基于16SrDNA高通量測(cè)序的豬舍空氣微生物檢測(cè)及其污染傳播研究
發(fā)布時(shí)間:2021-01-10 12:32
空氣微生物是規(guī);i場(chǎng)環(huán)境污染的重要因素之一,空氣中的病原微生物會(huì)影響動(dòng)物、工人和周邊居民的健康狀況,而空氣中的微生物可能來(lái)源于糞便細(xì)菌的霧化。目前,對(duì)豬舍空氣微生物的研究,主要集中在少數(shù)幾種微生物或者某一特定病原微生物。關(guān)于豬舍空氣微生物的多樣性及豐度的研究,豬舍對(duì)周圍環(huán)境的空氣污染狀況研究,以及豬糞微生物和空氣微生物的對(duì)比研究,涉及較少。因此,本實(shí)驗(yàn)以四川省邛崍市金利豬場(chǎng)為研究對(duì)象,從2013年7月到8月,以液體撞擊式空氣采樣器采集豬舍和距離豬舍不同距離的空氣樣品,同時(shí)采集糞便樣品,提取樣品總DNA,將DNA樣品送往北京諾禾公司測(cè)序,然后利用QIIME軟件分析樣品的豐度、多樣性及差異。a多樣性分析和β多樣性分析結(jié)果顯示,糞便微生物和周圍空氣微生物多樣性及豐度差異顯著(P<0.01),不同距離處的空氣樣品差異不顯著(P>0.05)。另外,利用QIIME軟件從OTUs水平分析不同距離處的空氣樣品差異顯著性,至少25%的樣品中含有的OTUs的總數(shù)是2593個(gè),其中豐度差異顯著的有27個(gè)。差異顯著的OTUs僅占總體OTUs的1%,說(shuō)明總體差異不顯著,分析表明是由于差異不顯著的O...
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:61 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
常用詞語(yǔ)英文縮寫
1 前言
1.1 微生物氣溶膠
1.1.1 微生物氣溶膠的概念
1.1.2 微生物氣溶膠的性質(zhì)
1.1.3 畜禽舍微生物氣溶膠
1.2 畜禽舍微生物氣溶膠的危害
1.2.1 畜禽舍空氣微生物對(duì)人類的危害
1.2.2 畜禽舍空氣微生物對(duì)畜禽的危害
1.2.3 畜禽舍空氣微生物帶來(lái)的經(jīng)濟(jì)損失
1.2.4 豬舍空氣微生物的危害
1.3 畜禽舍空氣微生物氣溶膠的形成
1.4 空氣微生物的研究進(jìn)展
1.4.1 空氣微生物研究方法進(jìn)展
1.4.2 豬舍空氣微生物的研究進(jìn)展
1.4.3 空氣微生物傳播的研究
1.4.4 空氣微生物國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
1.5 16SRDNA高通量測(cè)序
1.5.1 16SrDNA高通量測(cè)序的原理
1.5.2 16SrDNA高通量測(cè)序在科研上的應(yīng)用
1.6 空氣樣品采集方法
1.6.1 液體撞擊式空氣采樣器概述
1.6.2 液體撞擊式空氣采樣器特點(diǎn)
1.6.3 液體撞擊式采樣器的應(yīng)用
1.7 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料及取樣地點(diǎn)
2.1.1 豬場(chǎng)情況
2.1.2 主要試劑
2.1.3 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 樣本的采集與處理
2.2.2 測(cè)序結(jié)果初步分析
2.2.3 數(shù)據(jù)分析
3 結(jié)果與分析
3.1 樣品采集和測(cè)序結(jié)果的前處理
3.2 OTU熱圖
3.3 物種注釋與菌群結(jié)構(gòu)分析
3.4 A多樣性分析
3.5 B多樣性分析
3.6 樣本與因素的差異顯著性分析
3.6.1 分析所有樣品
3.6.2 分析空氣樣品
3.6.3 空氣樣品中差異顯著的OTUs
3.7 共享(SHARED)分析
3.7.1 OTUs類型分析
3.8 LDA EFFECT SIZE(LEFSE)分析
4 討論
4.1 實(shí)驗(yàn)方法討論
4.2 采樣方法討論
4.3 數(shù)據(jù)處理方法討論
4.4 不同距離處的空氣微生物差異不顯著
4.5 來(lái)源問(wèn)題的討論
4.6 D類和E類微生物的病原性
4.7 污染源傳播距離與豬場(chǎng)設(shè)計(jì)的關(guān)系
4.8 氣象因素討論
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]利用高通量測(cè)序?qū)Ψ獯鍯O2泄漏情景下土壤細(xì)菌的研究[J]. 田地,馬欣,李玉娥,查良松,伍洋,鄒曉霞,劉爽. 環(huán)境科學(xué). 2013(10)
