獲得COG注釋,620個(gè)蛋白獲得KEGG注釋,608個(gè)蛋白獲得IPR注釋;大多數(shù)蛋白獲得2個(gè)以上數(shù)據(jù)庫集注釋,其中230個(gè)蛋白均獲得4個(gè)數(shù)據(jù)庫集注釋。對(duì)已注釋的功能分類條目進(jìn)一步篩選,獲得許多可能參與牛卵泡發(fā)育和信號(hào)傳導(dǎo)的蛋白聚類(表2),如參與信號(hào)傳導(dǎo)活性的GNAS、GNG8和JUP,參與類固醇生物合成的HSD3B,參與細(xì)胞凋亡或增殖調(diào)節(jié)的OPA1和S100A11,參與Notch信號(hào)通路的ERH;參與胞膜形成的蛋白有10個(gè);參與細(xì)胞生長(zhǎng)和死亡的蛋白有29個(gè); 包含信號(hào)識(shí)別受體結(jié)構(gòu)域的蛋白有SRPRB。表2 蛋白功能聚類分析Table 2 Protein functional cluster analysis 注釋系統(tǒng)Annotation system 聚類Class 類型描述Description 蛋白數(shù)Protein number 蛋白Protein GO 細(xì)胞組分 膜組分 35 COIII, LAMP2, COX2, DAG1, BSG, SLC39A9, DSG1, CDIPT, SYNGR2, PHB, PLXNB2, MAL2, LGALS3BP, LMAN1, DSC1, ND1, YIPF5, ACE2, B3GAT3, STT3A, YIPF3, LMAN2, PHB2, GLG1, DHCR7, SCARB2, SFXN1, SEC61A1, SLC39A7, SYPL1, STT3B, Uncharacterized protein, STX12, STOML2, SEC11A 三聚體G蛋白復(fù)合物 1 GNG8 分子功能 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)活性 3 GNAS, GNG8, JUP 受體活性 6 ITGB5, ITGB1, ITGB8, ITGB7, STRA6, SCARB2 受體結(jié)合 3 FGA, FGG, FGB Ca2+通道調(diào)節(jié) 1 STIM1 蛋白結(jié)構(gòu)域結(jié)合 3 YWHAQ, YWHAE, YWHAZ 跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)活性 1 GJA1 生物過程 信號(hào)肽加工 3 SPCS2, SPCS3, SEC11A 類固醇生物合成 1 HSD3B 細(xì)胞凋亡 1 OPA1 GPCR信號(hào)通路 2 GNAS, GNG8 細(xì)胞增殖調(diào)節(jié) 1 S100A11 Notch信號(hào)通路 1 ERH 蛋白跨膜轉(zhuǎn)運(yùn) 16 SLC25A24, ABCD1, Tom40A, Uncharacterized protein, SLC25A5, VDAC1, SLC39A9, VDAC2, SLC25A13, SLC16A1, SLC25A1, SLC39A7, SFXN1, SLC25A6, VDAC5P, ABCD3 Ca2+跨膜轉(zhuǎn)運(yùn) 3 ATP2A1, ATP2A3, ATP2A2 COG 細(xì)胞應(yīng)答、重組、修復(fù) 2 DDX31, APOA1 信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制 9 ABHD16A, CALM2, ADIA, MYL1, MYL6, PDCD6, RNASEL, SLC25A24, SBSN 胞膜形成 10 PLOD3, GBA, SAMM50, PLXNB2, PLOD1, HSD3B, C1QC, SAMM50, C1QA, COLGALT1

經(jīng)PredictProtein對(duì)篩選獲得的3個(gè)GPCRs結(jié)合位點(diǎn)分析表明(圖4),ZMPSTE24在5～6跨膜區(qū)間胞內(nèi)環(huán)220～348區(qū)段存在3個(gè)可能與G蛋白結(jié)合的位點(diǎn)(圖4A);HM13在5～6跨膜區(qū)間胞內(nèi)環(huán)278～289區(qū)段不存在蛋白結(jié)合位點(diǎn)(圖4B);GPR108在5～6跨膜區(qū)間胞內(nèi)環(huán)428～447區(qū)段不存在蛋白結(jié)合位點(diǎn)(圖4C)。因此,可選擇ZMPSTE24作為CART的候選受體,后期進(jìn)行深入研究。圖3 GPCR跨膜區(qū)特征分析


本文編號(hào)：3011395