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4個(gè)發(fā)育期香豬睪丸中piRNA簇的生物信息學(xué)分析

發(fā)布時(shí)間:2021-01-04 22:00
  為明確piRNA簇(Piwi-interactiing RNA Clusters)在香豬睪丸發(fā)育過程中的表達(dá)規(guī)律和調(diào)節(jié)作用,本實(shí)驗(yàn)選擇4個(gè)發(fā)育期的雄性香豬12頭:斷奶期(2月齡)、初情期(3月齡)、性成熟期(6月齡)和體成熟期(12月齡),構(gòu)建了4個(gè)小RNA文庫,經(jīng)小RNA測序,研究睪丸piRNA簇的數(shù)量、分布、來源、功能以及表達(dá)規(guī)律。結(jié)果顯示:從4個(gè)發(fā)育期睪丸組織中共發(fā)現(xiàn)了758個(gè)piRNA簇,其中198個(gè)簇2個(gè)及2個(gè)以上發(fā)育期共表達(dá)。piRNA簇在染色體上的分布不均勻,6號、14號染色體最為密集,Y染色體上沒有檢測到piRNA簇。4個(gè)發(fā)育期香豬睪丸中58%以上的piRNA簇處于低豐度表達(dá)(CPM<1),轉(zhuǎn)座因子(TE)衍生的piRNA簇比例隨月齡增加而下降,cDNA里檢測到的piRNA簇保持較高數(shù)量。對piRNA簇來源基因進(jìn)行GO分析,發(fā)現(xiàn)主要富集于binding功能,從中發(fā)現(xiàn)3個(gè)piRNA簇(簇Clu-003、簇Clu-033和簇Clu-025)與精子發(fā)生相關(guān)。這些研究結(jié)果提示piRNA簇影響香豬睪丸的發(fā)育過程。 

【文章來源】:中國畜牧雜志. 2020年10期 北大核心

【文章頁數(shù)】:10 頁

【部分圖文】:

4個(gè)發(fā)育期香豬睪丸中piRNA簇的生物信息學(xué)分析


4個(gè)發(fā)育期pi RNA簇在染色體上的分布

4個(gè)發(fā)育期香豬睪丸中piRNA簇的生物信息學(xué)分析


pi RNA簇表達(dá)量的分析

序列,染色體,來源,基因


本研究分析的pi RNA簇是從不同月齡的整個(gè)睪丸中分離出來,因此代表了來自不同發(fā)育期生殖細(xì)胞階段的pi RNA的混合物。隨著月齡的增加TE衍生相關(guān)簇所占比例相對減少,這與小鼠模型的研究結(jié)果一致,性成熟前生殖細(xì)胞進(jìn)行活躍的減數(shù)分裂,即只有減數(shù)分裂表達(dá)的pi RNA富含TE相關(guān)序列,并參與乒乓循環(huán),以抑制TEs在精子發(fā)生中的去甲基化和重甲基化過程的活躍度[22-23]。本研究中還發(fā)現(xiàn)了極少的假基因衍生簇,在普通絨猴睪丸中表達(dá)的pi RNA的分析表明,假基因位于pi RNA簇中,并且在pi RNA簇相反的方向[24],說明包含基因或假基因序列的pi RNA簇的存在不是豬特有的,可能是普遍現(xiàn)象。圖5 pi RNA簇來源基因的染色體定位

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]促性腺激素釋放激素激動劑通過ERK MAPK途徑調(diào)控大鼠睪丸間質(zhì)細(xì)胞3β-HSD mRNA表達(dá)[J]. 柳海燕,時(shí)姍姍,陶曉倩,盧坤剛,韓雪峰,張艷梅,崔英霞,李曉軍,姚兵.  醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào). 2009(08)
[2]混合DNA樣品池應(yīng)用的研究[J]. 童大躍.  國外醫(yī)學(xué).臨床生物化學(xué)與檢驗(yàn)學(xué)分冊. 2000(02)

碩士論文
[1]蒙古馬睪丸發(fā)育及精子生成相關(guān)piRNA的鑒定及表達(dá)調(diào)控研究[D]. 道楞.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017



本文編號:2957444

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