[2]空氣微生物氣溶膠富集、檢測(cè)與空氣消毒技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 談書勤,胡貴方,顧大勇. 中國(guó)消毒學(xué)雜志. 2012(12)
[3]空氣微生物的研究進(jìn)展[J]. 孫平勇,劉雄倫,劉金靈,戴良英. 中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2010(11)
[4]ERIC-PCR和PFGE對(duì)大腸埃希菌由舍內(nèi)向舍外傳播的鑒定及兩種方法的比較[J]. 李慶雷,柴同杰,劉巍. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2010(S1)
[5]豬舍環(huán)境中氣載需氧菌及氣載葡萄球菌的研究[J]. 鐘召兵,段會(huì)勇,柴同杰. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2008(03)
[6]枯草芽孢桿菌JA產(chǎn)生的脂肽類抗生素-iturin A的純化及電噴霧質(zhì)譜鑒定[J]. 陳華,袁成凌,蔡克周,鄭之明,余增亮. 微生物學(xué)報(bào). 2008(01)
[7]雞兔舍耐藥大腸桿菌氣溶膠向環(huán)境擴(kuò)散的研究[J]. 姚美玲,張彬,柴同杰. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(08)
[8]食品中4種致病微生物的多重PCR快速檢測(cè)技術(shù)研究[J]. 楊平,楊迎伍,陳偉,王國(guó)民,李正國(guó). 西南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(05)
[9]撞擊法和沉降法采樣對(duì)醫(yī)院病房空氣細(xì)菌總數(shù)檢測(cè)結(jié)果比較[J]. 邱方,張麗. 預(yù)防醫(yī)學(xué)論壇. 2006(05)
[10]當(dāng)前有效控制我國(guó)畜禽傳染病的思路及手段[J]. 崔尚金,崔玉. 中國(guó)禽業(yè)導(dǎo)刊. 2006(03)
博士論文
[1]兔舍環(huán)境真菌氣溶膠及其向環(huán)境的傳播[D]. 苗增民.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
碩士論文
[1]豬場(chǎng)微生物氣溶膠擴(kuò)散特征及舍內(nèi)空氣凈化技術(shù)研究[D]. 黃藏宇.浙江師范大學(xué) 2012
[2]豬舍環(huán)境氣載需氧菌的檢測(cè)及大腸桿菌氣溶膠的發(fā)生與傳播[D]. 袁文.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]ERIC-PCR對(duì)畜禽舍氣載耐藥大腸桿菌來(lái)源及向周邊環(huán)境傳播的檢測(cè)[D]. 姚美玲.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
本文編號(hào):2968713
【文章來(lái)源】:四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校
【文章頁(yè)數(shù)】:61 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
常用詞語(yǔ)英文縮寫
1 前言
1.1 微生物氣溶膠
1.1.1 微生物氣溶膠的概念
1.1.2 微生物氣溶膠的性質(zhì)
1.1.3 畜禽舍微生物氣溶膠
1.2 畜禽舍微生物氣溶膠的危害
1.2.1 畜禽舍空氣微生物對(duì)人類的危害
1.2.2 畜禽舍空氣微生物對(duì)畜禽的危害
1.2.3 畜禽舍空氣微生物帶來(lái)的經(jīng)濟(jì)損失
1.2.4 豬舍空氣微生物的危害
1.3 畜禽舍空氣微生物氣溶膠的形成
1.4 空氣微生物的研究進(jìn)展
1.4.1 空氣微生物研究方法進(jìn)展
1.4.2 豬舍空氣微生物的研究進(jìn)展
1.4.3 空氣微生物傳播的研究
1.4.4 空氣微生物國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
1.5 16SRDNA高通量測(cè)序
1.5.1 16SrDNA高通量測(cè)序的原理
1.5.2 16SrDNA高通量測(cè)序在科研上的應(yīng)用
1.6 空氣樣品采集方法
1.6.1 液體撞擊式空氣采樣器概述
1.6.2 液體撞擊式空氣采樣器特點(diǎn)
1.6.3 液體撞擊式采樣器的應(yīng)用
1.7 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料及取樣地點(diǎn)
2.1.1 豬場(chǎng)情況
2.1.2 主要試劑
2.1.3 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 樣本的采集與處理
2.2.2 測(cè)序結(jié)果初步分析
2.2.3 數(shù)據(jù)分析
3 結(jié)果與分析
3.1 樣品采集和測(cè)序結(jié)果的前處理
3.2 OTU熱圖
3.3 物種注釋與菌群結(jié)構(gòu)分析
3.4 A多樣性分析
3.5 B多樣性分析
3.6 樣本與因素的差異顯著性分析
3.6.1 分析所有樣品
3.6.2 分析空氣樣品
3.6.3 空氣樣品中差異顯著的OTUs
3.7 共享(SHARED)分析
3.7.1 OTUs類型分析
3.8 LDA EFFECT SIZE(LEFSE)分析
4 討論
4.1 實(shí)驗(yàn)方法討論
4.2 采樣方法討論
4.3 數(shù)據(jù)處理方法討論
4.4 不同距離處的空氣微生物差異不顯著
4.5 來(lái)源問(wèn)題的討論
4.6 D類和E類微生物的病原性
4.7 污染源傳播距離與豬場(chǎng)設(shè)計(jì)的關(guān)系
4.8 氣象因素討論
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]利用高通量測(cè)序?qū)Ψ獯鍯O2泄漏情景下土壤細(xì)菌的研究[J]. 田地,馬欣,李玉娥,查良松,伍洋,鄒曉霞,劉爽. 環(huán)境科學(xué). 2013(10)
[2]空氣微生物氣溶膠富集、檢測(cè)與空氣消毒技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 談書勤,胡貴方,顧大勇. 中國(guó)消毒學(xué)雜志. 2012(12)
[3]空氣微生物的研究進(jìn)展[J]. 孫平勇,劉雄倫,劉金靈,戴良英. 中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2010(11)
[4]ERIC-PCR和PFGE對(duì)大腸埃希菌由舍內(nèi)向舍外傳播的鑒定及兩種方法的比較[J]. 李慶雷,柴同杰,劉巍. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2010(S1)
[5]豬舍環(huán)境中氣載需氧菌及氣載葡萄球菌的研究[J]. 鐘召兵,段會(huì)勇,柴同杰. 西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2008(03)
[6]枯草芽孢桿菌JA產(chǎn)生的脂肽類抗生素-iturin A的純化及電噴霧質(zhì)譜鑒定[J]. 陳華,袁成凌,蔡克周,鄭之明,余增亮. 微生物學(xué)報(bào). 2008(01)
[7]雞兔舍耐藥大腸桿菌氣溶膠向環(huán)境擴(kuò)散的研究[J]. 姚美玲,張彬,柴同杰. 西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(08)
[8]食品中4種致病微生物的多重PCR快速檢測(cè)技術(shù)研究[J]. 楊平,楊迎伍,陳偉,王國(guó)民,李正國(guó). 西南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(05)
[9]撞擊法和沉降法采樣對(duì)醫(yī)院病房空氣細(xì)菌總數(shù)檢測(cè)結(jié)果比較[J]. 邱方,張麗. 預(yù)防醫(yī)學(xué)論壇. 2006(05)
[10]當(dāng)前有效控制我國(guó)畜禽傳染病的思路及手段[J]. 崔尚金,崔玉. 中國(guó)禽業(yè)導(dǎo)刊. 2006(03)
博士論文
[1]兔舍環(huán)境真菌氣溶膠及其向環(huán)境的傳播[D]. 苗增民.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
碩士論文
[1]豬場(chǎng)微生物氣溶膠擴(kuò)散特征及舍內(nèi)空氣凈化技術(shù)研究[D]. 黃藏宇.浙江師范大學(xué) 2012
[2]豬舍環(huán)境氣載需氧菌的檢測(cè)及大腸桿菌氣溶膠的發(fā)生與傳播[D]. 袁文.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]ERIC-PCR對(duì)畜禽舍氣載耐藥大腸桿菌來(lái)源及向周邊環(huán)境傳播的檢測(cè)[D]. 姚美玲.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
本文編號(hào):2968713
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